ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Cucurbita pepo mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_014050	ACCA	4	1937	1952	16	50 %	0 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
2	NC_014050	GGAA	3	2395	2407	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_014050	CTTT	3	3398	3408	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
4	NC_014050	CCCT	3	3981	3991	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
5	NC_014050	AACA	3	4835	4846	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014050	TTGG	5	6122	6142	21	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_014050	AGTC	3	6222	6233	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
8	NC_014050	AAGG	3	6932	6942	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_014050	AAAC	3	7167	7178	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014050	AAAG	4	8191	8206	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
11	NC_014050	TGAA	3	8998	9008	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_014050	TTTC	3	9757	9767	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
13	NC_014050	AGAA	4	10561	10577	17	75 %	0 %	25 %	0 %	5 %	Non-Coding
14	NC_014050	AAGT	3	10802	10812	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_014050	TAGA	3	11844	11856	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_014050	TCTT	3	12152	12163	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014050	GAAC	3	12555	12566	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014050	TCTA	3	13117	13127	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
19	NC_014050	GTCT	3	13609	13620	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_014050	TTCT	3	19609	19621	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
21	NC_014050	TTAC	4	20230	20246	17	25 %	50 %	0 %	25 %	5 %	Non-Coding
22	NC_014050	ACAT	6	22421	22444	24	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
23	NC_014050	GAAT	3	24103	24114	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014050	AAAG	3	24742	24753	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_014050	AGCC	5	26262	26282	21	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
26	NC_014050	AGAA	3	26294	26306	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_014050	AATA	3	26499	26510	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014050	CTTT	4	28418	28433	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
29	NC_014050	CAAA	3	29339	29349	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
30	NC_014050	TGTC	3	29512	29523	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014050	GTCT	5	29716	29735	20	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014050	TCCA	3	32841	32851	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
33	NC_014050	AAAG	3	33364	33374	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_014050	AGGC	4	33916	33931	16	25 %	0 %	50 %	25 %	6 %	Non-Coding
35	NC_014050	GAAA	3	34965	34975	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_014050	AAAG	3	35435	35445	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_014050	ATTT	3	35999	36010	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_014050	TAAT	3	36163	36174	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_014050	AGTG	3	36555	36566	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_014050	GCTT	3	36977	36988	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014050	TTTC	3	37335	37347	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
42	NC_014050	AGGG	3	38304	38314	11	25 %	0 %	75 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_014050	TTAC	3	39080	39090	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
44	NC_014050	CTCC	3	39691	39703	13	0 %	25 %	0 %	75 %	7 %	Non-Coding
45	NC_014050	TTCA	4	39827	39842	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
46	NC_014050	GCAA	3	40215	40226	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014050	TATC	3	44452	44463	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014050	CTTC	3	45733	45744	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
49	NC_014050	TGAA	3	46763	46774	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014050	CAGC	4	49648	49662	15	25 %	0 %	25 %	50 %	6 %	Non-Coding
51	NC_014050	GAAA	3	49684	49696	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_014050	GTTG	3	50213	50223	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
53	NC_014050	AGCT	3	51067	51077	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
54	NC_014050	AAAG	3	51591	51601	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_014050	TTGC	3	54752	54763	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
56	NC_014050	AGAA	6	55027	55050	24	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_014050	CTTG	4	56946	56961	16	0 %	50 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
58	NC_014050	CTTC	3	57283	57294	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014050	AAAG	3	57694	57705	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_014050	TGCT	3	59451	59462	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014050	AAAG	3	60932	60943	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_014050	ATCA	3	61654	61665	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
63	NC_014050	AACA	3	62195	62207	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
64	NC_014050	TTTG	4	64951	64966	16	0 %	75 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
65	NC_014050	CTTC	3	65437	65448	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_014050	CTTT	3	66458	66469	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_014050	TGTT	4	68769	68784	16	0 %	75 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
68	NC_014050	TTCT	3	70203	70214	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
69	NC_014050	GCTT	3	70954	70966	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
70	NC_014050	AGAA	3	72054	72065	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014050	GAAA	3	72267	72277	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_014050	ATTC	3	73060	73071	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
73	NC_014050	GAAA	3	75267	75277	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_014050	TTTC	3	75947	75957	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
75	NC_014050	CTTT	5	77257	77277	21	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
76	NC_014050	AAGA	6	78266	78289	24	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_014050	TTCT	4	78551	78566	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
78	NC_014050	TCTT	4	79076	79091	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
79	NC_014050	AGTC	3	80067	80077	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
80	NC_014050	CCCT	3	80325	80335	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
81	NC_014050	AGGT	3	84008	84019	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	29531169
82	NC_014050	TAGA	3	84195	84206	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	29531169
83	NC_014050	ATTA	3	87178	87189	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	29531169
84	NC_014050	CTTC	3	88368	88379	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	29531169
85	NC_014050	CTTT	3	88454	88464	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	29531169
86	NC_014050	TTAG	3	89671	89682	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	29531169
87	NC_014050	CTTC	3	89973	89985	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	29531169
88	NC_014050	CTTT	4	90313	90327	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	29531169
89	NC_014050	CTTT	4	90345	90359	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	29531169
90	NC_014050	TTTC	3	91638	91648	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	29531169
91	NC_014050	TTTC	3	91739	91749	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	29531169
92	NC_014050	GTTT	3	95066	95076	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	29531169
93	NC_014050	CAAG	4	95362	95377	16	50 %	0 %	25 %	25 %	6 %	29531169
94	NC_014050	ATTC	3	95725	95736	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	29531169
95	NC_014050	TTCG	3	95777	95788	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	29531169
96	NC_014050	TTTC	3	95907	95917	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	29531169
97	NC_014050	GAAG	3	95994	96005	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	29531169
98	NC_014050	AAGG	3	96230	96241	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	29531169
99	NC_014050	TTTC	4	97087	97101	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	29531169
100	NC_014050	ATCT	3	98082	98094	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	29531169
101	NC_014050	CTAG	3	98323	98333	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	29531169
102	NC_014050	TATT	3	100733	100744	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	29531169
103	NC_014050	ACCA	4	101786	101801	16	50 %	0 %	0 %	50 %	0 %	29531169
104	NC_014050	TTCA	4	102705	102720	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	29531169
105	NC_014050	GAAA	3	102819	102830	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	29531169
106	NC_014050	CTTT	3	104467	104478	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	29531169
107	NC_014050	GATC	3	105130	105140	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	29531169
108	NC_014050	GAAT	3	107105	107115	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	29531169
109	NC_014050	ATTC	3	108745	108756	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	29531169
110	NC_014050	CTTT	3	111625	111635	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	29531169
111	NC_014050	GCCG	3	112007	112018	12	0 %	0 %	50 %	50 %	8 %	29531169
112	NC_014050	GAAA	3	114479	114489	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	29531169
113	NC_014050	CTTT	3	118147	118158	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	29531169
114	NC_014050	AAGG	3	120262	120272	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	29531169
115	NC_014050	CATA	3	121070	121080	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	29531169
116	NC_014050	ACGC	3	122056	122066	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	29531169
117	NC_014050	TCAA	3	123544	123554	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	29531169
118	NC_014050	TTTG	4	127091	127106	16	0 %	75 %	25 %	0 %	6 %	29531169
119	NC_014050	TTTC	3	127266	127276	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	29531169
120	NC_014050	CCTG	3	127724	127739	16	0 %	25 %	25 %	50 %	6 %	29531169
121	NC_014050	GAAA	3	128164	128175	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	29531169
122	NC_014050	CCCT	3	128301	128313	13	0 %	25 %	0 %	75 %	7 %	29531169
123	NC_014050	CCCG	3	133416	133428	13	0 %	0 %	25 %	75 %	7 %	29531169
124	NC_014050	GAAA	3	134079	134089	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	29531169
125	NC_014050	TTCT	3	134302	134313	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	29531169
126	NC_014050	TTCT	4	135166	135181	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	29531169
127	NC_014050	TCAA	4	135271	135286	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	29531169
128	NC_014050	ATTC	3	136897	136907	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	29531169
129	NC_014050	GAAA	3	137855	137867	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	29531169
130	NC_014050	ACAT	3	139469	139479	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	29531169
131	NC_014050	CTTG	3	142386	142397	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	29531169
132	NC_014050	CAGC	3	144515	144526	12	25 %	0 %	25 %	50 %	0 %	29531169
133	NC_014050	AGAA	3	148384	148399	16	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	29531169
134	NC_014050	TTGA	4	148400	148415	16	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	29531169
135	NC_014050	GAAT	3	148643	148654	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	29531169
136	NC_014050	GAAA	3	149269	149280	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	29531169
137	NC_014050	CTGT	3	149870	149881	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	29531169
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139	NC_014050	TCAC	3	150472	150483	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	29531169
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Cucurbita pepo mitochondrion