ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Megaleranthis saniculifolia chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_012615	TCAA	3	131	141	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
2	NC_012615	AT	6	182	192	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_012615	AAGT	3	1099	1109	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	229577734
4	NC_012615	ATCAAT	3	1594	1611	18	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
5	NC_012615	AT	10	1670	1690	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_012615	GAA	4	2077	2088	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	229577735
7	NC_012615	AAAT	3	3305	3316	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	229577735
8	NC_012615	ATCT	3	3494	3505	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	229577735
9	NC_012615	TCCA	3	3677	3689	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
10	NC_012615	T	16	4457	4472	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
11	NC_012615	ATA	4	4634	4644	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_012615	ATTAC	4	4683	4701	19	40 %	40 %	0 %	20 %	5 %	Non-Coding
13	NC_012615	GAAA	3	4726	4737	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_012615	GAA	4	4742	4752	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_012615	TTTA	3	4955	4966	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_012615	T	12	5009	5020	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_012615	TCTCT	3	5207	5220	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	229577736
18	NC_012615	ATA	4	6265	6277	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_012615	TTTA	3	6284	6295	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_012615	T	12	6473	6484	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_012615	CAT	4	6692	6703	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
22	NC_012615	CTAA	3	7115	7126	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
23	NC_012615	AATTT	3	7600	7614	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
24	NC_012615	A	14	8040	8053	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_012615	GATAA	3	8069	8083	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
26	NC_012615	AT	7	9168	9181	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_012615	A	12	9636	9647	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012615	AGAA	3	9909	9920	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_012615	TAAGA	3	10570	10584	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012615	T	14	12867	12880	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	229577740
31	NC_012615	T	13	13564	13576	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
32	NC_012615	TAA	4	13909	13919	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_012615	TTA	4	14263	14273	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_012615	CAATAT	3	14899	14915	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
35	NC_012615	TAC	4	15109	15119	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
36	NC_012615	CATT	3	17010	17021	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
37	NC_012615	T	15	17037	17051	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012615	T	16	19110	19125	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	229577744
39	NC_012615	GTT	4	24202	24213	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	229577745
40	NC_012615	T	12	26826	26837	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	229577746
41	NC_012615	GAAAA	3	26850	26864	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	229577746
42	NC_012615	TTCA	3	27517	27527	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
43	NC_012615	AAAG	3	27893	27904	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_012615	AATAAA	3	29154	29172	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
45	NC_012615	AACAA	4	29366	29384	19	80 %	0 %	0 %	20 %	10 %	Non-Coding
46	NC_012615	ATA	4	30540	30550	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_012615	GAA	4	31522	31532	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_012615	CA	6	32323	32334	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
49	NC_012615	ATTT	3	32346	32357	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_012615	ATTC	3	33081	33091	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
51	NC_012615	TAA	4	33110	33122	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_012615	AAAT	3	33211	33221	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
53	NC_012615	AGAA	4	33358	33374	17	75 %	0 %	25 %	0 %	5 %	Non-Coding
54	NC_012615	AATAA	3	33502	33516	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
55	NC_012615	TA	6	33589	33601	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
56	NC_012615	AGAA	3	34064	34075	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_012615	ATCCT	3	34536	34549	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
58	NC_012615	TAAA	3	34665	34677	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
59	NC_012615	AGA	4	35074	35085	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_012615	TCTT	3	35172	35183	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
61	NC_012615	GAAA	3	36766	36777	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	229577750
62	NC_012615	TTG	4	37171	37181	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	229577750
63	NC_012615	GCA	4	37661	37672	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	229577750
64	NC_012615	AG	6	37924	37934	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_012615	TTA	5	38724	38739	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
66	NC_012615	ATATAA	3	38746	38762	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
67	NC_012615	AAT	4	38814	38826	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
68	NC_012615	AT	6	38880	38890	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_012615	TAAAAT	3	39840	39858	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
70	NC_012615	CTA	4	42811	42822	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	229577754
71	NC_012615	ACC	5	42824	42837	14	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	7 %	229577754
72	NC_012615	GCA	4	43146	43157	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	229577754
73	NC_012615	CCAT	3	44462	44473	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
74	NC_012615	TAA	4	44740	44752	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_012615	ATA	4	46237	46248	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	229577755
76	NC_012615	TTG	4	46557	46567	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	229577755
77	NC_012615	ATAA	3	46834	46845	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	229577755
78	NC_012615	CAAAA	3	47641	47654	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
79	NC_012615	TTGT	3	48268	48278	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
80	NC_012615	GAAT	3	49003	49015	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_012615	TA	6	49038	49049	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_012615	AGA	4	49160	49171	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_012615	TA	6	50256	50266	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_012615	TTGA	3	50686	50698	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_012615	AGAA	3	50809	50820	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_012615	TTTAT	3	50985	50999	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_012615	TA	6	51398	51408	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_012615	AAT	4	51410	51421	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_012615	AT	6	51895	51906	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_012615	ATTT	3	53097	53108	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	229577758
91	NC_012615	TG	6	54305	54315	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_012615	TA	6	54609	54620	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_012615	AT	10	54628	54646	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
94	NC_012615	TAT	4	54664	54674	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_012615	TA	6	54758	54768	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_012615	TA	7	54842	54855	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_012615	TGTA	3	55296	55307	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012615	TCTT	3	55777	55787	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
99	NC_012615	AT	6	59016	59026	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
100	NC_012615	TA	6	59152	59165	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
101	NC_012615	A	13	60999	61011	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_012615	T	12	63442	63453	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_012615	AAT	4	63497	63509	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
104	NC_012615	TAAA	3	63530	63540	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_012615	TAT	4	63600	63610	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_012615	GATA	3	63614	63624	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_012615	ATA	4	64104	64115	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_012615	TCCTT	3	65148	65162	15	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
109	NC_012615	TCA	4	65246	65256	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
110	NC_012615	GAAA	3	66907	66919	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	229577767
111	NC_012615	ATA	4	67569	67580	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_012615	AT	11	67667	67688	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_012615	TG	6	67701	67711	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
114	NC_012615	TGTA	3	68922	68932	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
115	NC_012615	AGT	4	69140	69152	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
116	NC_012615	GAAA	3	69452	69462	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
117	NC_012615	TAT	4	70855	70867	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
118	NC_012615	AAAG	3	71307	71318	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
119	NC_012615	TTA	4	71498	71510	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
120	NC_012615	ATA	4	71894	71906	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
121	NC_012615	GTTC	3	73427	73438	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
122	NC_012615	T	14	74637	74650	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	229577733
123	NC_012615	TAAAAA	3	75421	75438	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	229577733
124	NC_012615	TTTCA	3	75648	75662	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	229577733
125	NC_012615	TAAA	3	76388	76399	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	229577733
126	NC_012615	GA	6	79043	79053	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	229577733
127	NC_012615	TTTATA	3	79184	79202	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	229577733
128	NC_012615	A	15	79512	79526	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	229577733
129	NC_012615	TCCA	3	82464	82475	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	229577733
130	NC_012615	ATA	4	83083	83094	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	229577733
131	NC_012615	GGA	4	84181	84193	13	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	7 %	229577733
132	NC_012615	TCTT	3	85249	85260	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	229577733
133	NC_012615	ATA	4	85980	85990	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	229577733
134	NC_012615	TATTTT	3	86347	86364	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	229577733
135	NC_012615	TAAT	3	86383	86393	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	229577733
136	NC_012615	TTCT	3	86494	86505	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	229577733
137	NC_012615	CATC	3	86508	86519	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	229577733
138	NC_012615	TATT	3	86853	86863	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	229577733
139	NC_012615	CAAT	3	86976	86986	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	229577733
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217	NC_012615	CATAC	3	150619	150632	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
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220	NC_012615	TGAT	3	153272	153284	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	229577815
221	NC_012615	ATC	4	154851	154862	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	229577815
222	NC_012615	AAAG	3	155007	155017	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	229577815
223	NC_012615	ATTT	3	156037	156048	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	229577815
224	NC_012615	GAA	5	159691	159705	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	229577817
225	NC_012615	A	12	159794	159805	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Megaleranthis saniculifolia chloroplast