ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Typha latifolia chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_013823	AAGT	3	785	795	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	289065069
2	NC_013823	TAGA	3	1218	1228	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_013823	AT	7	1279	1292	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_013823	TTC	4	1796	1807	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	289065070
5	NC_013823	TCTTT	3	2585	2599	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	289065070
6	NC_013823	ATGG	3	2735	2747	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	289065070
7	NC_013823	TA	11	3335	3355	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_013823	TA	7	3365	3378	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_013823	T	12	3722	3733	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013823	AAAT	3	3905	3915	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_013823	AAAT	3	4110	4121	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_013823	TCTCT	3	4948	4961	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	289065071
13	NC_013823	ATTT	3	6122	6132	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_013823	TAA	4	6220	6231	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_013823	AT	7	6622	6634	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_013823	GAA	4	7435	7446	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_013823	TTCT	3	7673	7683	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	289065072
18	NC_013823	TTAA	3	8008	8019	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_013823	AT	9	9169	9185	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
20	NC_013823	ATATAA	3	9190	9211	22	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_013823	TAAA	3	9647	9659	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_013823	AAACA	3	9660	9674	15	80 %	0 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
23	NC_013823	AT	7	9721	9733	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
24	NC_013823	AT	17	9764	9796	33	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_013823	AT	7	9828	9841	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_013823	AT	7	9848	9861	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_013823	A	22	9903	9924	22	100 %	0 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
28	NC_013823	TTTA	3	10037	10049	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
29	NC_013823	TC	6	10730	10740	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
30	NC_013823	TTTCT	3	10812	10825	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
31	NC_013823	A	16	14970	14985	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
32	NC_013823	CAAT	3	15318	15330	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
33	NC_013823	AT	7	15359	15373	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
34	NC_013823	CAATAT	3	15393	15411	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
35	NC_013823	AT	7	15414	15428	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
36	NC_013823	GATA	4	15509	15523	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
37	NC_013823	A	13	15883	15895	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
38	NC_013823	AT	7	16781	16795	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
39	NC_013823	TCT	4	17257	17267	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	289065078
40	NC_013823	T	17	17658	17674	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
41	NC_013823	TCAA	3	18128	18139	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	289065079
42	NC_013823	T	12	19792	19803	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	289065079
43	NC_013823	T	12	19899	19910	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	289065079
44	NC_013823	TTCA	3	24023	24034	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	289065080
45	NC_013823	T	16	24041	24056	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	289065080
46	NC_013823	GTT	4	24967	24978	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	289065080
47	NC_013823	GAAA	3	27619	27631	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	289065081
48	NC_013823	ACGGAG	3	28396	28412	17	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
49	NC_013823	CTAT	3	28843	28854	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013823	TATT	3	28926	28936	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_013823	A	18	29195	29212	18	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013823	ATTT	3	30738	30749	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_013823	TTTC	5	30751	30771	21	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
54	NC_013823	GAAA	3	31329	31340	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_013823	TA	7	31469	31481	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
56	NC_013823	TTTTA	3	32320	32334	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
57	NC_013823	AAAG	3	32783	32794	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_013823	A	12	33139	33150	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_013823	ATA	5	34219	34233	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
60	NC_013823	TACA	3	34317	34328	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
61	NC_013823	TAAA	3	34530	34541	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_013823	ACTT	3	34630	34640	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
63	NC_013823	ATTTT	3	35213	35227	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
64	NC_013823	GAAA	3	36983	36994	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	289065085
65	NC_013823	GGA	4	37185	37196	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	289065085
66	NC_013823	AG	6	38109	38119	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_013823	TA	12	38325	38348	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_013823	AATAA	3	38402	38416	15	80 %	20 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_013823	AT	11	38984	39003	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
70	NC_013823	AAAT	3	39987	39997	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_013823	ATG	4	41373	41383	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	289065088
72	NC_013823	AATG	3	42866	42877	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	289065089
73	NC_013823	GCA	4	43271	43282	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	289065089
74	NC_013823	TG	6	43308	43318	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	289065089
75	NC_013823	AAGA	3	45615	45625	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	289065090
76	NC_013823	TTG	4	46650	46660	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	289065090
77	NC_013823	CT	6	46906	46917	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	289065090
78	NC_013823	A	17	46937	46953	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	289065090
79	NC_013823	AGT	4	48430	48441	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	289065091
80	NC_013823	TA	19	48846	48882	37	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_013823	AAATAA	3	49351	49367	17	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
82	NC_013823	AT	6	49385	49395	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_013823	TA	12	49407	49428	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_013823	AT	6	49431	49441	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_013823	TA	6	49455	49468	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
86	NC_013823	TA	11	49467	49488	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_013823	TA	6	49496	49509	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_013823	TA	7	49511	49525	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
89	NC_013823	T	12	49772	49783	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013823	AATA	3	49785	49796	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_013823	AT	7	49866	49880	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
92	NC_013823	AAGAA	3	50077	50090	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_013823	AG	6	50137	50148	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_013823	A	14	50264	50277	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
95	NC_013823	AAAT	4	50337	50352	16	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_013823	TTGA	3	50438	50450	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_013823	TACA	3	50704	50715	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
98	NC_013823	AT	6	51203	51214	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_013823	TA	7	51542	51555	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_013823	ATTT	3	51818	51829	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_013823	TATT	3	51844	51856	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_013823	T	14	53453	53466	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	289065093
103	NC_013823	AAT	4	54502	54512	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_013823	TTGT	3	54794	54804	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_013823	TAG	4	57920	57931	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	289065096
106	NC_013823	ATATT	3	58234	58248	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
107	NC_013823	AGGATT	3	58521	58537	17	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	5 %	Non-Coding
108	NC_013823	ATAA	3	60212	60222	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
109	NC_013823	AT	6	60340	60350	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_013823	TTTA	3	60687	60698	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013823	AGAA	3	60700	60711	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013823	A	15	60782	60796	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
113	NC_013823	TTTA	3	63050	63060	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
114	NC_013823	ATTT	3	63268	63278	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
115	NC_013823	TTATT	3	63306	63320	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
116	NC_013823	TTTATA	3	63331	63349	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
117	NC_013823	TA	7	63407	63421	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
118	NC_013823	ATTAT	3	63426	63440	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
119	NC_013823	TTATAT	4	63442	63464	23	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
120	NC_013823	TA	31	63454	63514	61	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
121	NC_013823	TTGAA	3	64704	64717	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	289065100
122	NC_013823	TAA	4	64909	64920	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
123	NC_013823	TTTC	3	65163	65174	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
124	NC_013823	ATTTT	3	65383	65397	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
125	NC_013823	AATG	3	66272	66283	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	289065101
126	NC_013823	TTC	4	67365	67376	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	289065102
127	NC_013823	TTCA	3	67981	67992	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
128	NC_013823	TTG	4	68045	68056	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
129	NC_013823	T	12	68106	68117	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_013823	CTT	4	68257	68269	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
131	NC_013823	CTTT	3	69593	69603	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
132	NC_013823	GAAA	3	70026	70036	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
133	NC_013823	AC	6	70515	70525	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
134	NC_013823	T	18	71797	71814	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
135	NC_013823	TAA	4	72448	72458	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
136	NC_013823	TCT	4	72588	72599	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
137	NC_013823	AAAT	3	72844	72855	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	289065110
138	NC_013823	CAT	4	72869	72879	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
139	NC_013823	ACATAT	3	72920	72938	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
140	NC_013823	TTTC	3	74048	74060	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
141	NC_013823	TACTGA	3	74662	74680	19	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
142	NC_013823	A	13	75299	75311	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	289065113
143	NC_013823	ATAGAA	3	75409	75427	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	10 %	289065113
144	NC_013823	AAT	4	75768	75779	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	289065113
145	NC_013823	TAT	5	75809	75824	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	289065113
146	NC_013823	TTTC	3	76291	76302	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	289065113
147	NC_013823	A	15	76373	76387	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	289065113
148	NC_013823	T	14	76585	76598	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	289065113
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159	NC_013823	AT	6	87473	87484	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	289065113
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162	NC_013823	ATTT	3	87954	87965	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	289065113
163	NC_013823	T	14	89160	89173	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	289065113
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165	NC_013823	CTT	4	89847	89858	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	289065113
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168	NC_013823	TTCT	3	93352	93362	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	289065113
169	NC_013823	GAT	4	94697	94708	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	289065113
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171	NC_013823	TGAT	3	96367	96379	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	289065113
172	NC_013823	TGAT	3	96409	96421	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	289065113
173	NC_013823	AATA	3	97280	97292	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	289065113
174	NC_013823	TTTC	3	97342	97353	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	289065113
175	NC_013823	AAAG	3	99362	99374	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	289065113
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180	NC_013823	AAAT	3	105505	105516	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	289065148
181	NC_013823	AAAT	6	105519	105542	24	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	289065148
182	NC_013823	ATCC	3	108532	108543	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	289065148
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202	NC_013823	TA	7	123733	123745	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	289065148
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226	NC_013823	GTA	4	133659	133670	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	289065148
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231	NC_013823	CTAC	3	138717	138728	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	289065148
232	NC_013823	GGAT	3	142171	142182	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	289065148
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237	NC_013823	GTA	4	146462	146473	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	289065148
238	NC_013823	ACCGG	3	150362	150376	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
239	NC_013823	TAGA	3	151151	151162	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
240	NC_013823	CTTT	3	151340	151352	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
241	NC_013823	TGAA	3	153360	153371	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	289065151
242	NC_013823	ATCA	3	154335	154347	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	289065151
243	NC_013823	TGAT	3	154430	154442	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	289065151
244	NC_013823	TC	6	155582	155592	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	289065151
245	NC_013823	ATC	4	156006	156017	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	289065151
246	NC_013823	ATTT	3	157225	157236	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	289065151
247	NC_013823	ATC	4	159020	159030	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
248	NC_013823	CATT	3	161095	161105	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
249	NC_013823	AT	7	161500	161513	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
250	NC_013823	A	13	161544	161556	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Typha latifolia chloroplast