ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Di-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza rufipogon mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_013816	TC	6	1505	1515	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
2	NC_013816	CT	7	3640	3653	14	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
3	NC_013816	TA	8	5803	5817	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
4	NC_013816	CT	7	6510	6522	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
5	NC_013816	CT	6	10457	10467	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
6	NC_013816	AT	6	15504	15514	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_013816	TC	6	18908	18919	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
8	NC_013816	AT	6	30013	30024	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_013816	CT	7	38459	38471	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
10	NC_013816	AG	6	39464	39474	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_013816	TC	6	42533	42543	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
12	NC_013816	CT	6	43558	43569	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
13	NC_013816	CA	6	62216	62226	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
14	NC_013816	AC	6	62489	62499	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
15	NC_013816	TA	6	62528	62538	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_013816	AG	6	73362	73372	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_013816	AG	6	105926	105936	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_013816	AC	6	115338	115348	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
19	NC_013816	TA	6	120706	120716	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_013816	TG	6	125600	125610	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_013816	AG	7	134685	134698	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_013816	TC	7	134710	134725	16	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
23	NC_013816	GA	6	145608	145618	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_013816	AT	6	151278	151288	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_013816	AT	6	159938	159949	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_013816	TA	6	165206	165216	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_013816	TC	6	176510	176520	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
28	NC_013816	CT	6	181536	181546	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
29	NC_013816	TC	6	190267	190277	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
30	NC_013816	CT	7	192401	192414	14	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
31	NC_013816	TA	8	194564	194578	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
32	NC_013816	CT	7	195271	195283	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
33	NC_013816	CT	6	199218	199228	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
34	NC_013816	AT	6	204265	204275	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_013816	TC	6	207669	207680	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
36	NC_013816	AT	6	218774	218785	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_013816	CT	7	227220	227232	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
38	NC_013816	AG	6	228225	228235	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
39	NC_013816	TC	6	231294	231304	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
40	NC_013816	CT	6	232319	232330	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
41	NC_013816	CA	6	250976	250986	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
42	NC_013816	AC	6	251249	251259	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
43	NC_013816	TA	6	251288	251298	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_013816	AT	8	268578	268593	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
45	NC_013816	GA	6	268621	268631	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_013816	TG	6	268757	268767	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_013816	TA	6	272553	272563	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_013816	TC	6	280088	280098	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
49	NC_013816	CT	6	295680	295691	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
50	NC_013816	TC	6	307560	307570	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
51	NC_013816	AC	6	314827	314837	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
52	NC_013816	AT	6	321951	321961	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
53	NC_013816	AG	7	322084	322096	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
54	NC_013816	TA	7	330351	330363	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
55	NC_013816	AT	6	349659	349669	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_013816	GA	6	353362	353372	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	28906505
57	NC_013816	CT	6	364203	364214	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
58	NC_013816	TC	6	376082	376092	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
59	NC_013816	AC	6	383349	383359	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
60	NC_013816	AT	6	390473	390483	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_013816	AG	7	390606	390618	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
62	NC_013816	TA	7	398873	398885	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
63	NC_013816	TG	6	431626	431636	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_013816	TA	6	433687	433697	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_013816	AC	6	437482	437492	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
66	NC_013816	TC	6	437619	437629	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
67	NC_013816	AT	8	437657	437672	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
68	NC_013816	AT	7	451723	451737	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
69	NC_013816	GA	6	482090	482100	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_013816	AG	7	484739	484751	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
71	NC_013816	AG	6	493594	493604	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_013816	AG	7	500455	500467	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
73	NC_013816	AG	7	504967	504980	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
74	NC_013816	TC	7	504992	505007	16	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
75	NC_013816	GA	6	515890	515900	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_013816	AT	6	521560	521570	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_013816	AT	6	530220	530231	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_013816	TA	6	535488	535498	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_013816	TC	6	546792	546802	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
80	NC_013816	CT	6	551818	551828	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Di-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza rufipogon mitochondrion