ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Radopholus similis mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_013253	ATT	4	303	314	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_013253	AAAT	3	731	743	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_013253	TAT	4	1030	1042	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	258649589
4	NC_013253	ATT	4	1234	1246	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	258649589
5	NC_013253	T	15	1325	1339	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	258649589
6	NC_013253	TTAT	3	1361	1372	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	258649589
7	NC_013253	ATT	4	1470	1480	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	258649589
8	NC_013253	T	13	1539	1551	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	258649589
9	NC_013253	T	13	1663	1675	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	258649589
10	NC_013253	TAT	5	1766	1780	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	258649589
11	NC_013253	T	13	1858	1870	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	258649589
12	NC_013253	T	13	1932	1944	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	258649590
13	NC_013253	GTGA	3	2483	2493	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	258649590
14	NC_013253	TATTT	5	2515	2538	24	20 %	80 %	0 %	0 %	8 %	258649591
15	NC_013253	ATTTT	3	2550	2564	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	258649591
16	NC_013253	AATT	3	2682	2693	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	258649591
17	NC_013253	T	14	2964	2977	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	258649591
18	NC_013253	TTAATT	3	3130	3147	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	258649591
19	NC_013253	ATT	4	3153	3163	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	258649591
20	NC_013253	AT	6	3412	3422	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	258649591
21	NC_013253	TTTTAA	4	3614	3637	24	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	4 %	258649591
22	NC_013253	T	12	3725	3736	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	258649591
23	NC_013253	ATA	4	3789	3800	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	258649591
24	NC_013253	T	17	3802	3818	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	258649591
25	NC_013253	TTTTG	3	3931	3944	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	258649591
26	NC_013253	TTTTA	3	4041	4056	16	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
27	NC_013253	T	12	4151	4162	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	258649592
28	NC_013253	TAT	4	4236	4248	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	258649592
29	NC_013253	TTAAAT	3	4289	4307	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	258649592
30	NC_013253	TTA	4	4917	4929	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
31	NC_013253	AAAT	3	5083	5094	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_013253	TAT	4	5509	5519	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_013253	AAATT	3	5699	5714	16	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
34	NC_013253	TAT	4	5714	5725	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	258649593
35	NC_013253	TTTA	3	5729	5740	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	258649593
36	NC_013253	TAT	6	5764	5784	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	258649593
37	NC_013253	T	16	5888	5903	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	258649593
38	NC_013253	ATT	4	6061	6072	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_013253	T	14	6315	6328	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	258649594
40	NC_013253	ATT	4	6370	6381	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	258649594
41	NC_013253	TAA	4	6450	6461	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	258649594
42	NC_013253	AATTTT	3	6755	6772	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	258649594
43	NC_013253	TTAA	3	7105	7116	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	258649594
44	NC_013253	TTTA	4	7145	7160	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	258649594
45	NC_013253	GTTT	3	7290	7301	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	258649594
46	NC_013253	TATT	4	7515	7530	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	258649594
47	NC_013253	ACTT	3	7946	7956	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	258649595
48	NC_013253	TAT	4	8003	8014	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	258649595
49	NC_013253	TAATTT	3	8092	8109	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	258649595
50	NC_013253	TTAT	3	8118	8128	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	258649595
51	NC_013253	TTTA	3	8178	8188	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	258649596
52	NC_013253	TTA	11	8339	8371	33	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	258649596
53	NC_013253	ATT	4	8527	8537	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_013253	TAAAA	3	8665	8678	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
55	NC_013253	T	22	8778	8799	22	0 %	100 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
56	NC_013253	T	12	8805	8816	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_013253	TAG	4	8825	8835	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_013253	TAAAAA	3	8992	9010	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
59	NC_013253	ATTT	4	9073	9087	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
60	NC_013253	ATTT	3	9472	9482	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_013253	ATTT	3	10505	10516	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_013253	ATT	4	10603	10614	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_013253	TAAA	4	10869	10885	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
64	NC_013253	TTTA	3	10919	10929	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_013253	TTA	4	11072	11084	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_013253	TTA	5	11395	11410	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
67	NC_013253	TTA	5	11697	11712	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
68	NC_013253	TTA	5	11999	12014	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
69	NC_013253	TTA	5	12301	12316	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
70	NC_013253	TTTA	3	12826	12838	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	258649597
71	NC_013253	ATTA	4	12915	12929	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	258649597
72	NC_013253	ATT	5	12940	12954	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	258649597
73	NC_013253	ATTTT	3	12981	12995	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	258649597
74	NC_013253	TTA	4	13026	13036	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	258649597
75	NC_013253	ATT	4	13084	13094	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	258649597
76	NC_013253	T	14	13118	13131	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	258649597
77	NC_013253	AAAT	3	13185	13196	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	258649597
78	NC_013253	ATTT	3	13202	13213	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	258649597
79	NC_013253	TTTTA	3	13383	13396	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	258649597
80	NC_013253	TGTT	3	13570	13581	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	258649597
81	NC_013253	T	14	13667	13680	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	258649597
82	NC_013253	TTTATT	3	13805	13823	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	258649597
83	NC_013253	ATTTT	3	13931	13944	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	258649597
84	NC_013253	TTA	4	14082	14093	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	258649598
85	NC_013253	T	13	14242	14254	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	258649598
86	NC_013253	TAT	4	14371	14382	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	258649598
87	NC_013253	T	13	14506	14518	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	258649598
88	NC_013253	TAT	4	14537	14548	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	258649598
89	NC_013253	T	16	14669	14684	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	258649598
90	NC_013253	T	12	14686	14697	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	258649598
91	NC_013253	TTTA	3	14795	14806	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	258649598
92	NC_013253	ATTT	3	14905	14915	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	258649598
93	NC_013253	TTAA	3	14923	14934	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	258649598
94	NC_013253	TTTA	3	15003	15014	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	258649598
95	NC_013253	TATT	6	15052	15076	25	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	258649598
96	NC_013253	T	13	15157	15169	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	258649599
97	NC_013253	AATT	3	15186	15196	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	258649599
98	NC_013253	TAT	4	15236	15247	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	258649599
99	NC_013253	ATTA	3	15349	15361	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	258649599
100	NC_013253	TAA	4	15492	15503	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	258649599
101	NC_013253	TAT	4	15546	15556	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	258649599
102	NC_013253	TTA	4	15612	15623	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	258649599
103	NC_013253	T	15	15674	15688	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	258649599
104	NC_013253	TTTAGA	4	15701	15724	24	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	8 %	258649599
105	NC_013253	TTTA	3	15738	15749	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	258649599
106	NC_013253	ATT	4	15822	15833	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	258649599
107	NC_013253	TTTA	3	15866	15877	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	258649599
108	NC_013253	TAT	5	15928	15942	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	258649599
109	NC_013253	TAT	5	16259	16273	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	296863301
110	NC_013253	TTAT	3	16651	16662	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	296863301
111	NC_013253	TTG	4	16736	16747	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	296863301

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Radopholus similis mitochondrion