ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Micromonas sp. RCC299 chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_012575	ATG	4	1923	1934	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_012575	ATT	4	2055	2065	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	226968644
3	NC_012575	CTT	4	2217	2228	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	226968644
4	NC_012575	CTGTAT	3	2404	2421	18	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	226968644
5	NC_012575	TTC	4	4261	4272	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	226968645
6	NC_012575	TGC	4	4305	4316	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	226968645
7	NC_012575	AGCG	3	6996	7006	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
8	NC_012575	AT	6	9831	9842	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_012575	AGC	5	10579	10593	15	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	6 %	226968646
10	NC_012575	AAG	4	10848	10858	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	226968646
11	NC_012575	AAAT	3	11325	11335	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_012575	ATA	5	11451	11464	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_012575	AAAC	3	11818	11829	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
14	NC_012575	GGT	4	13431	13441	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	226968647
15	NC_012575	TAAG	3	13489	13500	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	226968647
16	NC_012575	GTT	4	15263	15274	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	226968648
17	NC_012575	GGT	4	15643	15653	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	226968648
18	NC_012575	TGT	4	16397	16408	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	226968648
19	NC_012575	TTAAA	3	17977	17992	16	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
20	NC_012575	TA	8	18212	18226	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
21	NC_012575	TAT	4	19709	19720	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_012575	AAT	4	22401	22412	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	226968658
23	NC_012575	GAA	4	22514	22525	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	226968658
24	NC_012575	TA	7	25340	25353	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_012575	TTGT	3	25620	25630	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	226968661
26	NC_012575	ATCG	3	25716	25726	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	226968661
27	NC_012575	GTGA	3	25988	25998	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_012575	CTTT	3	26850	26860	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	226968663
29	NC_012575	TTGG	3	28948	28960	13	0 %	50 %	50 %	0 %	7 %	226968665
30	NC_012575	ATGC	3	30960	30971	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	226968669
31	NC_012575	ACA	4	31453	31464	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	226968670
32	NC_012575	GT	6	32675	32686	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	226968672
33	NC_012575	CAC	4	33194	33205	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	226968674
34	NC_012575	ATT	4	34493	34505	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
35	NC_012575	TTGT	3	35312	35323	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_012575	TAT	4	35684	35694	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_012575	TCT	4	36286	36297	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	226968677
38	NC_012575	TGC	4	36555	36566	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	226968677
39	NC_012575	AAAAT	3	37133	37147	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
40	NC_012575	TA	6	43284	43294	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
41	NC_012575	AGA	4	44893	44904	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	226968679
42	NC_012575	TGT	4	45353	45363	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	226968679
43	NC_012575	CTG	4	45438	45449	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	226968679
44	NC_012575	GTAA	3	46957	46968	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	226968679
45	NC_012575	TTC	4	48452	48464	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	226968680
46	NC_012575	TTTG	3	48699	48709	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	226968680
47	NC_012575	TCA	5	53491	53505	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	226968682
48	NC_012575	TCA	4	54142	54153	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	0 %	226968682
49	NC_012575	TAC	4	55292	55303	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	226968684
50	NC_012575	TGT	4	55412	55423	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	226968684
51	NC_012575	TAAA	3	55772	55782	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_012575	AACT	4	56324	56339	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
53	NC_012575	GTGC	3	57415	57425	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	226968687
54	NC_012575	AAAT	3	57886	57898	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
55	NC_012575	AAT	4	59307	59318	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_012575	ATT	4	59681	59692	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_012575	ATTCA	3	60585	60598	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
58	NC_012575	GAA	4	61572	61583	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_012575	GAT	4	61641	61652	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_012575	ATG	4	62871	62883	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
61	NC_012575	TGCA	3	64660	64672	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	226968691
62	NC_012575	CAAA	3	64764	64775	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	226968692
63	NC_012575	GTAA	3	68063	68074	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_012575	GAA	4	68588	68599	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	226968696
65	NC_012575	AAAT	3	70059	70069	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_012575	ATT	4	70217	70228	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012575	CGA	4	70862	70873	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
68	NC_012575	TTAT	3	72345	72356	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Micromonas sp. RCC299 chloroplast