ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Hexa-nucleotide Imperfect Repeats of Cucurbita pepo mitochondrion

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_014050	GAACCC	3	4484	4502	19	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	10 %	Non-Coding
2	NC_014050	TTTTCT	3	15977	15994	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
3	NC_014050	GTCCAT	3	45568	45585	18	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
4	NC_014050	AGAGAA	3	62472	62488	17	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	Non-Coding
5	NC_014050	TATTCT	3	63888	63905	18	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
6	NC_014050	AAAAGA	3	65747	65764	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
7	NC_014050	TTAGAA	3	69100	69117	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
8	NC_014050	AAAAAG	3	72007	72024	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
9	NC_014050	GGTTCA	3	73086	73103	18	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
10	NC_014050	TGAAGG	3	92298	92315	18	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	5 %	29531169
11	NC_014050	CCATAC	3	100040	100057	18	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	5 %	29531169
12	NC_014050	CCTGAA	3	149626	149643	18	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	5 %	29531169
13	NC_014050	TTTAGA	3	153550	153568	19	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	10 %	29531169
14	NC_014050	ACTAAT	3	162516	162538	23	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	4 %	29531169
15	NC_014050	GGTTCA	3	164361	164378	18	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	5 %	29531169
16	NC_014050	TCGGTT	3	167773	167791	19	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	10 %	29531169
17	NC_014050	AAGGAA	3	188073	188090	18	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	29531169
18	NC_014050	TCCTTC	4	190141	190164	24	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	29531169
19	NC_014050	CTTGAT	3	191095	191111	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	29531169
20	NC_014050	TTCTCT	3	196867	196883	17	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	5 %	29531169
21	NC_014050	TCGTCT	3	217315	217333	19	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	10 %	29531169
22	NC_014050	AGAAAG	3	220738	220754	17	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	29531169
23	NC_014050	TTCTTT	3	222226	222242	17	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	29531169
24	NC_014050	CTCTTT	3	252116	252132	17	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	5 %	29531169
25	NC_014050	CAATCA	3	263090	263106	17	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	5 %	29531169
26	NC_014050	TCCTAC	3	264460	264477	18	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	5 %	29531169
27	NC_014050	AGGTTA	3	291133	291150	18	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	5 %	29531169
28	NC_014050	TAGCCT	3	313885	313901	17	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	5 %	29531169
29	NC_014050	ATCTTT	3	340439	340457	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	29531169
30	NC_014050	TGAACC	3	345642	345659	18	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	0 %	29531169
31	NC_014050	TGATCT	3	345850	345866	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	29531169
32	NC_014050	TTCTTT	3	358494	358512	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	29531169
33	NC_014050	CCTGAA	3	363742	363759	18	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	5 %	29531169
34	NC_014050	ACTGAT	3	376535	376552	18	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	29531169
35	NC_014050	ACTTAC	3	379455	379473	19	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	5 %	29531169
36	NC_014050	CAAGAG	3	381297	381314	18	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	5 %	29531169
37	NC_014050	TTTCTT	3	387225	387242	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	29531169
38	NC_014050	GTCTCT	3	387882	387898	17	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	5 %	29531169
39	NC_014050	CTTGAT	3	389890	389906	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	29531169
40	NC_014050	TCCTTC	3	390161	390178	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	29531169
41	NC_014050	AATGGA	3	395836	395853	18	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	5 %	29531168
42	NC_014050	GAACCT	3	401715	401732	18	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	5 %	29531168
43	NC_014050	ACCTTC	3	404477	404494	18	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	5 %	29531168
44	NC_014050	TTCACC	3	411569	411586	18	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	5 %	29531168
45	NC_014050	TCTCTT	3	424202	424220	19	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	5 %	29531168
46	NC_014050	TTAGGA	3	437245	437261	17	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	5 %	29531168
47	NC_014050	TCGCTC	3	440804	440820	17	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	5 %	29531168
48	NC_014050	CGGTTC	3	454166	454183	18	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	5 %	29531168
49	NC_014050	AGGTTC	3	454205	454222	18	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	5 %	29531168
50	NC_014050	GAAGGT	3	457818	457835	18	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	5 %	29531168
51	NC_014050	GCTTTC	3	459238	459256	19	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	10 %	29531168
52	NC_014050	AGGTTC	4	461203	461226	24	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	8 %	29531168
53	NC_014050	GAGGTT	3	463070	463088	19	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	10 %	29531168
54	NC_014050	GAAAAA	3	479591	479608	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	29531168
55	NC_014050	TTCTCT	3	485070	485088	19	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10 %	29531168
56	NC_014050	ACTCAA	3	495804	495822	19	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	5 %	29531168
57	NC_014050	GAACCT	3	510392	510409	18	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	5 %	29531168
58	NC_014050	CTTTCT	3	526696	526712	17	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	5 %	29531168
59	NC_014050	TTCCTA	3	541878	541895	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	29531168
60	NC_014050	CTGTCT	3	546041	546057	17	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	5 %	29531168
61	NC_014050	TCTTGT	4	546665	546687	23	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	8 %	29531168
62	NC_014050	CCTACT	3	546789	546807	19	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	5 %	29531168
63	NC_014050	ACCTGA	3	551678	551695	18	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	5 %	29531168
64	NC_014050	TCTTTT	3	568105	568122	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	29531168
65	NC_014050	ACATTG	3	570857	570874	18	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	29531168
66	NC_014050	TCTCTT	3	586882	586898	17	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	5 %	29531168
67	NC_014050	TTCTCC	3	588684	588701	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	29531168
68	NC_014050	CTGCTC	3	591032	591049	18	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	5 %	29531168
69	NC_014050	TCCTTC	3	596822	596839	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	29531168
70	NC_014050	TCTTTC	4	608849	608871	23	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	29531168
71	NC_014050	GACTGA	3	624141	624158	18	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	0 %	29531168
72	NC_014050	AAAAGA	3	624805	624822	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	29531168
73	NC_014050	TGATTG	3	634974	634990	17	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	5 %	29531168
74	NC_014050	TCTAAC	5	639724	639755	32	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	29531168
75	NC_014050	TCTAAC	3	639760	639777	18	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	0 %	29531168
76	NC_014050	GCTTTA	3	640240	640256	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	29531168
77	NC_014050	GAAGGA	3	659861	659879	19	50 %	0 %	50 %	0 %	10 %	29531168
78	NC_014050	GAAAGG	3	662206	662223	18	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	29531168
79	NC_014050	TATTAG	3	671766	671784	19	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	29531168
80	NC_014050	CAGTAG	3	675365	675382	18	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	0 %	29531168
81	NC_014050	GGAGAG	3	683409	683426	18	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	5 %	29531168
82	NC_014050	AAGCAG	3	703045	703063	19	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	10 %	29531168
83	NC_014050	GGGGCA	3	709766	709782	17	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	5 %	29531168
84	NC_014050	GATCAA	3	712741	712757	17	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	29531168
85	NC_014050	GTAGAG	3	714768	714784	17	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	5 %	29531168
86	NC_014050	GGAAAA	3	716629	716645	17	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	29531168
87	NC_014050	TCCTAT	4	725637	725659	23	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	8 %	29531168
88	NC_014050	GAAAGA	3	728764	728780	17	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	29531168
89	NC_014050	TTTCAT	3	739444	739462	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	10 %	29531168
90	NC_014050	AAAGAG	3	744412	744429	18	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	29531168
91	NC_014050	GATCAA	3	750055	750071	17	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	29531168
92	NC_014050	AGTAGG	3	777236	777253	18	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	0 %	29531168
93	NC_014050	TAGAGA	3	802617	802634	18	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29531168
94	NC_014050	GCTTTC	3	808378	808396	19	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	10 %	29531168
95	NC_014050	GAGAAA	3	809228	809244	17	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	29531168
96	NC_014050	TTGTCT	3	813417	813434	18	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	29531168
97	NC_014050	ATATGA	3	814332	814349	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	29531168
98	NC_014050	AATACT	3	819656	819674	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	10 %	29531168
99	NC_014050	GTAGAG	3	820093	820109	17	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	5 %	29531168
100	NC_014050	GATCAA	3	821544	821560	17	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	29531168
101	NC_014050	GAAGGA	3	822027	822043	17	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	29531168
102	NC_014050	AAGAGA	3	825893	825911	19	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10 %	29531168
103	NC_014050	GAAGGA	3	826238	826255	18	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	29531168
104	NC_014050	TTAGCT	3	832557	832573	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	29531168
105	NC_014050	AATAGG	3	836747	836764	18	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	5 %	29531168
106	NC_014050	CAACAT	3	847882	847899	18	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	5 %	29531168
107	NC_014050	AAAGGG	3	857412	857430	19	50 %	0 %	50 %	0 %	10 %	29531168
108	NC_014050	TGTAGT	5	858157	858186	30	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	6 %	29531168
109	NC_014050	GTTAGA	6	858283	858320	38	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	29531168
110	NC_014050	CTTCCT	3	858782	858798	17	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	29531168
111	NC_014050	TAGGAA	3	866694	866711	18	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	5 %	29531168
112	NC_014050	TAGTAT	3	868194	868212	19	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	10 %	29531168
113	NC_014050	AAAAAG	3	869937	869955	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	29531168
114	NC_014050	AAGGGA	4	882456	882479	24	50 %	0 %	50 %	0 %	4 %	29531168
115	NC_014050	TCTTTT	3	890415	890432	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	29531168
116	NC_014050	TCCTAT	3	920990	921007	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	29531168
117	NC_014050	TCTTTC	3	921128	921145	18	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29531168
118	NC_014050	TCCTTC	3	930083	930100	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	29531168
119	NC_014050	CTCCTG	4	931477	931500	24	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	4 %	29531168
120	NC_014050	AAAGAC	3	936312	936329	18	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	5 %	29531168
121	NC_014050	GAACCT	3	937530	937547	18	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	5 %	29531168
122	NC_014050	CCTCTC	3	948612	948629	18	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	5 %	29531168
123	NC_014050	TTTTTC	3	948704	948722	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	29531168
124	NC_014050	TCTAGT	3	967554	967570	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
125	NC_014050	TCTTTT	3	970917	970934	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Hexa-nucleotide Imperfect Repeats of Cucurbita pepo mitochondrion