ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Oncidium Gower Ramsey chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_014056	TTC	4	1838	1849	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	295311713
2	NC_014056	ATA	5	3412	3426	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
3	NC_014056	AAGA	3	4483	4493	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_014056	TCTCT	3	4793	4806	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	295311714
5	NC_014056	GACTTT	3	6063	6079	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
6	NC_014056	ATTT	3	6339	6349	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_014056	GTTT	3	6459	6470	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_014056	TAA	4	6616	6627	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_014056	AAGAA	3	7156	7171	16	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
10	NC_014056	ATCTT	3	7775	7789	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014056	GA	6	8071	8082	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_014056	ATTCT	3	8410	8425	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
13	NC_014056	AT	6	8446	8456	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_014056	TAT	4	8459	8469	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_014056	ATTCT	3	8668	8682	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014056	CTAT	3	9817	9828	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
17	NC_014056	GTCT	3	10953	10964	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	295311717
18	NC_014056	AAAG	3	12270	12280	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	295311718
19	NC_014056	AATA	3	12762	12773	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	295311718
20	NC_014056	GACTTT	3	13470	13488	19	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
21	NC_014056	ATT	4	14449	14460	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_014056	TCT	4	14665	14676	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014056	GAATC	3	14762	14775	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	295311721
24	NC_014056	TGC	4	15150	15161	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	295311721
25	NC_014056	TCT	4	15428	15439	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
26	NC_014056	CTGCT	3	16019	16032	14	0 %	40 %	20 %	40 %	7 %	295311722
27	NC_014056	TCT	4	17228	17238	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	295311722
28	NC_014056	AT	6	19014	19024	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	295311722
29	NC_014056	TTC	4	21694	21705	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	295311723
30	NC_014056	TTCA	3	21775	21786	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	295311723
31	NC_014056	TTTA	3	21799	21809	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	295311723
32	NC_014056	GTT	4	22764	22775	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	295311723
33	NC_014056	GAAA	3	25410	25422	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	295311724
34	NC_014056	AGCT	3	26628	26639	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
35	NC_014056	TCTA	3	26711	26721	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
36	NC_014056	AT	6	27277	27287	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_014056	AAGT	3	27696	27706	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_014056	ATTT	3	28002	28013	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_014056	AATCAA	3	29032	29050	19	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
40	NC_014056	TACT	3	29251	29262	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014056	AGTA	3	29840	29850	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
42	NC_014056	AAAG	3	29953	29964	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_014056	AT	6	30691	30701	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_014056	AT	6	30860	30870	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_014056	TTA	4	31047	31058	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_014056	TTTCT	3	31235	31249	15	0 %	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014056	TA	6	31422	31432	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_014056	A	17	31792	31808	17	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014056	TAAA	3	31999	32010	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_014056	TGC	4	33283	33293	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	295311727
51	NC_014056	GAAA	3	34124	34135	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	295311728
52	NC_014056	TATTGT	3	35120	35138	19	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
53	NC_014056	A	14	35425	35438	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
54	NC_014056	TC	6	35741	35751	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	295311729
55	NC_014056	AT	11	35958	35977	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
56	NC_014056	TTTG	3	36815	36825	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_014056	ACAA	3	36836	36847	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
58	NC_014056	ATG	4	38234	38244	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	295311731
59	NC_014056	AAGA	3	39328	39339	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	295311732
60	NC_014056	AATG	3	39727	39738	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	295311732
61	NC_014056	TG	6	40169	40179	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	295311732
62	NC_014056	TGGCC	3	41251	41265	15	0 %	20 %	40 %	40 %	6 %	295311732
63	NC_014056	AAGA	3	42531	42541	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	295311733
64	NC_014056	TCTTT	3	42894	42907	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	295311733
65	NC_014056	TTG	4	43578	43588	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	295311733
66	NC_014056	TC	6	44019	44029	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
67	NC_014056	GTT	4	44333	44344	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_014056	TC	6	44538	44549	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
69	NC_014056	AAAT	3	45753	45764	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_014056	TTC	4	45915	45926	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
71	NC_014056	CATATA	3	46063	46080	18	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
72	NC_014056	TA	6	46081	46092	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_014056	AGG	4	46182	46194	13	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	7 %	Non-Coding
74	NC_014056	AT	6	46201	46212	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_014056	TTGA	3	46502	46514	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_014056	GAAA	3	46720	46732	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_014056	TCTATT	3	46998	47016	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
78	NC_014056	GGAA	3	47950	47962	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_014056	ACTT	3	49101	49111	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
80	NC_014056	T	12	49230	49241	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_014056	AAATG	3	49424	49437	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_014056	TAAA	3	49499	49509	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_014056	GA	6	49553	49563	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_014056	ATT	4	50966	50978	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	295311735
85	NC_014056	TCATAA	3	52671	52689	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	295311736
86	NC_014056	AATCC	3	52807	52821	15	40 %	20 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
87	NC_014056	TA	7	53053	53065	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_014056	TA	7	53074	53087	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
89	NC_014056	ATTT	3	53145	53156	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_014056	TTCA	3	53388	53398	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
91	NC_014056	TTG	4	53496	53506	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_014056	TAT	4	56161	56172	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	295311738
93	NC_014056	A	12	57216	57227	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	295311738
94	NC_014056	AAAT	3	57249	57260	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_014056	GTT	4	57892	57902	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_014056	TACAA	3	60282	60295	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
97	NC_014056	GAAA	3	60753	60765	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	295311742
98	NC_014056	TAT	4	62471	62481	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_014056	AATC	3	63060	63071	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
100	NC_014056	AAGA	3	63287	63299	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
101	NC_014056	GAAT	3	63318	63328	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
102	NC_014056	A	12	63577	63588	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_014056	TGAAA	3	63982	63995	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	295311746
104	NC_014056	TCAA	3	64997	65008	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
105	NC_014056	A	18	65019	65036	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
106	NC_014056	ATTA	4	65289	65303	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
107	NC_014056	TTCT	3	65506	65517	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
108	NC_014056	GAAA	3	65779	65790	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	295311749
109	NC_014056	TAAA	3	65896	65907	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_014056	TCTT	3	66400	66411	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
111	NC_014056	ATTTGT	3	66546	66562	17	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
112	NC_014056	AAAG	3	67132	67142	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_014056	TTC	4	67979	67990	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	295311779
114	NC_014056	TA	6	68086	68097	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	295311779
115	NC_014056	TTTA	3	68329	68340	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	295311779
116	NC_014056	TAT	4	68621	68633	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	295311779
117	NC_014056	TA	8	70150	70164	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	295311779
118	NC_014056	TA	9	70220	70237	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	295311779
119	NC_014056	GTTG	3	71664	71675	12	0 %	50 %	50 %	0 %	0 %	295311779
120	NC_014056	AT	7	72322	72335	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	295311779
121	NC_014056	TAA	4	72360	72371	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	295311779
122	NC_014056	TTTC	3	72585	72596	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	295311779
123	NC_014056	AT	6	74641	74651	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	295311779
124	NC_014056	CATC	3	74908	74919	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	295311779
125	NC_014056	AATG	3	75395	75405	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	295311779
126	NC_014056	AATC	4	76595	76610	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	295311779
127	NC_014056	GAAA	3	79499	79509	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	295311779
128	NC_014056	CTT	4	79562	79573	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	295311779
129	NC_014056	TA	6	80072	80083	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	295311779
130	NC_014056	TA	6	80176	80187	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	295311779
131	NC_014056	TA	6	80192	80202	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	295311779
132	NC_014056	A	14	80357	80370	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	295311779
133	NC_014056	TGTTGA	3	80739	80755	17	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	5 %	295311779
134	NC_014056	TTCT	3	80826	80837	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	295311779
135	NC_014056	ATT	4	81278	81288	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	295311779
136	NC_014056	CTT	4	83112	83123	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	295311779
137	NC_014056	GAT	4	84951	84961	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	295311779
138	NC_014056	GCAA	3	85360	85370	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	295311779
139	NC_014056	TTCT	3	86646	86656	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	295311779
140	NC_014056	TTTC	3	86933	86944	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	295311779
141	NC_014056	GAT	4	87826	87837	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	295311779
142	NC_014056	TGAT	3	89463	89475	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	295311779
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164	NC_014056	AATGAA	3	108097	108115	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	295311785
165	NC_014056	TA	6	108260	108270	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	295311785
166	NC_014056	TTTA	3	108299	108310	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	295311785
167	NC_014056	TTCT	4	108332	108347	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	295311785
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173	NC_014056	TA	6	112447	112458	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	295311785
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175	NC_014056	AT	6	112509	112519	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	295311785
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179	NC_014056	ATA	4	115265	115276	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	295311785
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182	NC_014056	TATT	3	116035	116045	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	295311785
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185	NC_014056	TTAT	3	117021	117032	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	295311785
186	NC_014056	GAAT	3	117119	117130	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	295311785
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191	NC_014056	TTC	5	119141	119155	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	295311785
192	NC_014056	CTTT	3	119489	119500	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	295311785
193	NC_014056	A	12	119772	119783	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	295311785
194	NC_014056	CTTT	4	120169	120184	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	295311785
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198	NC_014056	CTTA	3	122747	122757	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	295311785
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200	NC_014056	A	12	129960	129971	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	295311785
201	NC_014056	TAA	4	130616	130628	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	295311785
202	NC_014056	GAG	4	130963	130974	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	295311785
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204	NC_014056	ATTT	3	133551	133561	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
205	NC_014056	A	13	134590	134602	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
206	NC_014056	TAGA	3	136217	136228	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
207	NC_014056	TAA	4	137852	137863	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	295311775
208	NC_014056	TGAA	3	138389	138400	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	295311775
209	NC_014056	TCA	4	139287	139299	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	295311775
210	NC_014056	ATCA	3	139334	139346	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	295311775
211	NC_014056	ATC	4	140972	140983	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	295311775
212	NC_014056	GAAA	3	141865	141880	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	295311775
213	NC_014056	ATTT	3	142026	142037	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	295311775
214	NC_014056	TTGC	3	143439	143449	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	295311775
215	NC_014056	ATC	4	143848	143858	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
216	NC_014056	CATT	3	145902	145912	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Oncidium Gower Ramsey chloroplast