ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Penta-nucleotide Imperfect Repeats of Cucurbita pepo mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_014050	TGTAA	3	5876	5891	16	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
2	NC_014050	TAAGA	4	15281	15299	19	60 %	20 %	20 %	0 %	5 %	Non-Coding
3	NC_014050	TTCTT	3	22663	22676	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
4	NC_014050	ATTGA	3	27463	27476	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_014050	GGTTT	3	28135	28148	14	0 %	60 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_014050	TATAG	3	50080	50094	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_014050	CGCTA	3	63735	63748	14	20 %	20 %	20 %	40 %	7 %	Non-Coding
8	NC_014050	GAACA	3	72033	72046	14	60 %	0 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
9	NC_014050	TCTTT	3	79301	79315	15	0 %	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014050	AAAAG	3	90693	90707	15	80 %	0 %	20 %	0 %	0 %	29531169
11	NC_014050	GTGTA	3	105969	105983	15	20 %	40 %	40 %	0 %	0 %	29531169
12	NC_014050	GAGAT	3	111903	111917	15	40 %	20 %	40 %	0 %	0 %	29531169
13	NC_014050	AGAGA	4	112099	112118	20	60 %	0 %	40 %	0 %	5 %	29531169
14	NC_014050	AAGCA	3	116144	116159	16	60 %	0 %	20 %	20 %	6 %	29531169
15	NC_014050	GTATA	3	120746	120760	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	29531169
16	NC_014050	TGAAC	3	143009	143022	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	29531169
17	NC_014050	AGAAA	5	163276	163300	25	80 %	0 %	20 %	0 %	8 %	29531169
18	NC_014050	GAAAG	3	163317	163332	16	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	29531169
19	NC_014050	TCTTT	3	164333	164347	15	0 %	80 %	0 %	20 %	0 %	29531169
20	NC_014050	GTATA	3	169613	169627	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	29531169
21	NC_014050	ATCCT	3	176613	176626	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	29531169
22	NC_014050	CTTTT	3	180052	180067	16	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	29531169
23	NC_014050	CCCTT	3	180291	180304	14	0 %	40 %	0 %	60 %	7 %	29531169
24	NC_014050	CTGAT	3	183750	183764	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	29531169
25	NC_014050	TCTCT	4	196507	196525	19	0 %	60 %	0 %	40 %	5 %	29531169
26	NC_014050	AAGTC	3	209004	209017	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	29531169
27	NC_014050	ATAGA	3	211182	211195	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	29531169
28	NC_014050	CACAA	3	211558	211572	15	60 %	0 %	0 %	40 %	6 %	29531169
29	NC_014050	GAATG	3	214492	214506	15	40 %	20 %	40 %	0 %	6 %	29531169
30	NC_014050	CTATT	3	216390	216404	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	29531169
31	NC_014050	GAAAA	3	216485	216499	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	29531169
32	NC_014050	CTATT	3	221633	221647	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	29531169
33	NC_014050	GAAAG	5	226101	226124	24	60 %	0 %	40 %	0 %	8 %	29531169
34	NC_014050	AGCAC	3	235194	235207	14	40 %	0 %	20 %	40 %	7 %	29531169
35	NC_014050	AGGGA	3	241179	241193	15	40 %	0 %	60 %	0 %	6 %	29531169
36	NC_014050	TCAAT	3	242676	242691	16	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	29531169
37	NC_014050	TTTCT	3	250177	250191	15	0 %	80 %	0 %	20 %	0 %	29531169
38	NC_014050	GATTC	3	254465	254478	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	29531169
39	NC_014050	CTATT	3	255837	255851	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	29531169
40	NC_014050	AAAGA	4	261415	261435	21	80 %	0 %	20 %	0 %	9 %	29531169
41	NC_014050	TCTTG	3	262354	262367	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	29531169
42	NC_014050	GGAAA	3	288462	288476	15	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	29531169
43	NC_014050	TTCAG	3	290227	290240	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	29531169
44	NC_014050	AGTAG	3	302171	302186	16	40 %	20 %	40 %	0 %	6 %	29531169
45	NC_014050	TTTGT	3	307816	307830	15	0 %	80 %	20 %	0 %	0 %	29531169
46	NC_014050	CAAAA	3	310222	310236	15	80 %	0 %	0 %	20 %	6 %	29531169
47	NC_014050	AACCT	4	315179	315198	20	40 %	20 %	0 %	40 %	10 %	29531169
48	NC_014050	TTTTC	3	320583	320596	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	29531169
49	NC_014050	AAGAT	3	324843	324856	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	29531169
50	NC_014050	CTATT	5	329004	329028	25	20 %	60 %	0 %	20 %	8 %	29531169
51	NC_014050	AGGCC	3	330215	330229	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	29531169
52	NC_014050	AAGGG	3	335693	335706	14	40 %	0 %	60 %	0 %	7 %	29531169
53	NC_014050	AAGAA	3	340372	340387	16	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	29531169
54	NC_014050	CTATT	3	345736	345749	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	29531169
55	NC_014050	CTGAT	3	374752	374765	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	29531169
56	NC_014050	TACTT	3	379232	379246	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	29531169
57	NC_014050	CTAAC	3	379767	379780	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	29531169
58	NC_014050	CTACT	3	386390	386403	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	29531169
59	NC_014050	TGGCC	3	386485	386498	14	0 %	20 %	40 %	40 %	7 %	29531169
60	NC_014050	CTCTT	7	386930	386966	37	0 %	60 %	0 %	40 %	10 %	29531169
61	NC_014050	TCTTT	3	387652	387665	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	29531169
62	NC_014050	AGGCT	4	388474	388492	19	20 %	20 %	40 %	20 %	5 %	29531169
63	NC_014050	TTATG	3	390984	390998	15	20 %	60 %	20 %	0 %	0 %	29531169
64	NC_014050	AGACA	3	397699	397713	15	60 %	0 %	20 %	20 %	6 %	29531168
65	NC_014050	ATAGT	3	398054	398068	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	29531168
66	NC_014050	TCTTT	4	402125	402145	21	0 %	80 %	0 %	20 %	9 %	29531168
67	NC_014050	TCTTT	3	402449	402463	15	0 %	80 %	0 %	20 %	0 %	29531168
68	NC_014050	TCTTT	3	403540	403554	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	29531168
69	NC_014050	TCAAT	3	410840	410853	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	29531168
70	NC_014050	CTATT	3	421131	421145	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	29531168
71	NC_014050	CGGGG	3	438292	438305	14	0 %	0 %	80 %	20 %	7 %	29531168
72	NC_014050	CTTGT	3	444125	444138	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	29531168
73	NC_014050	CTATT	3	451553	451567	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	29531168
74	NC_014050	CCGGG	3	453671	453684	14	0 %	0 %	60 %	40 %	7 %	29531168
75	NC_014050	GGTTA	3	456212	456225	14	20 %	40 %	40 %	0 %	7 %	29531168
76	NC_014050	TGTCT	3	465707	465721	15	0 %	60 %	20 %	20 %	0 %	29531168
77	NC_014050	AGCTA	3	466162	466175	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	29531168
78	NC_014050	TCAAT	3	467394	467409	16	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	29531168
79	NC_014050	TTTCT	3	470052	470065	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	29531168
80	NC_014050	TTTTC	3	479786	479799	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	29531168
81	NC_014050	AGTCT	3	492016	492030	15	20 %	40 %	20 %	20 %	0 %	29531168
82	NC_014050	AACAA	3	493663	493676	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	29531168
83	NC_014050	AAACC	3	502459	502473	15	60 %	0 %	0 %	40 %	6 %	29531168
84	NC_014050	CTGAT	3	512226	512239	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	29531168
85	NC_014050	GAATA	3	515739	515752	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	29531168
86	NC_014050	CCGTT	3	526856	526869	14	0 %	40 %	20 %	40 %	7 %	29531168
87	NC_014050	GGTCT	3	536119	536132	14	0 %	40 %	40 %	20 %	7 %	29531168
88	NC_014050	GAATA	3	537813	537826	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	29531168
89	NC_014050	TTCTT	3	538298	538311	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	29531168
90	NC_014050	GAATA	3	540294	540307	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	29531168
91	NC_014050	CTTCT	3	541832	541847	16	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	29531168
92	NC_014050	CTGCT	3	543660	543673	14	0 %	40 %	20 %	40 %	7 %	29531168
93	NC_014050	TATTC	3	544013	544026	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	29531168
94	NC_014050	CTGTT	3	544614	544627	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	29531168
95	NC_014050	TTCTC	4	545029	545049	21	0 %	60 %	0 %	40 %	9 %	29531168
96	NC_014050	TGTCT	6	545441	545468	28	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	29531168
97	NC_014050	GCTCT	3	545596	545610	15	0 %	40 %	20 %	40 %	0 %	29531168
98	NC_014050	TTCTC	3	546071	546084	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	29531168
99	NC_014050	ACTCA	3	551742	551755	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	29531168
100	NC_014050	GAACT	5	573275	573299	25	40 %	20 %	20 %	20 %	8 %	29531168
101	NC_014050	AGATT	4	580617	580636	20	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	29531168
102	NC_014050	TTCAA	3	585448	585461	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	29531168
103	NC_014050	ACCTG	3	588274	588287	14	20 %	20 %	20 %	40 %	7 %	29531168
104	NC_014050	CTTTT	3	601310	601323	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	29531168
105	NC_014050	AAAGA	3	602192	602206	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	29531168
106	NC_014050	GAATA	3	610040	610054	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	29531168
107	NC_014050	AACAG	3	611940	611953	14	60 %	0 %	20 %	20 %	7 %	29531168
108	NC_014050	ACTCT	3	613627	613640	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	29531168
109	NC_014050	AATAG	3	614946	614959	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	29531168
110	NC_014050	TTCTC	3	617457	617470	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	29531168
111	NC_014050	TTCAA	3	623163	623176	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	29531168
112	NC_014050	GAGAG	3	633494	633508	15	40 %	0 %	60 %	0 %	6 %	29531168
113	NC_014050	AGGAG	4	635096	635116	21	40 %	0 %	60 %	0 %	9 %	29531168
114	NC_014050	ATTAA	3	641578	641591	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	29531168
115	NC_014050	ATATA	4	645545	645563	19	60 %	40 %	0 %	0 %	5 %	29531168
116	NC_014050	TCAAG	3	646177	646190	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	29531168
117	NC_014050	AAAGA	3	647401	647415	15	80 %	0 %	20 %	0 %	0 %	29531168
118	NC_014050	TATCT	3	649728	649741	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	29531168
119	NC_014050	AATCT	3	649936	649949	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	29531168
120	NC_014050	TAGAA	3	660474	660487	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	29531168
121	NC_014050	TCTTT	3	675790	675805	16	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	29531168
122	NC_014050	ATTCT	3	677576	677590	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	29531168
123	NC_014050	TTGAA	3	681553	681567	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	29531168
124	NC_014050	AATAG	3	685445	685459	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	29531168
125	NC_014050	TCTCT	3	699918	699931	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	29531168
126	NC_014050	TCTCT	3	700007	700020	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	29531168
127	NC_014050	AGTTC	3	703007	703020	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	29531168
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129	NC_014050	AATAG	3	714396	714411	16	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	29531168
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180	NC_014050	TCAAT	3	969290	969305	16	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Penta-nucleotide Imperfect Repeats of Cucurbita pepo mitochondrion