ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Anomochloa marantoidea chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_014062	CAG	4	692	703	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	295065708
2	NC_014062	AAGT	3	798	808	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	295065708
3	NC_014062	TCTTT	3	2600	2614	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	295065709
4	NC_014062	AAG	4	3257	3267	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	295065709
5	NC_014062	ATAC	3	3533	3545	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
6	NC_014062	A	18	3598	3615	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
7	NC_014062	TTTC	4	4190	4204	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
8	NC_014062	TCTCT	3	4705	4718	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	295065710
9	NC_014062	ATGAAT	3	5256	5272	17	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	295065710
10	NC_014062	TTCTAT	4	5382	5406	25	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	8 %	295065710
11	NC_014062	AAAG	3	6176	6187	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_014062	AT	8	6358	6372	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
13	NC_014062	GATAT	3	7340	7354	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
14	NC_014062	GAAA	3	10821	10832	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	295065714
15	NC_014062	TTG	4	11226	11236	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	295065714
16	NC_014062	AG	6	11929	11939	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_014062	ATA	4	12709	12721	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_014062	CGTAG	3	12950	12963	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
19	NC_014062	CTTT	5	13283	13303	21	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
20	NC_014062	AATCT	3	13891	13904	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
21	NC_014062	TTAT	3	14858	14868	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_014062	TTCT	3	15019	15030	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014062	ATGTAT	3	15357	15374	18	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
24	NC_014062	TA	6	15376	15387	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_014062	AC	6	15488	15498	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
26	NC_014062	CTTT	3	15698	15709	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
27	NC_014062	AGAA	3	16417	16428	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_014062	AATT	3	16778	16789	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_014062	AT	7	16958	16970	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
30	NC_014062	TTCCTA	3	17032	17048	17	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
31	NC_014062	ATT	4	17385	17396	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_014062	ATAA	3	17484	17494	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_014062	A	15	17720	17734	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
34	NC_014062	TTC	4	18499	18510	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
35	NC_014062	T	16	18514	18529	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
36	NC_014062	ATCA	3	18774	18784	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
37	NC_014062	TAAA	3	18937	18948	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_014062	T	13	19950	19962	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014062	AATA	3	20066	20076	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_014062	TTTTC	3	21349	21363	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	295065718
41	NC_014062	AGA	5	21376	21390	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	295065718
42	NC_014062	CAACTT	3	21826	21843	18	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	5 %	295065718
43	NC_014062	AAAC	4	23493	23507	15	75 %	0 %	0 %	25 %	6 %	295065718
44	NC_014062	AAC	4	24029	24040	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	295065719
45	NC_014062	A	13	24655	24667	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	295065719
46	NC_014062	A	14	24979	24992	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	295065719
47	NC_014062	AAT	4	26465	26476	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	295065719
48	NC_014062	AT	6	27747	27757	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	295065720
49	NC_014062	TTCTGT	3	28513	28530	18	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	295065720
50	NC_014062	CTTC	3	28680	28691	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	295065720
51	NC_014062	A	14	31273	31286	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	295065720
52	NC_014062	GTT	5	33256	33270	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	295065722
53	NC_014062	T	18	34145	34162	18	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014062	AGG	4	36968	36979	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	295065725
55	NC_014062	TTTC	3	38066	38076	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
56	NC_014062	T	15	38648	38662	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	295065726
57	NC_014062	ATT	4	38756	38767	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_014062	ATG	4	40271	40281	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	295065727
59	NC_014062	AAGA	3	41365	41376	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	295065728
60	NC_014062	CTA	4	41834	41845	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	295065728
61	NC_014062	TG	6	42206	42216	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	295065728
62	NC_014062	CTAG	3	42308	42320	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	295065728
63	NC_014062	AAG	4	44302	44313	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	295065729
64	NC_014062	AATC	3	44344	44354	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	295065729
65	NC_014062	TTTC	3	44859	44869	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	295065729
66	NC_014062	TTAC	3	45779	45789	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	295065729
67	NC_014062	AAT	4	46805	46816	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_014062	AGT	4	47318	47329	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	295065730
69	NC_014062	TTAA	3	48049	48059	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_014062	AAGA	3	48239	48250	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_014062	A	17	48459	48475	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
72	NC_014062	AAAG	3	48519	48529	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_014062	TTGA	3	48562	48574	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
74	NC_014062	AAAAGA	3	48698	48715	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
75	NC_014062	TGG	4	48769	48780	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_014062	TATT	3	49836	49847	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_014062	CTT	4	50700	50712	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
78	NC_014062	T	14	51441	51454	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_014062	AAGAAA	3	52193	52210	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
80	NC_014062	AATT	4	55843	55858	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
81	NC_014062	CTTT	3	56376	56387	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
82	NC_014062	GAA	4	59760	59772	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_014062	GAA	4	59776	59786	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_014062	GAA	4	60372	60382	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_014062	AATG	3	61191	61202	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	295065739
86	NC_014062	ATTC	3	61314	61324	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
87	NC_014062	TTC	4	62299	62310	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	295065740
88	NC_014062	T	15	62477	62491	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
89	NC_014062	ATAAA	3	62552	62565	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_014062	TTAG	3	64616	64626	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_014062	ATT	6	65238	65255	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
92	NC_014062	TAAA	3	65462	65472	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_014062	TTGAA	3	65582	65596	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	295065745
94	NC_014062	T	13	65737	65749	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
95	NC_014062	TCA	4	66850	66860	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
96	NC_014062	TATT	3	67008	67018	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_014062	TCT	5	67150	67163	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
98	NC_014062	AAAT	3	68689	68699	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_014062	A	13	68712	68724	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_014062	CTTTA	3	73485	73498	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	295065707
101	NC_014062	G	13	73827	73839	13	0 %	0 %	100 %	0 %	7 %	295065707
102	NC_014062	TCT	4	76139	76151	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	295065707
103	NC_014062	T	16	77626	77641	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	295065707
104	NC_014062	A	13	77941	77953	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	295065707
105	NC_014062	T	12	78231	78242	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	295065707
106	NC_014062	TTTC	3	78813	78824	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	295065707
107	NC_014062	TTCT	3	80542	80553	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	295065707
108	NC_014062	TTAT	4	80774	80788	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	295065707
109	NC_014062	ATTT	3	81521	81531	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	295065707
110	NC_014062	T	14	81735	81748	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	295065707
111	NC_014062	TATT	3	82851	82862	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	295065707
112	NC_014062	AT	6	86237	86250	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	295065707
113	NC_014062	ATA	4	88560	88570	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	295065707
114	NC_014062	TTTGTT	3	89479	89497	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	295065707
115	NC_014062	TTCT	3	89618	89628	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	295065707
116	NC_014062	TAC	4	90376	90387	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	295065707
117	NC_014062	AAG	4	90774	90785	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	295065751
118	NC_014062	TATTAG	3	91264	91282	19	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	295065751
119	NC_014062	TATTAG	3	91299	91317	19	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	295065751
120	NC_014062	TATTAG	3	91334	91352	19	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	295065751
121	NC_014062	AGG	4	91470	91481	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	295065751
122	NC_014062	AAAT	3	91677	91688	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	295065751
123	NC_014062	GTGTG	3	94261	94275	15	0 %	40 %	60 %	0 %	6 %	295065751
124	NC_014062	AAAC	3	94539	94551	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	295065751
125	NC_014062	ATCC	3	94673	94684	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	295065751
126	NC_014062	CTAT	3	95062	95073	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	295065751
127	NC_014062	ACGG	3	97933	97944	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	295065751
128	NC_014062	AGGT	3	98184	98195	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	295065751
129	NC_014062	GGA	4	100063	100073	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	295065751
130	NC_014062	AAAG	4	100742	100757	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	295065751
131	NC_014062	A	16	101869	101884	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	295065751
132	NC_014062	GAAT	3	104058	104068	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	295065751
133	NC_014062	AAGG	3	104070	104081	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	295065751
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168	NC_014062	GAAAA	3	131618	131633	16	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
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171	NC_014062	TAAG	3	137819	137830	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
172	NC_014062	CATT	3	137988	137998	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Anomochloa marantoidea chloroplast