ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Hevea brasiliensis chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_015308	AAAAT	3	295	309	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
2	NC_015308	A	15	451	465	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015308	AT	12	528	552	25	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_015308	AT	6	649	660	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_015308	TA	7	664	678	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
6	NC_015308	AC	6	766	777	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
7	NC_015308	CAG	4	1384	1395	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	32690937
8	NC_015308	AAGT	3	1490	1500	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	32690937
9	NC_015308	A	13	2154	2166	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015308	ATA	4	2315	2326	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_015308	TAT	4	2843	2855	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	32690937
12	NC_015308	ATA	4	3313	3327	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	32690937
13	NC_015308	TA	6	4952	4963	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_015308	TA	6	4998	5009	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_015308	TATAAC	3	5047	5064	18	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
16	NC_015308	A	13	5257	5269	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
17	NC_015308	TA	6	5354	5365	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_015308	TCTCT	3	5563	5576	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	32690937
19	NC_015308	TA	6	5711	5722	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	32690937
20	NC_015308	CTT	4	5784	5794	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	32690937
21	NC_015308	ATTC	3	5948	5958	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	32690937
22	NC_015308	TTTA	3	6150	6160	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	32690937
23	NC_015308	AAGA	3	6957	6968	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_015308	A	12	7026	7037	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_015308	A	12	7483	7494	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015308	A	12	8357	8368	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015308	GATAA	3	8380	8394	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
28	NC_015308	T	14	8698	8711	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
29	NC_015308	TAT	5	9244	9259	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
30	NC_015308	TAT	7	9272	9292	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_015308	ATA	4	9314	9326	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
32	NC_015308	TAA	4	9617	9629	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
33	NC_015308	TA	6	9679	9689	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_015308	TA	6	9715	9725	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_015308	TAAA	6	9744	9766	23	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_015308	TAAA	3	9785	9797	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
37	NC_015308	GAAA	3	9948	9959	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_015308	T	15	10389	10403	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
39	NC_015308	ATT	5	10907	10921	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
40	NC_015308	AT	6	10944	10955	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_015308	T	17	10955	10971	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
42	NC_015308	TAAAG	3	11450	11464	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015308	ATATAG	3	12043	12059	17	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
44	NC_015308	ACTCTT	3	12202	12219	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
45	NC_015308	T	15	12341	12355	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015308	A	12	13357	13368	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_015308	TTGA	3	13578	13589	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015308	TTTC	3	15727	15739	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	32690938
49	NC_015308	A	12	15753	15764	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	32690938
50	NC_015308	TAAA	3	16044	16054	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	32690938
51	NC_015308	AAC	4	18374	18385	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	32690938
52	NC_015308	GAA	4	19368	19378	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	32690938
53	NC_015308	TGAA	3	19379	19390	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	32690938
54	NC_015308	AT	6	22119	22129	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	32690938
55	NC_015308	TTTTA	4	25556	25574	19	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
56	NC_015308	TAA	4	25634	25645	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_015308	AGAA	6	25646	25667	22	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_015308	TTTC	3	25763	25773	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
59	NC_015308	AAGAAA	3	25775	25792	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
60	NC_015308	TTTC	3	26731	26742	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015308	TA	6	26799	26809	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	32690938
62	NC_015308	GTT	5	27359	27373	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	32690938
63	NC_015308	TTTA	3	27818	27829	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_015308	TAA	4	27917	27929	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
65	NC_015308	AT	6	28127	28139	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_015308	ATTT	3	28669	28680	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_015308	A	12	28955	28966	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_015308	TATT	3	28969	28980	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_015308	TAA	4	29245	29256	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_015308	AAAT	3	29439	29451	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
71	NC_015308	ATAA	3	29452	29463	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015308	A	13	29492	29504	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
73	NC_015308	AAC	4	29942	29954	13	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	7 %	32690938
74	NC_015308	T	22	30120	30141	22	0 %	100 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
75	NC_015308	GAA	4	31615	31626	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	32690938
76	NC_015308	TAAA	3	31759	31769	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_015308	AT	11	31804	31824	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_015308	ATTT	3	31920	31931	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_015308	AATT	3	31994	32004	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
80	NC_015308	TAT	4	32040	32050	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_015308	TAT	4	32053	32063	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_015308	TAT	8	32124	32148	25	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_015308	T	13	32225	32237	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
84	NC_015308	AT	6	32492	32503	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_015308	TA	12	32509	32530	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
86	NC_015308	T	14	32545	32558	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
87	NC_015308	TAT	4	33425	33435	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_015308	TTATAT	3	33445	33461	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
89	NC_015308	TATTTA	4	33479	33501	23	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
90	NC_015308	TAT	4	33502	33514	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_015308	TA	6	33538	33549	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_015308	TAT	4	33557	33569	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_015308	ATT	4	33699	33709	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_015308	ATT	4	33727	33737	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_015308	ATT	4	33745	33755	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_015308	ATT	4	33773	33783	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_015308	ATT	4	33791	33801	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_015308	ATT	4	33819	33829	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_015308	ATT	4	33837	33847	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
100	NC_015308	ATT	4	33865	33875	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_015308	AAATC	3	34168	34182	15	60 %	20 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015308	TA	13	34381	34405	25	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_015308	ATTAAT	3	34769	34785	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
104	NC_015308	ATGA	3	34881	34891	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_015308	CAAT	3	34937	34949	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
106	NC_015308	AT	8	35294	35309	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
107	NC_015308	TA	6	35322	35332	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_015308	CTTT	3	35562	35573	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
109	NC_015308	TTA	4	36411	36422	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	32690938
110	NC_015308	GAAA	3	37605	37616	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	32690938
111	NC_015308	GGA	4	37807	37818	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	32690938
112	NC_015308	TTGC	3	38006	38016	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	32690938
113	NC_015308	AG	6	38810	38820	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
114	NC_015308	TCTA	3	39012	39023	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
115	NC_015308	AAAT	3	39099	39109	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
116	NC_015308	TC	6	39426	39436	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	32690939
117	NC_015308	TGTAAT	3	39600	39618	19	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
118	NC_015308	ATT	4	39766	39778	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
119	NC_015308	TAA	4	39814	39824	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
120	NC_015308	TAA	4	39845	39856	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_015308	A	12	39865	39876	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_015308	TAAT	6	40108	40132	25	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
123	NC_015308	ATTG	3	42063	42073	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	32690939
124	NC_015308	TGAA	3	43707	43718	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	32690939
125	NC_015308	GCA	4	44114	44125	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	32690939
126	NC_015308	TG	6	44151	44161	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	32690939
127	NC_015308	TTTCT	3	45418	45431	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
128	NC_015308	T	14	46325	46338	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	32690939
129	NC_015308	TA	9	46485	46502	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	32690939
130	NC_015308	T	19	46860	46878	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	32690939
131	NC_015308	CATAGG	3	47640	47657	18	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	5 %	32690939
132	NC_015308	GTAA	3	47863	47873	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	32690939
133	NC_015308	A	15	48088	48102	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
134	NC_015308	ATCT	3	49411	49421	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
135	NC_015308	GTTCTT	3	49523	49539	17	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
136	NC_015308	AGAAA	3	49897	49910	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
137	NC_015308	AAAT	3	50091	50102	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
138	NC_015308	ATA	4	50180	50191	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
139	NC_015308	T	17	51082	51098	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
140	NC_015308	TAT	8	51930	51953	24	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
141	NC_015308	AT	6	53728	53738	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	32690939
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143	NC_015308	TAT	4	54166	54177	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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155	NC_015308	T	15	57578	57592	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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173	NC_015308	AT	8	67412	67428	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
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176	NC_015308	TATT	6	69518	69542	25	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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181	NC_015308	AATTA	4	71514	71533	20	60 %	40 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
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185	NC_015308	A	18	72681	72698	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
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261	NC_015308	AACT	3	121678	121689	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	32690944
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263	NC_015308	T	26	123242	123267	26	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	32690944
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266	NC_015308	ATCA	4	125157	125173	17	50 %	25 %	0 %	25 %	5 %	32690944
267	NC_015308	AAGAA	3	125209	125223	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	32690944
268	NC_015308	TATTT	3	126089	126102	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	32690944
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300	NC_015308	CCTT	3	141629	141639	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	32690944
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305	NC_015308	A	12	147985	147996	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
306	NC_015308	ACCGG	3	150423	150437	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
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311	NC_015308	TGAT	3	154481	154493	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	32690943
312	NC_015308	ACC	4	154581	154591	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	32690943
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316	NC_015308	TATT	3	157290	157301	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	32690943
317	NC_015308	ATC	4	159109	159119	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
318	NC_015308	ATC	4	160498	160508	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	32690945
319	NC_015308	GAA	5	160964	160978	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	32690945
320	NC_015308	A	21	161062	161082	21	100 %	0 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Hevea brasiliensis chloroplast