ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Thalassiosira oceanica CCMP1005 chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_014808	TGG	5	2063	2077	15	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	6 %	31532047
2	NC_014808	TTG	4	2152	2163	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	31532047
3	NC_014808	ATA	4	3782	3793	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31532047
4	NC_014808	GAA	4	4507	4518	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	31532047
5	NC_014808	ATT	4	5031	5041	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_014808	AAT	5	6132	6147	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	31532047
7	NC_014808	CAG	4	8796	8807	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	31532047
8	NC_014808	AAG	4	8808	8819	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	31532047
9	NC_014808	ATA	4	9036	9047	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31532047
10	NC_014808	TAT	4	9081	9092	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_014808	AAT	4	10119	10130	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31532047
12	NC_014808	TCT	4	12403	12413	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	31532047
13	NC_014808	GTT	4	16908	16918	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	31532048
14	NC_014808	TAT	4	19851	19862	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31532048
15	NC_014808	CAA	4	23697	23707	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	31532048
16	NC_014808	AAT	4	27549	27559	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_014808	TAT	4	27586	27598	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_014808	ATT	4	30690	30700	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	31532049
19	NC_014808	AAT	4	31613	31624	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31532049
20	NC_014808	CAT	7	32164	32184	21	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	31532050
21	NC_014808	TAT	4	35702	35713	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_014808	ATT	5	36214	36227	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_014808	ATA	4	36261	36271	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	31532050
24	NC_014808	TAT	4	36734	36745	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31532050
25	NC_014808	GGT	4	37841	37852	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	31532050
26	NC_014808	TGG	4	37921	37932	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	31532050
27	NC_014808	TCT	4	38569	38579	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	31532050
28	NC_014808	ATT	4	38743	38754	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_014808	TTA	4	39268	39279	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31532050
30	NC_014808	ATT	4	42983	42994	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31532051
31	NC_014808	TTA	4	43512	43522	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	31532051
32	NC_014808	ATT	4	44649	44661	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
33	NC_014808	TTA	4	45232	45243	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31532051
34	NC_014808	TGC	4	45582	45593	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	31532051
35	NC_014808	ATT	4	46182	46193	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31532051
36	NC_014808	TAT	4	46669	46679	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_014808	TCT	4	48145	48156	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	31532052
38	NC_014808	TTA	4	49510	49521	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31532052
39	NC_014808	ATT	4	50802	50813	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_014808	ATG	4	51220	51230	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
41	NC_014808	ATA	4	53450	53461	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31532052
42	NC_014808	GCT	4	54080	54091	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	31532052
43	NC_014808	ATA	4	54571	54581	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	31532053
44	NC_014808	ATT	4	54804	54816	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	31532053
45	NC_014808	TTA	4	56382	56393	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31532053
46	NC_014808	TAT	4	61515	61526	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_014808	TAT	4	63176	63187	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_014808	AAT	4	63188	63199	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_014808	TAA	4	65028	65039	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_014808	CAG	4	66354	66365	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	31532053
51	NC_014808	ATT	5	68903	68917	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	31532054
52	NC_014808	ATG	4	69284	69294	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	31532054
53	NC_014808	TAT	4	70285	70296	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_014808	TAT	4	70674	70685	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_014808	TAT	4	71354	71364	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	31532054
56	NC_014808	ATT	4	78833	78843	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	31532054
57	NC_014808	TAA	4	80096	80108	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
58	NC_014808	TAT	4	80359	80369	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	31532054
59	NC_014808	TTA	4	83695	83706	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31532054
60	NC_014808	AAT	4	84497	84509	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
61	NC_014808	TCT	4	85847	85857	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	31532055
62	NC_014808	GCT	4	86119	86130	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	31532055
63	NC_014808	TTG	4	87606	87616	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	31532055
64	NC_014808	TAA	4	87755	87766	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31532055
65	NC_014808	TAA	4	87879	87889	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	31532055
66	NC_014808	TAT	5	88431	88445	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	31532055
67	NC_014808	AAT	4	89080	89091	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	31532055
68	NC_014808	ATT	4	89500	89512	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
69	NC_014808	ATT	4	90297	90308	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_014808	TCA	4	94001	94011	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	31532055
71	NC_014808	AAT	4	94833	94845	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	31532055
72	NC_014808	GAA	4	95703	95714	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_014808	TAT	4	96350	96360	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_014808	TAA	4	100859	100869	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	31532056
75	NC_014808	CAA	4	103115	103126	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	31532056
76	NC_014808	AAT	4	111651	111662	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31532058
77	NC_014808	CTG	4	116810	116821	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	31532059
78	NC_014808	TTC	4	119094	119105	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	31532059
79	NC_014808	ATA	4	121782	121793	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_014808	AAT	4	122577	122589	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_014808	ATT	4	122998	123009	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	31532059
82	NC_014808	TAA	5	123645	123659	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	31532059
83	NC_014808	TAT	4	124324	124335	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31532059
84	NC_014808	AAC	4	124471	124481	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	31532059
85	NC_014808	ATT	4	124649	124659	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	31532059
86	NC_014808	AGC	4	125959	125970	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	31532059
87	NC_014808	AAG	4	126231	126242	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	31532059
88	NC_014808	ATT	4	127580	127592	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
89	NC_014808	TAA	4	128383	128394	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31532060
90	NC_014808	ATA	4	131720	131730	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	31532060
91	NC_014808	ATT	4	131984	131996	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
92	NC_014808	TAA	4	133245	133255	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	31532060
93	NC_014808	ATA	4	140725	140735	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	31532060
94	NC_014808	ATA	4	141404	141415	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_014808	ATA	4	141486	141496	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_014808	ATA	4	141582	141592	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

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