ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Parthenium argentatum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_013553	ATTGAA	3	150	167	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
2	NC_013553	AT	6	195	205	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_013553	TCT	4	735	745	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	281190764
4	NC_013553	AAGT	3	1105	1115	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	281190764
5	NC_013553	AAAG	3	1615	1626	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_013553	TAAA	3	1736	1747	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_013553	TAC	4	1867	1879	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
8	NC_013553	T	15	1913	1927	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013553	TTC	4	2139	2150	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	281190765
10	NC_013553	T	12	2276	2287	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	281190765
11	NC_013553	GAA	4	2944	2955	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	281190765
12	NC_013553	AAGT	3	2975	2985	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	281190765
13	NC_013553	AAAT	3	4456	4466	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_013553	TAAA	3	4589	4599	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_013553	TCTCT	3	5134	5147	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
16	NC_013553	AAGAA	3	5904	5917	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
17	NC_013553	TAACA	3	6311	6324	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
18	NC_013553	AAAG	3	6606	6616	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_013553	TAA	4	7105	7116	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_013553	TTCT	3	7574	7584	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	281190714
21	NC_013553	AAT	4	7669	7680	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_013553	TTCAA	3	7883	7898	16	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
23	NC_013553	AAAT	3	8277	8287	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_013553	A	26	8444	8469	26	100 %	0 %	0 %	0 %	3 %	Non-Coding
25	NC_013553	TTAACG	3	8792	8808	17	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
26	NC_013553	CTA	4	9121	9132	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
27	NC_013553	T	12	9770	9781	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013553	T	29	10894	10922	29	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013553	A	13	12049	12061	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013553	ATTC	3	16985	16995	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
31	NC_013553	TTTC	3	17189	17200	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
32	NC_013553	GGA	4	17511	17522	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_013553	GAA	4	17558	17568	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_013553	TA	6	18785	18796	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_013553	AT	6	19786	19797	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_013553	AACA	3	23822	23832	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	281190716
37	NC_013553	ACTT	3	24493	24503	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	281190717
38	NC_013553	GTT	5	24977	24991	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	281190717
39	NC_013553	TA	6	26823	26834	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_013553	T	22	28186	28207	22	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013553	TGT	4	28443	28454	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	281190719
42	NC_013553	A	28	29785	29812	28	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
43	NC_013553	T	12	30142	30153	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013553	A	28	30391	30418	28	100 %	0 %	0 %	0 %	3 %	Non-Coding
45	NC_013553	TAAA	3	31450	31462	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
46	NC_013553	TA	6	31568	31578	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_013553	TAA	7	32729	32749	21	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_013553	GAAA	3	34409	34420	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	281190721
49	NC_013553	GAG	4	34529	34539	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	281190721
50	NC_013553	TTC	4	35259	35270	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	281190721
51	NC_013553	A	15	35458	35472	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
52	NC_013553	T	15	35479	35493	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013553	AG	6	35643	35653	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_013553	ATA	5	35935	35948	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
55	NC_013553	TGTA	3	35983	35993	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_013553	TC	6	36243	36253	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	281190722
57	NC_013553	CTT	4	36405	36416	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
58	NC_013553	AT	8	36510	36524	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
59	NC_013553	CGAT	3	37028	37038	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
60	NC_013553	AATT	3	38727	38737	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	281190724
61	NC_013553	ATG	4	38881	38891	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	281190724
62	NC_013553	AATG	3	40374	40385	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	281190725
63	NC_013553	GCA	4	40779	40790	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	281190725
64	NC_013553	TAT	4	42065	42076	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_013553	TTTAT	3	43111	43126	16	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
66	NC_013553	TTTCT	3	43507	43520	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
67	NC_013553	CTTT	3	43608	43618	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
68	NC_013553	ATTT	3	44501	44512	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_013553	A	14	44818	44831	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
70	NC_013553	AGAAA	3	45359	45373	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
71	NC_013553	CTTATT	4	45980	46002	23	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	8 %	Non-Coding
72	NC_013553	TATT	3	46656	46667	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_013553	A	18	47368	47385	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
74	NC_013553	ATTTT	3	48736	48750	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
75	NC_013553	T	23	50851	50873	23	0 %	100 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
76	NC_013553	AT	6	50975	50985	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_013553	TTA	4	51580	51591	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_013553	TTC	4	52041	52051	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
79	NC_013553	TAG	4	54505	54516	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	281190731
80	NC_013553	ATA	4	54533	54543	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_013553	ATGA	3	54750	54760	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_013553	T	37	54913	54949	37	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_013553	TTG	4	55257	55267	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_013553	GGATAC	3	56727	56744	18	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	5 %	281190732
85	NC_013553	ATATAG	4	56863	56887	25	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	4 %	Non-Coding
86	NC_013553	TTA	5	57096	57111	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_013553	A	14	58987	59000	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_013553	TA	6	59411	59421	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_013553	ATA	4	59473	59484	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_013553	TATT	3	61262	61273	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_013553	AATA	3	61320	61330	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_013553	GAAA	3	61449	61459	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	281190735
93	NC_013553	ATTG	3	61957	61967	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	281190735
94	NC_013553	AT	6	62440	62450	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	281190736
95	NC_013553	TTC	4	63238	63249	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	281190736
96	NC_013553	TTTG	3	64560	64571	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_013553	TTGT	3	65218	65228	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_013553	ATCT	3	65407	65418	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
99	NC_013553	AAAC	3	65709	65719	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
100	NC_013553	A	16	65871	65886	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
101	NC_013553	AAGA	3	66900	66911	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_013553	ATA	4	67175	67186	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_013553	ATCT	3	67800	67811	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
104	NC_013553	TA	6	68208	68218	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_013553	TATT	3	68262	68273	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013553	TGAA	3	69282	69293	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_013553	TTTC	3	69316	69328	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
108	NC_013553	TTTC	3	69438	69448	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
109	NC_013553	AAGA	3	70609	70620	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_013553	TTTA	3	70795	70806	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
111	NC_013553	T	13	70892	70904	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013553	AAT	4	70975	70985	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_013553	A	24	71519	71542	24	100 %	0 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
114	NC_013553	ATTTT	3	71609	71623	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
115	NC_013553	ATTG	3	71696	71707	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
116	NC_013553	T	12	71872	71883	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_013553	CATAGT	3	72775	72791	17	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
118	NC_013553	CTTT	3	72822	72832	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
119	NC_013553	GGTT	3	73860	73871	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	281190745
120	NC_013553	TCT	4	74231	74242	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	281190745
121	NC_013553	TTATGA	3	74416	74432	17	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
122	NC_013553	T	25	74473	74497	25	0 %	100 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
123	NC_013553	TAAA	3	74674	74684	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	281190746
124	NC_013553	TTTC	3	75573	75583	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
125	NC_013553	ATA	4	75811	75824	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
126	NC_013553	AAGT	3	75998	76008	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
127	NC_013553	AGAA	3	77485	77496	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
128	NC_013553	AAAT	3	78183	78193	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
129	NC_013553	TATG	3	78201	78211	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
130	NC_013553	ATTTT	3	78582	78596	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
131	NC_013553	AATC	4	78700	78715	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
132	NC_013553	CTG	4	79304	79316	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
133	NC_013553	ATA	4	79373	79384	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
134	NC_013553	T	16	81038	81053	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_013553	A	17	81578	81594	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
136	NC_013553	T	15	82316	82330	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
137	NC_013553	ATTT	3	82337	82348	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
138	NC_013553	ATCA	3	82538	82549	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
139	NC_013553	TTCT	3	82819	82830	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
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186	NC_013553	AAAT	3	126820	126830	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
187	NC_013553	TTTA	3	127067	127078	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Parthenium argentatum chloroplast