ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Rhizanthella gardneri plastid

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_014874	A	12	321	332	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	31713411
2	NC_014874	CATA	3	929	940	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	31713411
3	NC_014874	CTTT	4	1651	1666	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	31713411
4	NC_014874	TTA	4	2110	2120	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	31713411
5	NC_014874	GCT	4	2670	2681	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	31713411
6	NC_014874	TTC	4	2952	2962	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	31713411
7	NC_014874	A	13	3079	3091	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	31713411
8	NC_014874	T	12	3462	3473	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	31713411
9	NC_014874	ATT	4	4070	4081	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31713411
10	NC_014874	TAG	4	4266	4276	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	31713411
11	NC_014874	A	14	5100	5113	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	31713411
12	NC_014874	AT	9	5180	5196	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	31713411
13	NC_014874	ATATTG	3	5193	5215	23	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	8 %	31713411
14	NC_014874	TAAT	3	5260	5271	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	31713411
15	NC_014874	TA	6	5333	5343	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	31713411
16	NC_014874	ATTAT	3	5344	5357	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	31713411
17	NC_014874	AT	11	5462	5481	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	31713411
18	NC_014874	ATAG	3	5964	5975	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	31713411
19	NC_014874	AATA	3	6200	6210	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	31713411
20	NC_014874	AAATA	3	6809	6823	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	31713411
21	NC_014874	GTAGA	3	7276	7290	15	40 %	20 %	40 %	0 %	6 %	31713411
22	NC_014874	AATA	4	8028	8042	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	31713411
23	NC_014874	AAAT	3	8146	8157	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	31713411
24	NC_014874	AT	6	8326	8336	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	31713411
25	NC_014874	AT	9	8352	8368	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	31713411
26	NC_014874	AATT	3	8531	8541	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	31713411
27	NC_014874	AAAT	3	9571	9582	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	31713411
28	NC_014874	T	12	9676	9687	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	31713411
29	NC_014874	TA	7	9745	9757	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	31713411
30	NC_014874	ATA	5	9840	9853	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	31713411
31	NC_014874	ATA	4	10524	10536	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	31713411
32	NC_014874	TAA	5	10559	10573	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	31713411
33	NC_014874	TC	6	10975	10985	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	31713411
34	NC_014874	TA	17	11316	11347	32	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	31713411
35	NC_014874	TC	6	11742	11752	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	31713411
36	NC_014874	CTT	4	12771	12781	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	31713411
37	NC_014874	TAA	4	14199	14210	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31713411
38	NC_014874	TAT	4	14215	14226	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31713411
39	NC_014874	ATCT	3	14889	14900	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	31713411
40	NC_014874	AAAAT	4	15768	15786	19	80 %	20 %	0 %	0 %	10 %	31713411
41	NC_014874	TA	6	15849	15860	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	31713411
42	NC_014874	GAAA	3	15891	15901	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	31713411
43	NC_014874	TAT	7	16147	16167	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	4 %	31713411
44	NC_014874	AAT	4	16471	16481	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	31713411
45	NC_014874	TTTA	3	16577	16588	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	31713411
46	NC_014874	CTT	4	16792	16803	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	31713411
47	NC_014874	TAAA	3	16848	16858	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	31713411
48	NC_014874	CATA	3	17066	17076	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	31713411
49	NC_014874	AGT	4	17116	17127	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	31713411
50	NC_014874	AAT	4	17751	17761	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	31713411
51	NC_014874	TAGATT	3	18105	18121	17	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	31713411
52	NC_014874	ATT	4	18159	18170	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31713411
53	NC_014874	AATA	6	18656	18678	23	75 %	25 %	0 %	0 %	4 %	31713411
54	NC_014874	AGAT	3	19043	19053	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	31713411
55	NC_014874	T	26	19142	19167	26	0 %	100 %	0 %	0 %	3 %	31713411
56	NC_014874	TTC	4	19636	19647	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	31713411
57	NC_014874	A	12	19929	19940	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	31713411
58	NC_014874	TTTA	3	19999	20010	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	31713411
59	NC_014874	ATA	5	20203	20216	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	31713411
60	NC_014874	ATA	4	20219	20230	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31713411
61	NC_014874	TTA	4	20277	20289	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	31713411
62	NC_014874	TATT	3	20311	20321	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	31713411
63	NC_014874	A	15	20710	20724	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	31713411
64	NC_014874	TTTC	3	20744	20755	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	31713411
65	NC_014874	A	17	20813	20829	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	31713411
66	NC_014874	ATAA	3	21524	21535	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	31713411
67	NC_014874	ATA	4	22388	22399	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31713411
68	NC_014874	CAA	4	23811	23822	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	31713411
69	NC_014874	TA	16	24665	24696	32	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	31713411
70	NC_014874	GTT	4	24853	24863	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	31713411
71	NC_014874	CAT	4	25139	25149	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	31713411
72	NC_014874	A	14	25536	25549	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	31713411
73	NC_014874	TCTT	3	26623	26633	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	31713411
74	NC_014874	TCTT	3	29767	29779	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	31713411
75	NC_014874	CTT	4	32042	32053	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	31713411
76	NC_014874	TGA	4	32524	32535	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	31713411
77	NC_014874	AATA	3	33302	33314	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	31713411
78	NC_014874	TTTC	3	33364	33375	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	31713411
79	NC_014874	TAT	4	33912	33923	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31713411
80	NC_014874	AAT	4	35608	35618	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	31713411
81	NC_014874	TTTA	3	36101	36112	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	31713411
82	NC_014874	CATT	3	37301	37312	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	31713411
83	NC_014874	ATTGA	3	37346	37360	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	31713411
84	NC_014874	AT	6	37500	37510	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	31713411
85	NC_014874	ATA	4	37710	37720	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	31713411
86	NC_014874	ATTTTT	3	38254	38277	24	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	8 %	31713411
87	NC_014874	GAT	4	38289	38299	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	31713411
88	NC_014874	TAA	4	38479	38490	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31713411
89	NC_014874	TCT	4	39149	39160	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	31713411
90	NC_014874	A	13	39621	39633	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	31713411
91	NC_014874	CTTT	3	39844	39855	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	31713411
92	NC_014874	TTC	4	40548	40560	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	31713411
93	NC_014874	ATAA	4	40577	40591	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	31713411
94	NC_014874	ATTT	3	40764	40775	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	31713411
95	NC_014874	TA	18	40793	40827	35	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	31713411
96	NC_014874	AT	6	40828	40838	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	31713411
97	NC_014874	ACTTT	3	40839	40853	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	31713411
98	NC_014874	AT	6	40871	40882	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	31713411
99	NC_014874	A	12	41300	41311	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	31713411
100	NC_014874	TAAA	3	41313	41325	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	31713411
101	NC_014874	ATA	4	41720	41730	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	31713411
102	NC_014874	CTTA	3	41857	41867	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	31713411
103	NC_014874	CAC	4	44833	44844	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	31713411
104	NC_014874	TA	6	47710	47720	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	31713411
105	NC_014874	TA	17	48567	48601	35	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	31713411
106	NC_014874	A	14	48886	48899	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	31713411
107	NC_014874	AAACAA	3	49109	49127	19	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	10 %	31713411
108	NC_014874	TTCA	3	49419	49430	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	31713411
109	NC_014874	ATCT	3	49544	49554	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	31713411
110	NC_014874	TTA	5	49932	49945	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	31713411
111	NC_014874	AAT	4	51627	51638	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31713411
112	NC_014874	TGAA	3	52175	52186	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	31713411
113	NC_014874	TCA	4	53016	53027	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	31713411
114	NC_014874	TGAT	3	53158	53170	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	31713411
115	NC_014874	CAT	4	53708	53718	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	31713411
116	NC_014874	GAAA	3	55390	55401	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	31713411
117	NC_014874	CCAT	3	57092	57102	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	31713411

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Rhizanthella gardneri plastid