ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Brassica rapa subsp. pekinensis chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_015139	CTA	4	79	89	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
2	NC_015139	TA	6	188	198	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_015139	TACC	3	544	554	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
4	NC_015139	TCT	4	658	668	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
5	NC_015139	CAG	4	922	933	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
6	NC_015139	GTTT	3	1807	1818	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_015139	TTTA	3	3720	3731	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_015139	AT	9	3758	3775	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
9	NC_015139	T	16	4062	4077	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015139	AAAAT	3	4099	4112	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_015139	GAAAA	3	4461	4475	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
12	NC_015139	TA	6	4563	4573	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_015139	TAA	4	4796	4807	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_015139	TTCA	3	4925	4936	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
15	NC_015139	TCTCT	3	5101	5114	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
16	NC_015139	ATTC	3	5470	5480	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
17	NC_015139	TA	7	6275	6288	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_015139	TACCT	3	6324	6337	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
19	NC_015139	CA	6	6339	6349	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
20	NC_015139	TTC	4	6409	6419	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
21	NC_015139	TTCT	3	6777	6788	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
22	NC_015139	TTTA	4	6852	6867	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
23	NC_015139	T	13	7382	7394	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015139	TTCT	3	7467	7478	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
25	NC_015139	TCA	4	7617	7627	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
26	NC_015139	T	12	7810	7821	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015139	TA	6	7848	7859	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_015139	TA	6	7879	7889	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_015139	AT	6	7972	7982	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_015139	AT	6	9405	9416	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_015139	TA	6	9443	9453	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_015139	TA	9	9567	9583	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
33	NC_015139	GTTT	3	9727	9738	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_015139	A	14	11163	11176	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
35	NC_015139	TATTCA	3	11789	11805	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
36	NC_015139	TTTC	3	11902	11913	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
37	NC_015139	T	14	12519	12532	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
38	NC_015139	TTTG	3	12534	12545	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_015139	AAT	4	12664	12675	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015139	AAAT	3	13217	13228	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_015139	AT	6	13371	13384	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
42	NC_015139	A	12	13652	13663	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_015139	TTTA	3	14475	14486	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_015139	GAT	4	14859	14871	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
45	NC_015139	AAT	4	16540	16551	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_015139	T	13	16814	16826	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_015139	T	13	17563	17575	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
48	NC_015139	TTCA	3	21685	21696	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
49	NC_015139	GTT	4	22678	22689	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_015139	TCA	4	25032	25042	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
51	NC_015139	T	12	25305	25316	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_015139	TAAGA	3	25327	25340	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
53	NC_015139	TAT	4	26505	26516	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_015139	TA	6	26537	26548	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_015139	AAAT	3	26879	26889	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_015139	A	13	27000	27012	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
57	NC_015139	TC	6	27814	27825	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
58	NC_015139	CAAA	3	28093	28104	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015139	TTTA	3	28499	28509	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_015139	GAAATT	3	28911	28929	19	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
61	NC_015139	AAT	4	29331	29342	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_015139	AGAA	3	29822	29833	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_015139	ATTT	3	30270	30281	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_015139	A	15	30362	30376	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015139	AT	7	30661	30676	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
66	NC_015139	TAA	6	30879	30897	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
67	NC_015139	AAT	4	30953	30964	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_015139	TAT	4	31478	31488	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_015139	TTCT	3	32354	32365	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
70	NC_015139	GAAA	3	33351	33362	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_015139	TCTT	4	34367	34381	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
72	NC_015139	CTGG	3	34402	34414	13	0 %	25 %	50 %	25 %	7 %	Non-Coding
73	NC_015139	AG	6	34500	34510	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_015139	TTAT	3	34530	34540	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_015139	TA	7	35428	35441	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_015139	TAT	4	35451	35462	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_015139	AT	13	35466	35491	26	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
78	NC_015139	AAAC	3	35906	35917	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
79	NC_015139	ATAA	3	36502	36513	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_015139	GAT	4	37887	37897	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_015139	GCA	4	39786	39797	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
82	NC_015139	TG	6	39823	39833	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_015139	ATG	4	40112	40122	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_015139	T	14	41231	41244	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_015139	GAAAA	4	41476	41495	20	80 %	0 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
86	NC_015139	A	14	41713	41726	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
87	NC_015139	TTAA	5	42119	42138	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
88	NC_015139	T	12	42611	42622	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_015139	AAAT	3	43001	43011	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_015139	AGA	4	43301	43313	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_015139	GTAA	3	43645	43655	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_015139	AT	6	45140	45151	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_015139	TAAA	3	45583	45594	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015139	TTAA	3	45603	45614	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_015139	ATT	4	45759	45770	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015139	ATCT	4	47327	47342	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
97	NC_015139	T	14	47532	47545	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015139	GATT	3	49583	49594	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_015139	AGAA	3	50001	50012	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_015139	TTA	4	50134	50145	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_015139	A	12	50248	50259	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_015139	T	19	51075	51093	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
103	NC_015139	TAT	4	53531	53542	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_015139	TTG	4	53762	53772	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_015139	AATT	3	55744	55755	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_015139	TA	6	56053	56063	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_015139	AT	6	57958	57968	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_015139	A	14	60422	60435	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015139	TTTC	3	60436	60446	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
110	NC_015139	AT	6	60608	60618	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_015139	TA	6	62031	62041	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_015139	TTTTA	3	62120	62133	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
113	NC_015139	TTA	4	62375	62386	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_015139	CAGC	3	62980	62991	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
115	NC_015139	T	12	63498	63509	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015139	TTTTA	4	63790	63809	20	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
117	NC_015139	ATA	4	63885	63896	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
118	NC_015139	A	13	64262	64274	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
119	NC_015139	GAAAA	3	64920	64934	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
120	NC_015139	TA	6	65813	65823	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
121	NC_015139	AAAG	3	65836	65846	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
122	NC_015139	A	19	67266	67284	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
123	NC_015139	TAA	6	70178	70194	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
124	NC_015139	TTGA	3	70223	70234	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
125	NC_015139	T	12	70409	70420	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015139	TGTC	3	70459	70469	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
127	NC_015139	TCATAT	3	70588	70604	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
128	NC_015139	AT	6	70623	70633	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
129	NC_015139	ATTTA	3	70748	70763	16	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
130	NC_015139	TTA	4	71063	71074	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
131	NC_015139	AGAA	3	72496	72507	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
132	NC_015139	CTTT	3	72995	73005	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
133	NC_015139	TAAACA	3	73134	73150	17	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
134	NC_015139	T	15	74249	74263	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
135	NC_015139	GGA	4	74700	74711	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
136	NC_015139	T	16	77178	77193	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
137	NC_015139	TCT	4	77267	77277	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
138	NC_015139	TTCA	3	79012	79023	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
139	NC_015139	T	14	80819	80832	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
140	NC_015139	T	13	81296	81308	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015139	TAGT	3	81674	81684	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
142	NC_015139	T	13	81695	81707	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
143	NC_015139	CAAT	3	81999	82009	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
144	NC_015139	AATT	3	82331	82341	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
145	NC_015139	GAT	4	83969	83979	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
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148	NC_015139	CTTT	3	88276	88286	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
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151	NC_015139	AATA	3	90990	91002	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
152	NC_015139	TA	6	93621	93633	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
153	NC_015139	TCCGG	3	93866	93880	15	0 %	20 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
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159	NC_015139	T	13	98465	98477	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
160	NC_015139	T	13	99244	99256	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
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162	NC_015139	GAGG	3	105209	105220	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
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164	NC_015139	TAAG	3	106541	106551	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
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166	NC_015139	GAAA	3	109438	109449	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
167	NC_015139	A	12	109475	109486	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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171	NC_015139	ATTT	3	111731	111741	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
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175	NC_015139	A	14	112751	112764	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
176	NC_015139	AT	6	112764	112774	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
177	NC_015139	AATAAA	3	112840	112858	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
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179	NC_015139	TAA	4	113059	113071	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
180	NC_015139	TATT	3	113515	113526	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
181	NC_015139	AAAAT	3	113829	113842	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
182	NC_015139	AAATA	3	114564	114577	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
183	NC_015139	AAAT	5	116295	116314	20	75 %	25 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
184	NC_015139	AATAA	3	116348	116362	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
185	NC_015139	AT	8	117333	117347	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
186	NC_015139	TA	6	118275	118285	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
187	NC_015139	TCTT	3	118858	118869	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
188	NC_015139	A	14	119933	119946	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
189	NC_015139	TGTTA	3	120072	120086	15	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
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191	NC_015139	AATT	3	122349	122360	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
192	NC_015139	CTTT	3	122595	122605	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
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195	NC_015139	TA	6	123403	123413	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
196	NC_015139	TCAA	3	123450	123460	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
197	NC_015139	CTTT	3	123904	123914	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
198	NC_015139	TTTG	3	124459	124469	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
199	NC_015139	TATTT	3	124903	124917	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
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203	NC_015139	T	18	125412	125429	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
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205	NC_015139	TCT	4	126592	126602	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
206	NC_015139	T	15	127280	127294	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
207	NC_015139	AT	6	129142	129153	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
208	NC_015139	CTTA	3	130213	130223	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
209	NC_015139	GGAT	3	134653	134664	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
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216	NC_015139	ATCA	3	146651	146663	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
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218	NC_015139	AGA	4	148100	148111	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
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220	NC_015139	TATT	3	149549	149560	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
221	NC_015139	ATC	4	152785	152795	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Brassica rapa subsp. pekinensis chloroplast