ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Cedrus deodara chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_014575	TC	6	1096	1107	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
2	NC_014575	GATCC	3	1910	1923	14	20 %	20 %	20 %	40 %	7 %	30932228
3	NC_014575	ATTC	3	2195	2206	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	30932228
4	NC_014575	GATGGA	3	2761	2779	19	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	10 %	30932228
5	NC_014575	AATTC	3	8289	8302	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
6	NC_014575	TA	6	9024	9034	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	30932229
7	NC_014575	A	17	10311	10327	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
8	NC_014575	TCGT	3	10644	10654	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	30932230
9	NC_014575	AGTT	3	10914	10924	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	30932230
10	NC_014575	ATA	4	11839	11850	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	30932230
11	NC_014575	TCT	4	13070	13080	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	30932230
12	NC_014575	TC	7	13948	13960	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	30932230
13	NC_014575	AATT	3	14304	14314	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	30932230
14	NC_014575	CCT	4	14552	14562	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	30932230
15	NC_014575	T	18	15042	15059	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
16	NC_014575	AT	6	15151	15161	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_014575	CAAG	3	17209	17219	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
18	NC_014575	CT	6	17960	17971	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
19	NC_014575	TTA	4	20166	20177	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_014575	T	16	21106	21121	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	30932230
21	NC_014575	ATAG	3	21619	21630	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	30932230
22	NC_014575	ATAA	3	22635	22646	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_014575	GGA	4	24674	24684	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	30932230
24	NC_014575	AT	6	28325	28336	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_014575	GGGAG	3	28519	28533	15	20 %	0 %	80 %	0 %	6 %	Non-Coding
26	NC_014575	GGTAT	3	28960	28973	14	20 %	40 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_014575	CT	6	29112	29122	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
28	NC_014575	CTG	4	29372	29383	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	30932231
29	NC_014575	GAA	4	29418	29429	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	30932231
30	NC_014575	AG	6	29888	29899	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	30932231
31	NC_014575	TTTC	3	30268	30279	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	30932231
32	NC_014575	ATCC	3	35719	35730	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
33	NC_014575	GAGG	3	38974	38985	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_014575	AGGT	3	39185	39196	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_014575	AACC	3	40812	40824	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
36	NC_014575	TAT	5	42172	42186	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
37	NC_014575	TGG	4	43120	43131	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	30932231
38	NC_014575	AGA	4	43506	43517	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	30932231
39	NC_014575	AATTGG	3	43661	43679	19	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10 %	30932231
40	NC_014575	CTT	4	45583	45595	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	30932231
41	NC_014575	AGA	4	46069	46079	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	30932231
42	NC_014575	GTTC	4	46438	46453	16	0 %	50 %	25 %	25 %	6 %	30932231
43	NC_014575	TAT	4	47567	47577	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	30932231
44	NC_014575	TAGA	3	48018	48029	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	30932231
45	NC_014575	GAA	4	49477	49488	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	30932231
46	NC_014575	TTCT	3	50741	50751	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
47	NC_014575	GGAT	3	51900	51911	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_014575	TCTAT	3	52390	52404	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014575	TTC	4	53275	53286	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
50	NC_014575	TA	6	53392	53402	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_014575	AATT	3	55398	55409	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_014575	TTCA	3	56473	56484	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
53	NC_014575	TTCA	3	57194	57206	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
54	NC_014575	AAAT	3	58559	58569	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_014575	GTA	4	58793	58804	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	30932235
56	NC_014575	AT	7	61945	61957	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	30932235
57	NC_014575	TTC	4	65057	65068	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	30932235
58	NC_014575	TTTG	3	66072	66083	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	30932235
59	NC_014575	TAC	4	68728	68738	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	30932235
60	NC_014575	CAAC	4	69027	69042	16	50 %	0 %	0 %	50 %	6 %	30932235
61	NC_014575	AAG	4	69276	69286	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	30932235
62	NC_014575	AAG	4	69298	69308	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	30932235
63	NC_014575	AT	7	70905	70917	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	30932235
64	NC_014575	ATTT	3	71019	71029	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	30932235
65	NC_014575	GATG	3	71343	71355	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	30932235
66	NC_014575	ATC	4	71877	71887	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	30932235
67	NC_014575	GAA	4	72088	72098	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	30932235
68	NC_014575	GAC	4	72367	72377	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	30932235
69	NC_014575	AGAT	3	73168	73179	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	30932235
70	NC_014575	AAT	4	74416	74427	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	30932235
71	NC_014575	CCTT	3	75986	75996	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	30932235
72	NC_014575	CTA	4	76059	76069	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	30932235
73	NC_014575	TCT	4	77386	77397	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	30932235
74	NC_014575	GA	6	77746	77757	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	30932235
75	NC_014575	CTAT	3	78236	78247	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	30932235
76	NC_014575	AAGT	3	79229	79240	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	30932235
77	NC_014575	A	12	79258	79269	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	30932235
78	NC_014575	GTCT	3	80962	80973	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	30932235
79	NC_014575	GTT	5	82188	82202	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	30932235
80	NC_014575	TTGG	3	82540	82551	12	0 %	50 %	50 %	0 %	0 %	30932235
81	NC_014575	ATTT	3	82756	82768	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	30932235
82	NC_014575	TAT	4	85822	85832	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	30932235
83	NC_014575	ATTT	3	87136	87148	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	30932235
84	NC_014575	TTC	4	87750	87761	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	30932235
85	NC_014575	TA	6	88734	88745	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	30932235
86	NC_014575	GCTT	3	89858	89868	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	30932235
87	NC_014575	CAT	4	89959	89969	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	30932235
88	NC_014575	AAGT	3	90822	90832	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	30932235
89	NC_014575	GTT	4	92377	92388	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	30932235
90	NC_014575	CTT	4	95019	95030	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	30932235
91	NC_014575	ATGA	3	95869	95880	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	30932235
92	NC_014575	ATCC	3	96097	96107	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	30932235
93	NC_014575	AGA	4	97200	97211	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	30932235
94	NC_014575	CTT	5	97248	97261	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	30932235
95	NC_014575	CCCA	3	97922	97933	12	25 %	0 %	0 %	75 %	0 %	30932235
96	NC_014575	G	15	98686	98700	15	0 %	0 %	100 %	0 %	6 %	30932235
97	NC_014575	TAAA	3	99124	99134	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	30932235
98	NC_014575	AATT	3	99716	99727	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	30932235
99	NC_014575	CT	6	99923	99934	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	30932235
100	NC_014575	AG	6	100595	100605	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	30932235
101	NC_014575	ATA	4	101038	101049	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	30932235
102	NC_014575	A	14	101049	101062	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	30932235
103	NC_014575	AAT	4	101257	101267	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	30932235
104	NC_014575	AT	8	101376	101393	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	30932235
105	NC_014575	TCGAA	3	101861	101875	15	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	30932235
106	NC_014575	AT	7	104341	104356	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	30932235
107	NC_014575	AGC	4	105178	105189	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	30932235
108	NC_014575	AT	6	106534	106545	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	30932235
109	NC_014575	AT	6	106548	106559	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	30932235
110	NC_014575	GATA	3	106577	106588	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	30932235
111	NC_014575	TA	8	108264	108279	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	30932235
112	NC_014575	TTAA	3	108489	108500	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	30932235
113	NC_014575	TA	6	108811	108821	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	30932235
114	NC_014575	TCAT	3	110056	110067	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	30932235
115	NC_014575	GAAA	3	110191	110201	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	30932235
116	NC_014575	A	18	115551	115568	18	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	30932235
117	NC_014575	ATCT	3	115799	115809	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	30932235
118	NC_014575	G	13	116245	116257	13	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	30932235
119	NC_014575	TAC	4	116665	116676	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	30932235

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