ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Aureococcus anophagefferens chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_012898	CAAA	3	1660	1670	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
2	NC_012898	AGCG	3	1913	1923	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
3	NC_012898	TTTC	3	4869	4879	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
4	NC_012898	ACC	4	5256	5267	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	242620016
5	NC_012898	ATT	4	5278	5289	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	242620016
6	NC_012898	TAT	4	8687	8698	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	242620023
7	NC_012898	AAAG	3	9275	9285	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_012898	TATG	3	9848	9859	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_012898	GAAT	3	11529	11540	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	242620025
10	NC_012898	CG	7	14021	14034	14	0 %	0 %	50 %	50 %	7 %	242620026
11	NC_012898	TGAAT	3	14562	14577	16	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	242620026
12	NC_012898	TAAA	3	16136	16147	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	242620027
13	NC_012898	ATT	4	18348	18358	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	242620027
14	NC_012898	AT	6	18939	18950	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	242620028
15	NC_012898	TATT	3	19743	19754	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012898	TCG	4	22149	22161	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	242620033
17	NC_012898	TAAA	3	22454	22465	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	242620033
18	NC_012898	AAAT	3	24179	24190	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	242620035
19	NC_012898	TTC	4	24816	24827	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	242620036
20	NC_012898	TTTCAG	3	24960	24976	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	242620036
21	NC_012898	TTAT	3	25448	25459	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	242620036
22	NC_012898	TGC	4	25797	25808	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	242620036
23	NC_012898	GA	6	28318	28329	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_012898	TAAA	3	29172	29182	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	242620039
25	NC_012898	AAGAA	3	29441	29454	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	242620039
26	NC_012898	TAGT	3	29863	29875	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	242620039
27	NC_012898	AT	6	30718	30728	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_012898	ATA	4	32907	32917	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	242620041
29	NC_012898	TGG	4	35875	35886	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	242620045
30	NC_012898	AATT	3	36307	36318	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_012898	GTT	4	40018	40029	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	242620055
32	NC_012898	ACAA	3	41602	41613	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	242620057
33	NC_012898	AATT	3	42335	42345	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_012898	TAA	4	44115	44126	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	242620062
35	NC_012898	TGA	4	46567	46578	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	0 %	242620067
36	NC_012898	TAG	4	46699	46709	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	242620067
37	NC_012898	TAT	4	47732	47743	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012898	TATT	3	48299	48310	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	242620069
39	NC_012898	TAAA	3	49442	49452	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_012898	TAC	4	49578	49588	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
41	NC_012898	TAG	4	49595	49606	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_012898	AT	6	49619	49630	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012898	AAAT	3	50777	50789	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
44	NC_012898	TGG	4	51256	51266	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	242620075
45	NC_012898	CAAT	3	52787	52798	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	242620077
46	NC_012898	ATT	4	53050	53060	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	242620077
47	NC_012898	AAAT	3	53061	53071	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	242620077
48	NC_012898	ATTT	3	54342	54354	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_012898	AACA	3	57340	57351	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	242620083
50	NC_012898	ACA	4	58531	58543	13	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	7 %	242620083
51	NC_012898	GCT	5	60271	60285	15	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	6 %	242620086
52	NC_012898	TGC	4	60792	60803	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	242620086
53	NC_012898	AAT	4	62214	62224	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	242620088
54	NC_012898	TAAA	3	64489	64500	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_012898	CTTG	3	64996	65008	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	242620091
56	NC_012898	CAA	4	65170	65181	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	242620091
57	NC_012898	AATC	3	66475	66486	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
58	NC_012898	TAA	4	68197	68207	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_012898	AATTG	3	68300	68314	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
60	NC_012898	ACA	4	69320	69331	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	242620097
61	NC_012898	ATT	4	72575	72586	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	242620102
62	NC_012898	AAT	4	74621	74632	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	242620103
63	NC_012898	ATT	4	74839	74850	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	242620103
64	NC_012898	ACAA	3	75325	75336	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	242620104
65	NC_012898	TAATT	3	77813	77826	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_012898	ATAA	3	78131	78141	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_012898	AAAT	3	78523	78534	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	242620109
68	NC_012898	AAATA	3	78571	78585	15	80 %	20 %	0 %	0 %	0 %	242620109
69	NC_012898	TAAA	3	79465	79476	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_012898	TAAA	3	79613	79624	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_012898	GGT	4	80199	80210	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	242620112
72	NC_012898	TAT	4	80488	80500	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	242620112
73	NC_012898	GTAT	3	82062	82072	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	242620114
74	NC_012898	CAAA	3	82874	82884	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	242620115
75	NC_012898	ATAA	3	83081	83093	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	242620115
76	NC_012898	ATA	4	84422	84434	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_012898	TGC	4	86337	86348	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	242620119
78	NC_012898	CTT	4	87119	87130	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	242620119
79	NC_012898	TCGGT	3	88343	88356	14	0 %	40 %	40 %	20 %	7 %	242620120
80	NC_012898	AGC	4	88707	88718	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	242620120
81	NC_012898	AAG	4	88976	88987	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	242620120

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