ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza rufipogon mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_013816	ATT	4	1026	1036	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_013816	TAG	4	5792	5802	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_013816	AAG	4	7514	7524	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_013816	CTT	4	7561	7571	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
5	NC_013816	GCA	4	8459	8469	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
6	NC_013816	GCT	4	8806	8816	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
7	NC_013816	GAA	4	10924	10935	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_013816	TTG	4	16269	16280	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	28906502
9	NC_013816	CTA	4	17602	17613	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
10	NC_013816	AAT	4	23688	23699	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_013816	AGA	5	26557	26570	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_013816	CAG	4	28727	28738	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
13	NC_013816	TCC	4	28991	29002	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
14	NC_013816	GAA	4	30576	30587	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013816	TCA	4	30710	30721	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
16	NC_013816	ACT	4	32255	32265	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
17	NC_013816	TAA	4	32265	32276	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_013816	CTT	5	32392	32406	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
19	NC_013816	GTA	4	33148	33159	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_013816	AGA	4	33351	33361	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_013816	GTT	4	43768	43779	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_013816	CTA	4	48324	48336	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
23	NC_013816	CTT	4	50371	50382	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
24	NC_013816	GAA	4	52854	52865	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_013816	AAG	4	53145	53156	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_013816	TAT	4	56326	56338	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	28906503
27	NC_013816	AAC	4	57154	57165	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	28906503
28	NC_013816	CTA	4	61071	61083	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
29	NC_013816	AGT	4	71081	71092	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013816	AGT	4	71116	71127	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_013816	AGG	4	71438	71449	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_013816	ACA	4	71696	71706	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
33	NC_013816	TTC	4	72965	72975	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
34	NC_013816	CAA	5	76601	76615	15	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
35	NC_013816	AGC	4	78087	78098	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
36	NC_013816	TCG	4	82377	82387	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
37	NC_013816	ATC	4	82673	82685	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
38	NC_013816	ATA	4	85424	85435	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	28906503
39	NC_013816	CTT	4	85883	85893	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
40	NC_013816	CCT	4	87473	87483	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
41	NC_013816	TCA	4	89689	89700	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
42	NC_013816	TCT	4	93054	93065	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
43	NC_013816	TCA	4	93141	93152	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
44	NC_013816	CTT	4	93226	93238	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
45	NC_013816	GAA	4	96088	96098	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_013816	TAG	4	97262	97273	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013816	AAG	4	97742	97753	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	28906503
48	NC_013816	CTC	4	103801	103812	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	28906503
49	NC_013816	ACT	4	104965	104976	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
50	NC_013816	AGG	4	109049	109060	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
51	NC_013816	CTT	4	109493	109505	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
52	NC_013816	AGT	4	109835	109846	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_013816	ACT	4	112704	112715	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
54	NC_013816	TCT	4	115605	115615	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
55	NC_013816	ATT	4	116564	116574	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_013816	CAA	4	118189	118200	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
57	NC_013816	AGT	4	120903	120913	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_013816	TAT	4	121335	121346	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_013816	AAC	4	133082	133092	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
60	NC_013816	CGT	4	137806	137816	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
61	NC_013816	GAT	4	137940	137950	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_013816	TAT	4	142247	142257	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_013816	CTA	5	143563	143576	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
64	NC_013816	TTA	4	144361	144371	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_013816	ACA	4	150230	150241	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013816	ATA	4	165245	165256	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_013816	GAA	4	166263	166274	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_013816	CTT	4	167051	167062	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
69	NC_013816	TAT	4	168250	168260	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_013816	CAG	4	175014	175024	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
71	NC_013816	ATA	4	179880	179891	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	28906504
72	NC_013816	AAT	4	183563	183574	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_013816	ATT	4	189788	189798	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_013816	TAG	4	194553	194563	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_013816	AAG	4	196275	196285	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_013816	CTT	4	196322	196332	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
77	NC_013816	GCA	4	197220	197230	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
78	NC_013816	GCT	4	197567	197577	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
79	NC_013816	GAA	4	199685	199696	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_013816	TTG	4	205030	205041	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_013816	CTA	4	206363	206374	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
82	NC_013816	AAT	4	212449	212460	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_013816	AGA	5	215318	215331	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
84	NC_013816	CAG	4	217488	217499	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
85	NC_013816	TCC	4	217752	217763	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
86	NC_013816	GAA	4	219337	219348	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013816	TCA	4	219471	219482	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
88	NC_013816	ACT	4	221016	221026	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
89	NC_013816	TAA	4	221026	221037	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_013816	CTT	5	221153	221167	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
91	NC_013816	GTA	4	221909	221920	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_013816	AGA	4	222112	222122	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_013816	GTT	4	232529	232540	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_013816	CTA	4	237085	237097	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
95	NC_013816	CTT	4	239132	239143	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
96	NC_013816	GAA	4	241615	241626	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_013816	AAG	4	241906	241917	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_013816	TAT	4	245087	245099	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
99	NC_013816	AAC	4	245914	245925	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
100	NC_013816	CTA	4	249831	249843	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
101	NC_013816	AGT	4	259840	259851	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013816	AGT	4	259875	259886	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_013816	AGG	4	260197	260208	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_013816	ACA	4	260455	260465	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
105	NC_013816	CAT	4	262401	262411	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
106	NC_013816	AGA	4	264951	264962	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_013816	GAG	4	267278	267288	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_013816	CAT	4	268477	268487	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
109	NC_013816	CTC	4	269499	269510	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
110	NC_013816	GCC	4	271377	271387	11	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
111	NC_013816	ACC	4	272097	272109	13	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	7 %	Non-Coding
112	NC_013816	CAG	4	272884	272895	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
113	NC_013816	TTG	4	273319	273330	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_013816	TTG	4	275049	275059	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
115	NC_013816	GCC	4	279649	279659	11	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
116	NC_013816	GTA	4	280177	280188	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
117	NC_013816	TAT	4	281321	281331	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
118	NC_013816	GAA	4	282697	282708	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
119	NC_013816	GTT	4	287554	287564	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
120	NC_013816	CTT	5	297516	297529	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
121	NC_013816	TCT	4	299371	299382	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
122	NC_013816	TGA	4	299684	299694	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
123	NC_013816	TAA	4	303436	303447	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_013816	CTA	5	307764	307777	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
125	NC_013816	TCT	4	308691	308702	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
126	NC_013816	CTT	4	312796	312807	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
127	NC_013816	ACA	4	314725	314736	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
128	NC_013816	TCT	4	314968	314978	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
129	NC_013816	GTA	4	319520	319530	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
130	NC_013816	AGA	4	320783	320794	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
131	NC_013816	TTC	4	324879	324890	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
132	NC_013816	ACT	4	328801	328812	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
133	NC_013816	TAT	4	328958	328969	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
134	NC_013816	CAA	4	335466	335477	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
135	NC_013816	AGG	4	337081	337092	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
136	NC_013816	CTA	4	338562	338574	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
137	NC_013816	AAT	5	339066	339079	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
138	NC_013816	ACT	4	339974	339985	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_013816	CAA	4	340027	340038	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_013816	TCA	4	340649	340660	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
141	NC_013816	AAG	4	347665	347676	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
142	NC_013816	TTC	4	349613	349624	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
143	NC_013816	AAT	4	350149	350159	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
144	NC_013816	GCA	4	350603	350614	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
145	NC_013816	TCT	4	353112	353123	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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149	NC_013816	GTT	4	356077	356087	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
150	NC_013816	CTT	5	366039	366052	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
151	NC_013816	TCT	4	367894	367905	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
152	NC_013816	TGA	4	368207	368217	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
153	NC_013816	TAA	4	371958	371969	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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155	NC_013816	TCT	4	377213	377224	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
156	NC_013816	CTT	4	381318	381329	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
157	NC_013816	ACA	4	383247	383258	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
158	NC_013816	TCT	4	383490	383500	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
159	NC_013816	GTA	4	388042	388052	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
160	NC_013816	AGA	4	389305	389316	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
161	NC_013816	TTC	4	393401	393412	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
162	NC_013816	ACT	4	397323	397334	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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164	NC_013816	CAA	4	403988	403999	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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167	NC_013816	AAT	5	407588	407601	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
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169	NC_013816	CAA	4	408549	408560	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
170	NC_013816	TCA	4	409171	409182	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
171	NC_013816	CTT	5	415690	415704	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
172	NC_013816	AGA	4	415792	415802	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
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184	NC_013816	TCT	4	441291	441301	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
185	NC_013816	ATG	4	443839	443849	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
186	NC_013816	TGT	4	445785	445795	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
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197	NC_013816	TCT	4	471643	471653	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
198	NC_013816	TTC	4	476738	476749	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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203	NC_013816	GTT	4	491777	491787	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	28906506
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210	NC_013816	GAT	4	508222	508232	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
211	NC_013816	TAT	4	512529	512539	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
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214	NC_013816	ACA	4	520512	520523	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
215	NC_013816	ATA	4	535527	535538	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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217	NC_013816	CTT	4	537333	537344	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
218	NC_013816	TAT	4	538532	538542	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
219	NC_013816	CAG	4	545296	545306	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
220	NC_013816	ATA	4	550162	550173	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
221	NC_013816	AAT	4	553845	553856	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza rufipogon mitochondrion