ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Jatropha curcas chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_012224	CAG	4	1092	1103	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	225544105
2	NC_012224	TAA	4	2134	2146	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_012224	ATT	10	4616	4645	30	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012224	TAA	4	7801	7812	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_012224	ATT	4	8265	8277	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_012224	TAT	5	8347	8362	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
7	NC_012224	ATA	4	8437	8447	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_012224	ATA	5	8577	8591	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
9	NC_012224	ATA	5	8657	8671	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
10	NC_012224	TTA	4	8926	8938	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_012224	ATA	4	9759	9771	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_012224	ATA	4	9792	9802	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_012224	ATA	4	9824	9834	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_012224	ATA	4	9902	9912	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_012224	AGA	4	10061	10073	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_012224	ATA	4	10202	10214	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
17	NC_012224	ATA	4	10581	10592	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012224	AAT	4	10918	10930	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_012224	GAA	4	11161	11171	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	225544109
20	NC_012224	TAT	12	14196	14230	35	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_012224	ATA	4	15041	15052	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_012224	TTC	4	15541	15551	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
23	NC_012224	TAT	4	15980	15991	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_012224	TTA	4	19226	19237	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	225544114
25	NC_012224	TTC	4	24215	24225	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	225544115
26	NC_012224	GTT	4	25208	25219	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	225544115
27	NC_012224	TTC	4	32528	32538	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
28	NC_012224	TAC	4	35820	35830	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
29	NC_012224	TGC	4	37823	37833	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	225544119
30	NC_012224	GGA	4	38866	38877	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	225544120
31	NC_012224	TAA	4	41094	41106	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
32	NC_012224	ATA	4	41306	41318	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
33	NC_012224	GCA	4	45586	45597	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	225544124
34	NC_012224	TAT	4	53556	53567	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_012224	TAT	5	53571	53585	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
36	NC_012224	CAA	4	55492	55502	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
37	NC_012224	TAT	7	56043	56062	20	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
38	NC_012224	ATT	4	56088	56102	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
39	NC_012224	ATA	5	59445	59459	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	225544131
40	NC_012224	TAT	5	59890	59904	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
41	NC_012224	TTG	4	60205	60215	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
42	NC_012224	TAA	4	64627	64637	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_012224	ATA	5	64849	64863	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
44	NC_012224	ATA	5	64874	64888	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
45	NC_012224	TAA	4	64889	64900	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_012224	TAT	4	68967	68977	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_012224	TTC	4	71075	71086	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
48	NC_012224	ATT	4	71409	71421	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_012224	ATT	5	71423	71438	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
50	NC_012224	TTA	4	73545	73557	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
51	NC_012224	TAT	4	76178	76189	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	225544147
52	NC_012224	TCT	4	84829	84840	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	225544147
53	NC_012224	ATT	4	87105	87116	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	225544147
54	NC_012224	ATA	4	87362	87372	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	225544147
55	NC_012224	ATA	4	87403	87413	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	225544147
56	NC_012224	ATC	4	87732	87742	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	225544147
57	NC_012224	TTA	4	88909	88921	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	225544147
58	NC_012224	TAT	5	88976	88989	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	225544147
59	NC_012224	ATT	4	89283	89294	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	225544147
60	NC_012224	GAA	4	89934	89946	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	225544147
61	NC_012224	CTT	4	91784	91795	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	225544147
62	NC_012224	GAT	4	92252	92262	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	225544147
63	NC_012224	GAT	4	93627	93637	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	225544147
64	NC_012224	GAT	4	96663	96674	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	225544147
65	NC_012224	CTT	4	110631	110642	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	225544147
66	NC_012224	ACA	4	115042	115053	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	0 %	225544147
67	NC_012224	GAA	5	116819	116833	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	225544147
68	NC_012224	TAT	4	118901	118913	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	225544147
69	NC_012224	TAA	4	119745	119756	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	225544147
70	NC_012224	ATT	4	119827	119839	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	225544147
71	NC_012224	ATA	4	121442	121454	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	225544147
72	NC_012224	ATA	4	121484	121496	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	225544147
73	NC_012224	TAA	5	121497	121511	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	225544147
74	NC_012224	ATA	4	121544	121556	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	225544147
75	NC_012224	ATA	4	121569	121581	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	225544147
76	NC_012224	TAA	4	121790	121800	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	225544147
77	NC_012224	ATT	4	123123	123134	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	225544147
78	NC_012224	AAT	4	127488	127499	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	225544147
79	NC_012224	ATA	4	127961	127972	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	225544147
80	NC_012224	TTC	5	129355	129369	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	225544147
81	NC_012224	TAA	4	132844	132856	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	225544147
82	NC_012224	TTC	4	134090	134101	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	225544147
83	NC_012224	TTA	4	135276	135287	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	225544147
84	NC_012224	TTA	4	136383	136395	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	225544147
85	NC_012224	GAA	4	138051	138062	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	225544147
86	NC_012224	TTC	6	138751	138769	19	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10 %	225544147
87	NC_012224	TCA	4	139437	139447	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	225544147
88	NC_012224	TGT	4	140535	140546	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225544147
89	NC_012224	ACC	4	157432	157442	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	225544184
90	NC_012224	ATC	4	158914	158925	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	225544184
91	NC_012224	ATC	4	161951	161961	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
92	NC_012224	ATC	4	163326	163336	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	225544186
93	NC_012224	GAA	5	163792	163806	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	225544186

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Jatropha curcas chloroplast