ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Coccomyxa sp. C-169 plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_015084	AGCG	3	252	262	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
2	NC_015084	CTTG	3	3611	3621	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
3	NC_015084	CCAT	3	4067	4077	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
4	NC_015084	TTG	4	5706	5718	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_015084	TGCAA	3	6860	6874	15	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
6	NC_015084	TGCAA	3	8366	8380	15	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
7	NC_015084	ACCA	3	10273	10284	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	32314915
8	NC_015084	ATA	4	11333	11344	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_015084	CATTG	3	12029	12042	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
10	NC_015084	GAAC	3	12061	12071	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
11	NC_015084	TTGCA	3	12078	12091	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
12	NC_015084	CTTG	3	15663	15673	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	32314915
13	NC_015084	CG	6	16147	16158	12	0 %	0 %	50 %	50 %	8 %	32314915
14	NC_015084	TGCAA	3	18707	18721	15	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	32314915
15	NC_015084	GATT	3	20048	20059	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	32314915
16	NC_015084	AAGC	3	20502	20514	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
17	NC_015084	AAGC	3	20696	20708	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
18	NC_015084	TCA	4	22656	22666	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	32314915
19	NC_015084	AGC	4	23194	23204	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
20	NC_015084	TTG	4	24725	24736	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_015084	TGCG	3	27497	27507	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	32314915
22	NC_015084	TGG	4	27736	27747	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	32314915
23	NC_015084	GAT	4	28205	28215	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	32314915
24	NC_015084	TGCA	5	28379	28398	20	25 %	25 %	25 %	25 %	10 %	32314915
25	NC_015084	CAA	4	28984	28994	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
26	NC_015084	TGCAA	3	29790	29804	15	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
27	NC_015084	GCTT	3	32082	32094	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
28	NC_015084	CAAA	3	32549	32559	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
29	NC_015084	CT	6	34186	34197	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	32314916
30	NC_015084	TGG	4	34575	34586	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32314916
31	NC_015084	AACCTC	3	34643	34659	17	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	5 %	32314916
32	NC_015084	GCT	4	35237	35247	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
33	NC_015084	AGC	4	35256	35266	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
34	NC_015084	TGCAA	3	37841	37855	15	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
35	NC_015084	TGC	4	39065	39076	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
36	NC_015084	AAGC	3	39432	39444	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
37	NC_015084	CAAGCC	3	43254	43271	18	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015084	AAG	4	46364	46375	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	32314916
39	NC_015084	CTTG	3	46465	46475	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	32314916
40	NC_015084	ATG	4	47333	47345	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
41	NC_015084	ACAA	3	47346	47357	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
42	NC_015084	AG	6	49794	49805	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_015084	TTGCA	3	51136	51150	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
44	NC_015084	TC	6	51203	51213	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
45	NC_015084	TCT	4	52326	52336	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
46	NC_015084	GTTT	3	54649	54660	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_015084	TCT	4	55301	55311	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
48	NC_015084	GTTT	3	55474	55484	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_015084	ATGT	3	55671	55682	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_015084	AAG	4	58730	58741	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
51	NC_015084	CAG	5	59467	59481	15	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	6 %	32314917
52	NC_015084	AGA	4	59513	59523	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	32314917
53	NC_015084	CATG	3	59960	59970	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	32314917
54	NC_015084	CG	6	61919	61930	12	0 %	0 %	50 %	50 %	8 %	Non-Coding
55	NC_015084	CAAT	3	61950	61960	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
56	NC_015084	ACTT	3	62185	62195	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
57	NC_015084	GCA	4	62393	62405	13	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
58	NC_015084	GCCT	3	63728	63740	13	0 %	25 %	25 %	50 %	7 %	32314917
59	NC_015084	GCTT	3	65592	65604	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
60	NC_015084	GCTT	3	66468	66480	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
61	NC_015084	AC	6	71715	71725	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	32314917
62	NC_015084	CAC	4	72184	72194	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	32314917
63	NC_015084	ACCC	3	73860	73871	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
64	NC_015084	AGCC	3	74728	74739	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	32314917
65	NC_015084	ACC	4	75535	75546	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
66	NC_015084	CCA	4	76360	76371	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	32314917
67	NC_015084	TTGC	3	78296	78306	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	32314918
68	NC_015084	TTGT	3	78491	78502	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	32314918
69	NC_015084	CTTG	3	79698	79709	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	32314918
70	NC_015084	TGG	4	81568	81578	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	32314918
71	NC_015084	GCTT	3	83424	83436	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
72	NC_015084	CT	6	84520	84531	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	32314918
73	NC_015084	AGCG	3	84787	84798	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
74	NC_015084	TTG	4	85698	85710	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_015084	AAGC	3	87297	87309	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
76	NC_015084	TTGCA	3	88266	88280	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
77	NC_015084	CT	7	88787	88799	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
78	NC_015084	ACTC	3	89159	89170	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
79	NC_015084	GCTT	3	91079	91091	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
80	NC_015084	GCAA	3	94557	94568	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
81	NC_015084	GCTT	3	94633	94645	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
82	NC_015084	GCAT	3	96309	96320	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	32314919
83	NC_015084	TGCAA	3	97326	97340	15	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
84	NC_015084	ATTGC	3	98519	98532	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
85	NC_015084	TTGCA	3	98764	98778	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
86	NC_015084	CGTT	3	99169	99180	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
87	NC_015084	TGCAA	3	100023	100037	15	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	32314920
88	NC_015084	TGCAA	3	103198	103212	15	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
89	NC_015084	AC	6	103778	103789	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
90	NC_015084	ATA	4	103863	103873	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	32314920
91	NC_015084	TTA	4	104295	104305	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_015084	GCTT	3	106428	106440	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
93	NC_015084	GCTT	3	106595	106607	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
94	NC_015084	AGT	4	108218	108229	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_015084	N	100	110853	110952	100	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	32314920
96	NC_015084	TCT	4	111772	111782	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	32314920
97	NC_015084	GCTT	3	111982	111994	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
98	NC_015084	TTA	4	113237	113248	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_015084	AAAC	3	116868	116879	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
100	NC_015084	GCA	4	117257	117267	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
101	NC_015084	CCTG	3	118314	118324	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	32314920
102	NC_015084	ATGC	3	121481	121492	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	32314920
103	NC_015084	GGT	4	124285	124295	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	32314920
104	NC_015084	TGG	4	125201	125211	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	32314920
105	NC_015084	CT	6	127116	127126	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	32314921
106	NC_015084	GTTC	3	127612	127622	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	32314921
107	NC_015084	AGCA	3	129725	129737	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	32314921
108	NC_015084	GCTT	3	133662	133674	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
109	NC_015084	TGTGC	3	134076	134089	14	0 %	40 %	40 %	20 %	7 %	32314921
110	NC_015084	AAGG	3	134405	134415	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_015084	TCT	4	135313	135324	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
112	NC_015084	CCTTT	3	139773	139788	16	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
113	NC_015084	TTC	4	140413	140425	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
114	NC_015084	CTT	4	140883	140893	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
115	NC_015084	GCTT	3	141346	141358	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
116	NC_015084	CAAT	3	144296	144307	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
117	NC_015084	AATT	3	145892	145903	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
118	NC_015084	AGAA	3	145947	145958	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
119	NC_015084	GA	6	147797	147808	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
120	NC_015084	TGA	4	149556	149567	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_015084	TTGCA	3	151459	151473	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
122	NC_015084	TGCAA	3	151835	151849	15	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
123	NC_015084	CT	6	155305	155315	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
124	NC_015084	AGA	4	160530	160541	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
125	NC_015084	AAGC	3	160694	160706	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
126	NC_015084	TTGCA	3	161771	161785	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
127	NC_015084	AAAC	3	161794	161806	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
128	NC_015084	CAAA	3	162579	162591	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
129	NC_015084	AAGC	3	163546	163558	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
130	NC_015084	ACAA	3	164484	164496	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	32314922
131	NC_015084	TC	6	165941	165952	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
132	NC_015084	AAGC	3	166063	166075	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
133	NC_015084	TTGCA	3	170560	170574	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
134	NC_015084	AATA	3	172945	172956	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
135	NC_015084	AACC	3	174263	174273	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	32314922
136	NC_015084	CTT	4	174350	174360	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	32314922
137	NC_015084	TTG	4	174361	174371	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	32314922
138	NC_015084	AAGC	3	174677	174689	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
139	NC_015084	TGCAA	3	174720	174734	15	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Coccomyxa sp. C-169 plastid