ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Dendrocalamus latiflorus chloroplast

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_013088	A	15	1	15	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
2	NC_013088	CAG	5	707	721	15	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	6 %	255961363
3	NC_013088	AAGT	3	813	823	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	255961363
4	NC_013088	TCTTT	3	2609	2623	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	270040590
5	NC_013088	AGAA	3	3258	3269	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_013088	TTTA	3	4505	4516	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_013088	CTT	4	4540	4551	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	255961365
8	NC_013088	TCTCT	3	4689	4702	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	255961365
9	NC_013088	TTCT	3	5165	5175	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	255961365
10	NC_013088	AATTT	3	5998	6011	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_013088	TAA	4	6413	6423	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_013088	TTGAC	3	6524	6538	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
13	NC_013088	TTCT	3	8137	8147	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
14	NC_013088	GAAA	3	10476	10487	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	255961369
15	NC_013088	TTG	4	10881	10891	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	255961369
16	NC_013088	AG	6	11597	11607	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_013088	TA	6	11792	11802	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_013088	CGTAG	3	12486	12499	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
19	NC_013088	AATCT	3	13411	13424	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
20	NC_013088	CCTT	3	14291	14302	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
21	NC_013088	AAGA	3	14443	14454	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_013088	TAGG	3	14887	14898	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_013088	TAC	4	15624	15634	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
24	NC_013088	TAT	4	15682	15692	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_013088	ATTT	3	16099	16109	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_013088	TTAT	4	16117	16131	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
27	NC_013088	CTTT	3	16136	16147	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
28	NC_013088	GTAT	3	17041	17051	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_013088	GAGG	3	17357	17368	12	25 %	0 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013088	TTTC	3	17379	17389	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
31	NC_013088	TAA	4	17765	17775	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_013088	ACTTCT	3	17861	17878	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
33	NC_013088	ATAC	4	17920	17935	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
34	NC_013088	TAT	4	18524	18534	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_013088	TTTC	3	18586	18596	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
36	NC_013088	AAAT	3	18626	18637	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_013088	AAAG	3	18705	18716	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_013088	AAAG	3	19009	19020	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013088	ATCA	3	19248	19258	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
40	NC_013088	ATGA	3	19610	19621	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_013088	ATA	4	20549	20559	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
42	NC_013088	CTA	4	20891	20902	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
43	NC_013088	ATT	4	20993	21003	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_013088	AGA	4	21972	21983	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	255961373
45	NC_013088	AAAAG	3	22741	22754	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	255961373
46	NC_013088	AAC	4	24625	24636	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	255961374
47	NC_013088	AAT	5	26313	26327	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	255961374
48	NC_013088	AGAA	3	26541	26552	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	255961374
49	NC_013088	TTCA	3	29278	29288	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	255961375
50	NC_013088	AGAAAG	3	29505	29521	17	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	255961375
51	NC_013088	GAA	4	29803	29814	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	255961375
52	NC_013088	ATTTTA	3	31482	31500	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
53	NC_013088	TTAA	3	31524	31535	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_013088	ATT	4	31594	31606	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
55	NC_013088	GAAAA	3	31672	31686	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
56	NC_013088	AGA	4	32078	32088	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	255961376
57	NC_013088	AT	6	32537	32547	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_013088	GTT	5	33271	33285	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	255961377
59	NC_013088	AGAA	3	33694	33705	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_013088	AT	6	33740	33750	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_013088	TGC	4	34247	34258	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	255961378
62	NC_013088	CTTT	3	34514	34524	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
63	NC_013088	A	12	35512	35523	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	255961379
64	NC_013088	AAAG	3	35826	35837	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	255961379
65	NC_013088	TAG	5	37976	37990	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
66	NC_013088	TTTC	3	38172	38182	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
67	NC_013088	T	12	38188	38199	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_013088	CAAA	3	38974	38985	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
69	NC_013088	TG	6	42311	42321	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	255961383
70	NC_013088	CTAG	3	42413	42425	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	255961383
71	NC_013088	AAG	4	44395	44406	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	255961384
72	NC_013088	ATCA	3	44438	44448	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	255961384
73	NC_013088	AAGA	3	44591	44601	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	255961384
74	NC_013088	AGT	4	44798	44808	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	255961384
75	NC_013088	TCCT	3	44847	44858	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	255961384
76	NC_013088	TTTC	3	44951	44961	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	255961384
77	NC_013088	A	14	45924	45937	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	255961384
78	NC_013088	TTCA	3	46104	46115	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
79	NC_013088	A	12	46895	46906	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013088	TA	6	47809	47819	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_013088	ATCTTA	3	48080	48098	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
82	NC_013088	T	13	48449	48461	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_013088	A	13	48542	48554	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013088	TTGA	3	48855	48867	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_013088	CTT	4	50008	50019	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
86	NC_013088	TATT	3	50137	50148	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013088	CAGA	3	50630	50640	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	255961386
88	NC_013088	T	17	51738	51754	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	255961387
89	NC_013088	TAGG	4	53946	53961	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
90	NC_013088	AATT	3	56090	56101	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_013088	CATT	3	56154	56165	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
92	NC_013088	AATA	4	58421	58437	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
93	NC_013088	TATT	4	58447	58463	17	25 %	75 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
94	NC_013088	TTGAA	3	60482	60496	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
95	NC_013088	ATTC	3	61695	61705	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
96	NC_013088	TTC	4	62680	62691	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	255961395
97	NC_013088	TCT	4	63111	63121	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
98	NC_013088	GAAA	3	65092	65103	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013088	TTA	4	65518	65529	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_013088	TAAA	3	65724	65735	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_013088	TTGAA	3	65845	65859	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	255961400
102	NC_013088	AAAG	3	66448	66458	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_013088	TTC	5	67419	67433	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
104	NC_013088	AAAT	3	67694	67705	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	255961403
105	NC_013088	AT	7	67832	67844	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
106	NC_013088	AGAA	3	70714	70725	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	255961362
107	NC_013088	T	14	70742	70755	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	255961362
108	NC_013088	AAAG	3	70852	70862	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	255961362
109	NC_013088	TTTA	3	74062	74073	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	255961362
110	NC_013088	A	17	74110	74126	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	255961362
111	NC_013088	AT	6	75104	75114	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	255961362
112	NC_013088	TCTT	5	75912	75930	19	0 %	75 %	0 %	25 %	10 %	255961362
113	NC_013088	TAT	4	77723	77733	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	255961362
114	NC_013088	ATT	4	78302	78312	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	255961362
115	NC_013088	AGAAA	3	78584	78598	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	255961362
116	NC_013088	T	12	78909	78920	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	255961362
117	NC_013088	T	12	78927	78938	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	255961362
118	NC_013088	T	16	79518	79533	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	255961362
119	NC_013088	TCT	4	81654	81665	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	255961362
120	NC_013088	TCT	5	82916	82929	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	255961362
121	NC_013088	T	16	83000	83015	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	255961362
122	NC_013088	AGAAT	3	83393	83406	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	255961362
123	NC_013088	AATG	3	83407	83417	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	255961362
124	NC_013088	TTC	4	84022	84032	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	255961362
125	NC_013088	TA	6	87289	87300	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	255961362
126	NC_013088	TCAAAA	4	88332	88355	24	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	8 %	255961362
127	NC_013088	ATA	4	90656	90666	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	255961362
128	NC_013088	TTTGTT	3	91575	91593	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	255961362
129	NC_013088	TTCT	3	91714	91724	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	255961362
130	NC_013088	TAC	4	92471	92482	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	255961362
131	NC_013088	AAAC	3	96600	96612	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
132	NC_013088	ATCC	3	96734	96745	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
133	NC_013088	CTAT	3	97122	97133	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
134	NC_013088	ACGG	3	99992	100003	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
135	NC_013088	AGGT	3	100276	100287	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
136	NC_013088	AACG	3	101601	101612	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013088	AAAG	4	102938	102952	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
138	NC_013088	GAAT	3	104543	104553	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
139	NC_013088	AAGG	3	104555	104566	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
140	NC_013088	AAAG	3	104879	104889	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	255961428
141	NC_013088	AAG	4	106245	106256	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	255961428
142	NC_013088	A	14	107187	107200	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
143	NC_013088	AT	7	107701	107714	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
144	NC_013088	CAA	4	111701	111711	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	255961431
145	NC_013088	TTTG	3	112561	112572	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
146	NC_013088	TC	6	117421	117432	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	255961437
147	NC_013088	ATTC	3	117852	117862	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
148	NC_013088	TAA	4	117941	117951	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
149	NC_013088	CTTT	4	119453	119467	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
150	NC_013088	TCGT	3	120792	120803	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_013088	CTTA	3	120999	121009	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
152	NC_013088	CCGT	3	122402	122413	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
153	NC_013088	AGGA	3	125436	125447	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
154	NC_013088	GGAT	3	125660	125671	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
155	NC_013088	ATAAGC	3	126262	126279	18	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
156	NC_013088	AAGA	3	128587	128597	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
157	NC_013088	GTA	4	129923	129934	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
158	NC_013088	AGAA	3	130681	130691	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	255961439
159	NC_013088	GAAAA	3	131240	131255	16	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
160	NC_013088	TTTTGA	4	134050	134073	24	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
161	NC_013088	TGAA	3	136186	136197	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
162	NC_013088	CATT	3	138988	138998	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
163	NC_013088	ATTCT	3	138999	139012	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Dendrocalamus latiflorus chloroplast