ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Theobroma cacao chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_014676	TTTA	3	98	109	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_014676	T	15	268	282	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
3	NC_014676	T	14	371	384	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_014676	CAG	4	1144	1155	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	31319968
5	NC_014676	AAGT	3	1250	1260	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	31319968
6	NC_014676	T	12	1780	1791	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_014676	AT	6	1843	1857	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
8	NC_014676	A	14	3966	3979	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_014676	AATT	3	4240	4252	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_014676	T	14	4718	4731	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_014676	TATTTT	3	5002	5020	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
12	NC_014676	T	14	5041	5054	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_014676	TTCA	3	5085	5096	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
14	NC_014676	A	16	5715	5730	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	31319968
15	NC_014676	TAA	5	6721	6735	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
16	NC_014676	A	13	6920	6932	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
17	NC_014676	CTCTT	4	7527	7545	19	0 %	60 %	0 %	40 %	10 %	31319968
18	NC_014676	ATT	4	8340	8351	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_014676	AT	6	8401	8412	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_014676	TA	7	8421	8434	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
21	NC_014676	TA	6	8481	8492	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_014676	AATC	3	8706	8716	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
23	NC_014676	TTTCT	4	8769	8787	19	0 %	80 %	0 %	20 %	10 %	Non-Coding
24	NC_014676	TTTA	4	8938	8953	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
25	NC_014676	TAA	4	9982	9993	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_014676	TA	6	10205	10216	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_014676	TAT	8	10251	10274	24	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_014676	T	14	12351	12364	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	31319968
29	NC_014676	TTTA	3	12435	12445	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	31319968
30	NC_014676	TAA	4	12626	12638	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	31319968
31	NC_014676	T	13	12725	12737	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	31319968
32	NC_014676	A	14	13318	13331	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
33	NC_014676	T	24	13435	13458	24	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_014676	TAT	4	13481	13492	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_014676	AAT	4	13599	13610	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_014676	TAAA	3	13676	13686	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_014676	AGAA	3	13850	13860	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_014676	AAAT	3	14149	14160	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_014676	TTTC	3	14349	14359	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
40	NC_014676	ATTT	3	14852	14862	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
41	NC_014676	A	13	17038	17050	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
42	NC_014676	TTA	4	17158	17169	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_014676	T	15	19276	19290	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	31319969
44	NC_014676	A	20	23318	23337	20	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	31319969
45	NC_014676	TTCA	3	23381	23392	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	31319969
46	NC_014676	GAAT	3	23491	23501	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	31319969
47	NC_014676	TATT	4	23789	23804	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	31319969
48	NC_014676	GTT	4	24399	24410	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	31319969
49	NC_014676	T	12	27020	27031	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	31319969
50	NC_014676	GATA	3	27263	27273	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	31319969
51	NC_014676	AT	7	27805	27817	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_014676	A	13	27960	27972	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
53	NC_014676	TA	8	28271	28285	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
54	NC_014676	T	12	30173	30184	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_014676	GAAA	3	31463	31474	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_014676	GAAA	3	31650	31661	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_014676	TCTT	3	31879	31889	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
58	NC_014676	TTCA	3	32707	32718	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
59	NC_014676	TA	8	33124	33139	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
60	NC_014676	ATA	4	33350	33361	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_014676	ATA	4	33365	33376	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_014676	TA	6	33533	33544	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_014676	AAATA	3	33604	33617	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
64	NC_014676	AATA	3	33794	33805	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_014676	AAATC	3	33929	33944	16	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
66	NC_014676	TGAAA	3	34131	34145	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_014676	AT	7	34251	34263	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
68	NC_014676	GAAA	3	36169	36180	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	31319969
69	NC_014676	TTGC	3	36570	36580	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	31319969
70	NC_014676	TTA	4	37307	37318	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_014676	AG	6	37380	37390	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_014676	TA	6	37592	37603	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_014676	AAT	4	38093	38106	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
74	NC_014676	AAAAT	3	38129	38142	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_014676	TGAA	4	38202	38216	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
76	NC_014676	AATA	3	38240	38251	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_014676	ATT	5	38291	38305	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
78	NC_014676	AT	6	38310	38320	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_014676	ATA	4	38323	38334	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_014676	TAA	4	38351	38363	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_014676	TAATA	4	38494	38512	19	60 %	40 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
82	NC_014676	ATA	4	38521	38531	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_014676	AAAT	3	38549	38561	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
84	NC_014676	GATC	3	39159	39169	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
85	NC_014676	AATG	3	42506	42517	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	31319970
86	NC_014676	GCA	4	42909	42919	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	31319970
87	NC_014676	TG	6	42948	42958	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	31319970
88	NC_014676	T	12	44449	44460	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_014676	AT	9	44593	44609	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
90	NC_014676	CAA	4	44752	44763	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
91	NC_014676	TAATAG	3	44945	44963	19	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
92	NC_014676	TAG	4	46641	46651	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	31319970
93	NC_014676	GTAAA	4	46866	46884	19	60 %	20 %	20 %	0 %	5 %	31319970
94	NC_014676	A	12	46882	46893	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	31319970
95	NC_014676	TAA	4	46894	46905	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31319970
96	NC_014676	GTAA	3	46921	46931	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	31319970
97	NC_014676	A	15	47201	47215	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
98	NC_014676	AATAAA	3	47259	47277	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
99	NC_014676	AT	6	47750	47761	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_014676	AT	9	49129	49145	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
101	NC_014676	TTTA	3	49629	49640	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_014676	AT	8	49685	49699	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
103	NC_014676	TAA	4	50054	50066	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
104	NC_014676	AATTTT	3	50071	50088	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
105	NC_014676	AAAG	3	50168	50178	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_014676	A	14	50262	50275	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
107	NC_014676	AAAT	3	50544	50555	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014676	ATT	5	50743	50756	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
109	NC_014676	CTTT	3	51289	51299	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
110	NC_014676	AT	6	51413	51423	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_014676	T	16	51563	51578	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
112	NC_014676	ACAT	3	51763	51773	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
113	NC_014676	TTTA	4	51810	51825	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
114	NC_014676	TTTATT	3	52275	52293	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
115	NC_014676	TATT	4	52296	52311	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
116	NC_014676	CAAA	3	52882	52893	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	31319970
117	NC_014676	GTCT	3	53504	53515	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	31319970
118	NC_014676	TTA	4	53731	53745	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
119	NC_014676	CAA	4	54236	54246	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
120	NC_014676	GATT	3	54307	54318	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_014676	ATTTCG	3	54346	54362	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
122	NC_014676	GTATA	3	54378	54393	16	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
123	NC_014676	AAAT	3	54526	54536	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
124	NC_014676	AT	7	54676	54688	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
125	NC_014676	AT	6	54696	54708	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
126	NC_014676	TATTTG	3	55268	55285	18	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
127	NC_014676	TTTA	3	55343	55354	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
128	NC_014676	T	12	55540	55551	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
129	NC_014676	TTTG	3	56137	56148	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
130	NC_014676	ATA	4	58450	58460	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	31319970
131	NC_014676	TAT	4	59068	59080	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
132	NC_014676	TGTT	3	60897	60908	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
133	NC_014676	ATT	5	61427	61441	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
134	NC_014676	TAGT	3	63089	63100	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014676	ATT	5	63186	63200	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
136	NC_014676	AAT	5	63534	63548	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
137	NC_014676	TCTA	3	64140	64151	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
138	NC_014676	AT	7	65622	65635	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
139	NC_014676	CTTT	3	66567	66578	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
140	NC_014676	AT	6	66840	66850	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	31319971
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247	NC_014676	A	15	145532	145546	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	31319972
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249	NC_014676	GAA	4	145593	145604	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	31319972
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251	NC_014676	TTTC	3	150198	150209	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
252	NC_014676	TA	6	150290	150300	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
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254	NC_014676	CTTTC	3	150887	150902	16	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
255	NC_014676	CATAC	3	151281	151294	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
256	NC_014676	CTCCTT	3	152151	152168	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	34224021
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261	NC_014676	AAAG	3	155710	155720	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	34224021
262	NC_014676	CGAT	3	156137	156149	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	34224021
263	NC_014676	TATT	3	156769	156780	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	34224021
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266	NC_014676	GAA	5	160464	160478	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
267	NC_014676	A	12	160562	160573	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Theobroma cacao chloroplast