ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Coix lacryma-jobi chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_013273	CAG	4	682	693	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	260677374
2	NC_013273	AAGT	3	788	798	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	260677374
3	NC_013273	TTTC	3	2597	2607	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	270040591
4	NC_013273	TTTA	3	4484	4495	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_013273	TCTCT	3	4668	4681	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	260677376
6	NC_013273	TTCT	3	5113	5123	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	260677376
7	NC_013273	TAT	5	5829	5843	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
8	NC_013273	TTAA	3	5959	5970	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_013273	T	13	6438	6450	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013273	CTT	4	6758	6768	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
11	NC_013273	ATTT	3	8892	8903	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_013273	GAA	4	8981	8992	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_013273	TTTA	3	9210	9221	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_013273	GAAA	3	10909	10920	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	260677380
15	NC_013273	TTG	4	11314	11324	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	260677380
16	NC_013273	ATTT	3	11880	11890	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_013273	ATGA	3	11959	11970	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_013273	AG	6	12034	12044	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_013273	ATT	4	13128	13140	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_013273	T	16	13424	13439	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
21	NC_013273	AT	6	13481	13491	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_013273	GGCG	3	14562	14572	11	0 %	0 %	75 %	25 %	9 %	Non-Coding
23	NC_013273	TAGG	3	15306	15317	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_013273	AAT	4	15402	15412	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_013273	AGA	4	15757	15767	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_013273	CAAT	3	16658	16670	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
27	NC_013273	TCTAT	3	16707	16722	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
28	NC_013273	ATAA	3	17225	17235	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_013273	CAAAGA	3	17316	17332	17	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
30	NC_013273	GTAT	3	17438	17448	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_013273	AT	6	17801	17811	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_013273	TAA	4	18149	18159	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_013273	ATA	4	19057	19068	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_013273	ATAGA	3	19074	19088	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
35	NC_013273	AAAG	3	19097	19108	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_013273	A	17	19177	19193	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
37	NC_013273	TAA	4	19208	19219	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_013273	ATCA	3	19691	19701	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
39	NC_013273	TATTTT	3	19972	19995	24	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
40	NC_013273	CTTT	3	20021	20032	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
41	NC_013273	TAAA	3	20334	20345	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_013273	CTTT	3	20686	20696	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
43	NC_013273	TATAA	4	20929	20947	19	60 %	40 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
44	NC_013273	ATA	4	20944	20955	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_013273	ATA	4	21037	21047	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_013273	CTA	4	21375	21386	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
47	NC_013273	CTT	4	21400	21411	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
48	NC_013273	TTTC	3	22430	22442	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	260677410
49	NC_013273	AGA	4	22456	22467	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	260677410
50	NC_013273	AAAAG	3	23225	23238	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	260677410
51	NC_013273	AAAT	3	26778	26789	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	260677411
52	NC_013273	AGAA	3	27028	27039	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	260677411
53	NC_013273	AT	6	28095	28105	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	260677412
54	NC_013273	GTTC	3	29074	29084	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	260677412
55	NC_013273	AGA	4	29560	29571	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	260677412
56	NC_013273	TTCA	3	29768	29778	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	260677412
57	NC_013273	GAA	4	30293	30304	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	260677412
58	NC_013273	TTAA	3	32033	32044	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_013273	ATT	4	32103	32115	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
60	NC_013273	GAAA	3	32176	32186	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_013273	ATT	4	32971	32982	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_013273	AT	6	33038	33048	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_013273	TA	6	33212	33222	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	260677414
64	NC_013273	GTT	5	33772	33786	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	260677414
65	NC_013273	TGC	4	34750	34761	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	260677415
66	NC_013273	CTTT	3	35017	35027	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
67	NC_013273	CTTT	3	35301	35311	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
68	NC_013273	CATA	3	36193	36203	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	260677416
69	NC_013273	AAAG	3	36209	36220	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	260677416
70	NC_013273	AAAT	3	39371	39382	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	260677419
71	NC_013273	ATG	4	40756	40766	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	260677419
72	NC_013273	AAGA	3	41850	41861	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	260677420
73	NC_013273	GCA	4	42654	42665	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	260677420
74	NC_013273	TG	6	42691	42701	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	260677420
75	NC_013273	CTAG	3	42793	42805	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	260677420
76	NC_013273	T	14	43983	43996	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013273	AAG	4	44772	44783	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	260677421
78	NC_013273	TCCT	3	45237	45248	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	260677421
79	NC_013273	CT	6	46275	46286	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	260677421
80	NC_013273	AAAG	3	47284	47294	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_013273	GGGAAA	3	47369	47386	18	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	Non-Coding
82	NC_013273	TA	6	48214	48224	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_013273	A	13	48535	48547	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
84	NC_013273	GAA	4	48752	48762	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_013273	AAT	4	48771	48781	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
86	NC_013273	T	16	48842	48857	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_013273	AGAA	3	48932	48943	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_013273	GAAT	3	49133	49143	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_013273	TTGA	3	49249	49261	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_013273	CTTT	3	49785	49796	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
91	NC_013273	TAAAA	3	50317	50331	15	80 %	20 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013273	CAGA	3	50936	50946	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	260677423
93	NC_013273	T	16	52053	52068	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
94	NC_013273	CTTT	3	52589	52600	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
95	NC_013273	AGAA	3	52749	52759	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_013273	TTTA	3	52933	52943	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_013273	T	16	52951	52966	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
98	NC_013273	TTCT	3	53200	53210	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
99	NC_013273	AACATA	3	54188	54204	17	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
100	NC_013273	TAGG	4	54356	54371	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
101	NC_013273	AATT	3	56496	56507	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_013273	TTAT	3	59626	59637	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	260677428
103	NC_013273	AGAT	3	60809	60820	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_013273	AT	7	60874	60886	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
105	NC_013273	ATTC	3	61755	61765	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
106	NC_013273	TTC	4	62740	62751	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	260677431
107	NC_013273	ATA	4	64974	64984	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_013273	TTA	4	65511	65522	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_013273	TTGAA	3	65850	65864	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	260677436
110	NC_013273	TA	6	66794	66805	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
111	NC_013273	TTC	5	67316	67329	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
112	NC_013273	AT	6	67749	67760	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_013273	TCA	4	69833	69844	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	260677442
114	NC_013273	AGAA	3	70632	70643	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	260677442
115	NC_013273	ACTT	3	72953	72963	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	260677442
116	NC_013273	ATTTTT	3	73988	74004	17	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	260677442
117	NC_013273	AAAAT	4	74016	74036	21	80 %	20 %	0 %	0 %	9 %	260677442
118	NC_013273	CTTT	4	76524	76538	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	260677442
119	NC_013273	AGA	4	76556	76567	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	260677442
120	NC_013273	TAT	4	77613	77623	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	260677442
121	NC_013273	T	12	78769	78780	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	260677442
122	NC_013273	T	12	78787	78798	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	260677442
123	NC_013273	T	15	80616	80630	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	260677442
124	NC_013273	T	12	80987	80998	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	260677442
125	NC_013273	TTC	4	81089	81101	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	260677442
126	NC_013273	CTTT	3	81466	81476	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	260677442
127	NC_013273	TTC	4	81558	81569	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	260677442
128	NC_013273	CTT	4	82685	82696	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260677442
129	NC_013273	AAT	4	83193	83205	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	260677442
130	NC_013273	GATC	3	87884	87895	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	260677442
131	NC_013273	TA	6	88225	88236	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	260677442
132	NC_013273	ATA	4	91596	91606	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	260677442
133	NC_013273	TTTGTT	3	92516	92534	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	260677442
134	NC_013273	TTCT	3	92655	92665	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	260677442
135	NC_013273	TAC	4	93413	93424	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	260677442
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168	NC_013273	AGGA	3	125629	125640	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	260677475
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173	NC_013273	AGAA	3	130873	130883	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	260677476
174	NC_013273	TCTTCA	3	136385	136402	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	260677404
175	NC_013273	TGAA	3	137533	137544	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
176	NC_013273	ATT	4	140333	140345	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	260677480

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Coix lacryma-jobi chloroplast