ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza rufipogon mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_013816	ATTC	3	1115	1126	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
2	NC_013816	CGAA	3	2234	2245	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
3	NC_013816	CATC	3	2881	2892	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013816	GATC	3	3528	3539	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
5	NC_013816	CTTC	3	4976	4987	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
6	NC_013816	CATT	3	4995	5007	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
7	NC_013816	CTTT	3	5574	5586	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
8	NC_013816	TTTC	3	5765	5776	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
9	NC_013816	ATCC	3	6200	6211	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
10	NC_013816	GTAT	3	6326	6336	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_013816	CTAC	3	7821	7831	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
12	NC_013816	AAAC	3	8719	8730	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
13	NC_013816	TACT	3	8747	8758	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013816	ACGA	3	13554	13565	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013816	TAGC	3	14576	14588	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
16	NC_013816	AAAT	3	18305	18317	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
17	NC_013816	ACTA	3	19348	19359	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
18	NC_013816	GCCA	3	24099	24109	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
19	NC_013816	CAGT	3	28658	28669	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013816	AGTC	3	29984	29995	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
21	NC_013816	ACCT	3	30445	30455	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
22	NC_013816	ACTT	3	32290	32300	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
23	NC_013816	CGAT	3	37911	37922	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
24	NC_013816	AAAG	3	38299	38310	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_013816	CCTT	4	39108	39122	15	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
26	NC_013816	AAAG	3	40975	40985	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_013816	ATAA	3	42859	42869	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_013816	GTCT	3	43806	43817	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
29	NC_013816	CTTT	3	44662	44673	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
30	NC_013816	CATT	3	56460	56471	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	28906503
31	NC_013816	TCGA	3	56646	56658	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	28906503
32	NC_013816	AGCA	3	59969	59979	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
33	NC_013816	AAAG	4	60500	60516	17	75 %	0 %	25 %	0 %	5 %	Non-Coding
34	NC_013816	AGAC	3	63031	63042	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
35	NC_013816	TTGG	4	63189	63203	15	0 %	50 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
36	NC_013816	GAGT	3	64309	64319	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_013816	GGTT	3	68649	68659	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	28906503
38	NC_013816	GGCT	3	70396	70407	12	0 %	25 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
39	NC_013816	CTAG	3	70880	70891	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
40	NC_013816	CTTG	3	71942	71953	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013816	AAGA	3	76066	76077	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013816	AGAA	3	76541	76552	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013816	TCTG	3	77182	77193	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
44	NC_013816	ATGG	3	80971	80983	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
45	NC_013816	CTTT	4	81084	81099	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
46	NC_013816	TTTG	3	82810	82821	12	0 %	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013816	GCAG	3	84985	84996	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
48	NC_013816	TTTC	3	86123	86134	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
49	NC_013816	GAAT	3	88575	88585	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_013816	CAGT	3	89607	89617	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
51	NC_013816	TTTC	3	91809	91820	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
52	NC_013816	GCTC	3	97184	97196	13	0 %	25 %	25 %	50 %	7 %	Non-Coding
53	NC_013816	CTTT	3	99076	99086	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
54	NC_013816	GTCT	4	101192	101206	15	0 %	50 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
55	NC_013816	ACTG	3	110217	110227	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
56	NC_013816	AAGG	3	112774	112786	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
57	NC_013816	GTGA	3	114828	114838	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_013816	GATA	3	117254	117265	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_013816	AAAG	3	117340	117350	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_013816	GACT	3	120148	120159	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_013816	ATCT	3	122340	122350	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
62	NC_013816	TTAT	3	123592	123603	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_013816	TCAA	3	124401	124411	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
64	NC_013816	ACTG	3	131103	131115	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
65	NC_013816	AAGC	3	138762	138772	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
66	NC_013816	CCTT	3	138833	138843	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
67	NC_013816	GTTC	3	138883	138894	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
68	NC_013816	CTTT	3	139768	139778	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
69	NC_013816	TGGG	3	140199	140209	11	0 %	25 %	75 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_013816	GACT	3	140801	140812	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013816	GAAA	4	148802	148817	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
72	NC_013816	TCTT	3	149215	149225	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
73	NC_013816	TAGG	4	151506	151521	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
74	NC_013816	AATT	3	153410	153421	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_013816	AATA	4	155722	155738	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
76	NC_013816	CATT	3	157562	157572	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
77	NC_013816	GCTT	3	158831	158842	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_013816	TAAA	3	159640	159651	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_013816	GAAT	3	159653	159663	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
80	NC_013816	GTAG	3	162528	162539	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013816	TACG	3	163976	163987	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
82	NC_013816	TTCC	3	167434	167445	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
83	NC_013816	AAGT	3	168307	168319	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
84	NC_013816	ACTT	3	168713	168723	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
85	NC_013816	ATGA	3	171780	171791	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_013816	TCCA	3	175400	175411	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
87	NC_013816	TTAC	3	176602	176612	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
88	NC_013816	TTTA	3	178026	178037	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_013816	AAAG	3	186636	186646	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_013816	ATAA	3	187469	187480	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	28906504
91	NC_013816	ATTC	3	189877	189888	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
92	NC_013816	CGAA	3	190996	191007	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
93	NC_013816	CATC	3	191642	191653	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013816	GATC	3	192289	192300	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
95	NC_013816	CTTC	3	193737	193748	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
96	NC_013816	CATT	3	193756	193768	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
97	NC_013816	CTTT	3	194335	194347	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
98	NC_013816	TTTC	3	194526	194537	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
99	NC_013816	ATCC	3	194961	194972	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
100	NC_013816	GTAT	3	195087	195097	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_013816	CTAC	3	196582	196592	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
102	NC_013816	AAAC	3	197480	197491	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
103	NC_013816	TACT	3	197508	197519	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013816	ACGA	3	202315	202326	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_013816	TAGC	3	203337	203349	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
106	NC_013816	AAAT	3	207066	207078	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
107	NC_013816	ACTA	3	208109	208120	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
108	NC_013816	GCCA	3	212860	212870	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
109	NC_013816	CAGT	3	217419	217430	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013816	AGTC	3	218745	218756	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
111	NC_013816	ACCT	3	219206	219216	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
112	NC_013816	ACTT	3	221051	221061	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
113	NC_013816	CGAT	3	226672	226683	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
114	NC_013816	AAAG	3	227060	227071	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
115	NC_013816	CCTT	4	227869	227883	15	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
116	NC_013816	AAAG	3	229736	229746	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
117	NC_013816	ATAA	3	231620	231630	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
118	NC_013816	GTCT	3	232567	232578	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
119	NC_013816	CTTT	3	233423	233434	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
120	NC_013816	CATT	3	245220	245231	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_013816	TCGA	3	245406	245418	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
122	NC_013816	AGCA	3	248729	248739	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
123	NC_013816	AAAG	4	249260	249276	17	75 %	0 %	25 %	0 %	5 %	Non-Coding
124	NC_013816	AGAC	3	251791	251802	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
125	NC_013816	TTGG	4	251949	251963	15	0 %	50 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
126	NC_013816	GAGT	3	253069	253079	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
127	NC_013816	GGTT	3	257408	257418	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
128	NC_013816	GGCT	3	259155	259166	12	0 %	25 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
129	NC_013816	CTAG	3	259639	259650	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
130	NC_013816	CTTG	3	260701	260712	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_013816	TTCA	3	261870	261881	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
132	NC_013816	TTTG	3	264249	264260	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
133	NC_013816	AGTA	3	266102	266113	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
134	NC_013816	GAAA	3	266451	266462	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_013816	CCTA	3	266791	266803	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
136	NC_013816	CTTC	3	266999	267010	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013816	GGGC	3	273819	273829	11	0 %	0 %	75 %	25 %	9 %	Non-Coding
138	NC_013816	CAAA	3	274082	274093	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
139	NC_013816	GAAA	3	275126	275138	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
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141	NC_013816	GGCA	3	277275	277285	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza rufipogon mitochondrion