ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Thalassiosira oceanica CCMP1005 chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_014808	TTTA	3	977	987	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_014808	TGG	5	2063	2077	15	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	6 %	31532047
3	NC_014808	TTG	4	2152	2163	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	31532047
4	NC_014808	AATT	3	2927	2937	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	31532047
5	NC_014808	ATA	4	3782	3793	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31532047
6	NC_014808	TTTA	4	3897	3912	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
7	NC_014808	GAA	4	4507	4518	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	31532047
8	NC_014808	ATT	4	5031	5041	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_014808	TA	8	5724	5738	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
10	NC_014808	AAT	5	6132	6147	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	31532047
11	NC_014808	TAAT	3	6733	6745	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	31532047
12	NC_014808	AAAT	3	6791	6803	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	31532047
13	NC_014808	TA	6	7124	7135	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_014808	TATC	3	8477	8488	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	31532047
15	NC_014808	CAG	4	8796	8807	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	31532047
16	NC_014808	AAG	4	8808	8819	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	31532047
17	NC_014808	ATA	4	9036	9047	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31532047
18	NC_014808	TAT	4	9081	9092	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_014808	CATTTT	3	10017	10034	18	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	31532047
20	NC_014808	AAT	4	10119	10130	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31532047
21	NC_014808	TGTT	3	10753	10764	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	31532047
22	NC_014808	AATT	3	11509	11520	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	31532047
23	NC_014808	CTTT	3	12000	12011	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	31532047
24	NC_014808	AATT	3	12039	12049	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	31532047
25	NC_014808	TCT	4	12403	12413	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	31532047
26	NC_014808	ATTT	3	12452	12463	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	31532047
27	NC_014808	ATTA	3	15776	15787	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	31532048
28	NC_014808	GTT	4	16908	16918	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	31532048
29	NC_014808	ATTT	3	17115	17125	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	31532048
30	NC_014808	AATG	3	19230	19240	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	31532048
31	NC_014808	AAATT	3	19652	19665	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	31532048
32	NC_014808	TTTA	3	19771	19781	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	31532048
33	NC_014808	TAT	4	19851	19862	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31532048
34	NC_014808	ATAA	4	19976	19991	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	31532048
35	NC_014808	TA	7	21386	21399	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_014808	CAAA	3	21616	21626	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	31532048
37	NC_014808	ATAA	3	21790	21801	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	31532048
38	NC_014808	ATTT	3	22680	22692	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_014808	TTTA	3	23557	23567	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	31532048
40	NC_014808	CAA	4	23697	23707	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	31532048
41	NC_014808	TTCAA	4	23710	23728	19	40 %	40 %	0 %	20 %	10 %	31532048
42	NC_014808	TA	6	25519	25532	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
43	NC_014808	AAT	4	27549	27559	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_014808	TAT	4	27586	27598	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
45	NC_014808	AATT	3	28042	28053	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	31532049
46	NC_014808	ATTT	3	28924	28936	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_014808	ACTTA	3	29868	29881	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
48	NC_014808	ATAA	3	29925	29936	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	31532049
49	NC_014808	ATTAA	4	30589	30608	20	60 %	40 %	0 %	0 %	10 %	31532049
50	NC_014808	ATT	4	30690	30700	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	31532049
51	NC_014808	GTAT	3	31472	31482	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	31532049
52	NC_014808	AAT	4	31613	31624	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31532049
53	NC_014808	TTTA	4	31983	31998	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	31532050
54	NC_014808	TA	11	32092	32115	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_014808	CAT	7	32164	32184	21	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	31532050
56	NC_014808	TAAA	3	32714	32724	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	31532050
57	NC_014808	TAT	4	35702	35713	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_014808	ATT	5	36214	36227	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
59	NC_014808	ATA	4	36261	36271	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	31532050
60	NC_014808	TAT	4	36734	36745	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31532050
61	NC_014808	GGT	4	37841	37852	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	31532050
62	NC_014808	TGG	4	37921	37932	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	31532050
63	NC_014808	TCT	4	38569	38579	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	31532050
64	NC_014808	ATT	4	38743	38754	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_014808	TTA	4	39268	39279	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31532050
66	NC_014808	ATTT	3	39427	39438	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	31532050
67	NC_014808	GCAA	3	40776	40786	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	31532051
68	NC_014808	TAAA	3	42719	42729	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_014808	ATT	4	42983	42994	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31532051
70	NC_014808	TTTA	3	43061	43072	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_014808	TTA	4	43512	43522	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	31532051
72	NC_014808	TA	9	44165	44182	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
73	NC_014808	AAAT	3	44252	44262	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_014808	ATT	4	44649	44661	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_014808	AATT	3	44693	44704	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014808	TTA	4	45232	45243	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31532051
77	NC_014808	TGC	4	45582	45593	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	31532051
78	NC_014808	ATT	4	46182	46193	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31532051
79	NC_014808	TAAA	3	46474	46484	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	31532052
80	NC_014808	TTTA	3	46502	46512	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	31532052
81	NC_014808	TAT	4	46669	46679	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_014808	TTAT	3	47732	47742	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	31532052
83	NC_014808	TCT	4	48145	48156	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	31532052
84	NC_014808	AATT	3	48692	48703	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	31532052
85	NC_014808	AATA	3	49042	49053	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	31532052
86	NC_014808	ATTT	3	49091	49101	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	31532052
87	NC_014808	TTA	4	49510	49521	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31532052
88	NC_014808	TTTA	3	50162	50173	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	31532052
89	NC_014808	TAAA	3	50540	50550	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_014808	TA	7	50652	50666	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
91	NC_014808	ATAA	3	50752	50763	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_014808	ATT	4	50802	50813	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_014808	ATG	4	51220	51230	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_014808	TTAA	4	52254	52269	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
95	NC_014808	AATTG	3	53410	53423	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	31532052
96	NC_014808	ATA	4	53450	53461	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31532052
97	NC_014808	GCT	4	54080	54091	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	31532052
98	NC_014808	TTAA	3	54298	54309	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_014808	ATA	4	54571	54581	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	31532053
100	NC_014808	ATT	4	54804	54816	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	31532053
101	NC_014808	TTTA	3	55852	55862	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	31532053
102	NC_014808	AAGT	3	56181	56191	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	31532053
103	NC_014808	TTA	4	56382	56393	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31532053
104	NC_014808	AT	6	56823	56833	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_014808	ATTT	4	58038	58054	17	25 %	75 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
106	NC_014808	TAAATT	3	58555	58573	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	31532053
107	NC_014808	AAGA	3	58785	58796	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	31532053
108	NC_014808	AAATTA	3	60923	60940	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	31532053
109	NC_014808	ATACAT	3	61497	61515	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
110	NC_014808	TAT	4	61515	61526	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
111	NC_014808	ATTA	4	62760	62775	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
112	NC_014808	TAT	4	63176	63187	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_014808	AAT	4	63188	63199	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_014808	ATAAA	3	63459	63473	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
115	NC_014808	GCAA	3	64308	64318	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
116	NC_014808	TC	6	64637	64648	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
117	NC_014808	TAA	4	65028	65039	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
118	NC_014808	TGCA	3	66253	66263	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	31532053
119	NC_014808	CAG	4	66354	66365	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	31532053
120	NC_014808	ATT	5	68903	68917	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	31532054
121	NC_014808	ATG	4	69284	69294	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	31532054
122	NC_014808	TAT	4	70285	70296	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
123	NC_014808	TTAA	3	70509	70520	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_014808	TAT	4	70674	70685	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
125	NC_014808	TAT	4	71354	71364	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	31532054
126	NC_014808	CTTT	3	71980	71991	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
127	NC_014808	TTTGA	4	72008	72026	19	20 %	60 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
128	NC_014808	TAGAG	3	72957	72971	15	40 %	20 %	40 %	0 %	6 %	Non-Coding
129	NC_014808	GAAA	3	73319	73329	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
130	NC_014808	AGCG	3	74338	74348	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
131	NC_014808	AT	8	75294	75309	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
132	NC_014808	AGGT	3	75740	75751	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
133	NC_014808	GTAA	3	76889	76900	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
134	NC_014808	TA	6	77897	77907	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
135	NC_014808	AATT	3	77986	77997	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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155	NC_014808	TAAT	3	90216	90227	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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166	NC_014808	TAAA	3	97933	97943	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
167	NC_014808	TA	6	99958	99969	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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215	NC_014808	TTAC	3	135139	135151	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
216	NC_014808	ATTT	3	136370	136380	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
217	NC_014808	AT	8	136780	136795	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
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219	NC_014808	CTCTA	3	139118	139132	15	20 %	40 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
220	NC_014808	TTTA	3	139996	140007	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
221	NC_014808	ATA	4	140725	140735	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	31532060
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223	NC_014808	ATA	4	141486	141496	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
224	NC_014808	TTAA	3	141569	141580	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
225	NC_014808	ATA	4	141582	141592	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Thalassiosira oceanica CCMP1005 chloroplast