ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Carica papaya mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_012116	TAGA	3	855	867	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	22402095
2	NC_012116	TCTT	3	7292	7303	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012116	AAAG	3	12766	12778	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_012116	AACA	3	17028	17038	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
5	NC_012116	TCTA	3	19374	19385	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
6	NC_012116	AGAT	3	19453	19464	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012116	CCTT	3	20943	20954	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
8	NC_012116	AGCA	3	21004	21015	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
9	NC_012116	TTGC	3	25003	25014	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
10	NC_012116	GAAA	3	27113	27123	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_012116	GAAA	3	27151	27162	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_012116	AGCT	3	27454	27465	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
13	NC_012116	AAGC	3	28138	28149	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
14	NC_012116	GAAA	3	28436	28447	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_012116	TAGA	3	29605	29615	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_012116	AAGG	3	30761	30771	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_012116	ATAG	3	31124	31135	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012116	TTCT	3	34760	34771	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	25403361
19	NC_012116	AATG	4	37323	37338	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	25403361
20	NC_012116	TGAA	3	39337	39348	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	25403361
21	NC_012116	TGGT	3	46963	46973	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	25403361
22	NC_012116	CCTT	3	50970	50981	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	25403361
23	NC_012116	CTTT	3	54392	54403	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	25403361
24	NC_012116	AGAA	3	54773	54784	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	25403361
25	NC_012116	AGAA	4	60690	60705	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	25403361
26	NC_012116	CCTT	3	62623	62633	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	25403361
27	NC_012116	CCTT	3	64321	64332	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	25403361
28	NC_012116	TGAA	3	68500	68511	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	25403361
29	NC_012116	GAAA	3	68595	68606	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	25403361
30	NC_012116	TTCC	3	71048	71060	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	25403361
31	NC_012116	GGAT	3	71492	71503	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	25403361
32	NC_012116	TTGC	3	71786	71797	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	25403361
33	NC_012116	TTGC	4	72355	72370	16	0 %	50 %	25 %	25 %	6 %	25403361
34	NC_012116	TGAC	4	73299	73314	16	25 %	25 %	25 %	25 %	6 %	25403361
35	NC_012116	AAGC	3	74853	74863	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	25403361
36	NC_012116	GCTT	3	75638	75650	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	25403361
37	NC_012116	AAAG	3	76435	76445	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	25403361
38	NC_012116	GCCG	3	80373	80384	12	0 %	0 %	50 %	50 %	0 %	25403361
39	NC_012116	TCTT	4	81267	81282	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	25403361
40	NC_012116	AGGG	3	87286	87297	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	25403361
41	NC_012116	TGCC	3	90581	90592	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	25403361
42	NC_012116	GAAA	4	92605	92619	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	25403361
43	NC_012116	GCTC	3	92742	92754	13	0 %	25 %	25 %	50 %	7 %	25403361
44	NC_012116	CTTT	3	95152	95162	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	25403361
45	NC_012116	TTTC	3	97545	97556	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	25403361
46	NC_012116	CCAA	3	97932	97943	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	25403361
47	NC_012116	CAGA	3	97954	97964	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	25403361
48	NC_012116	CCAA	3	98242	98253	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	25403361
49	NC_012116	CTTC	3	98510	98520	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	25403361
50	NC_012116	TTCC	3	101003	101014	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	25403361
51	NC_012116	CCTT	3	102541	102552	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	25403361
52	NC_012116	AGAA	3	102894	102905	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	25403361
53	NC_012116	AAGG	3	105154	105164	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	25403361
54	NC_012116	AAGG	3	105934	105945	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	25403361
55	NC_012116	GAAG	3	106252	106263	12	50 %	0 %	50 %	0 %	0 %	25403361
56	NC_012116	TCTT	3	107933	107944	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	25403361
57	NC_012116	GTAG	3	115054	115066	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	34664264
58	NC_012116	GGGA	3	115624	115635	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	34664264
59	NC_012116	CGGT	3	116592	116602	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	34664264
60	NC_012116	AAAG	3	117241	117252	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	34664264
61	NC_012116	TCTT	3	120213	120223	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	34664264
62	NC_012116	CCTT	3	122288	122300	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	34664264
63	NC_012116	GAAA	3	124636	124646	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	34664264
64	NC_012116	AAGA	3	129600	129611	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	34664264
65	NC_012116	TACT	3	129905	129916	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	34664264
66	NC_012116	TTCA	3	130669	130679	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	34664264
67	NC_012116	CCGC	3	132664	132675	12	0 %	0 %	25 %	75 %	8 %	34664264
68	NC_012116	GGTG	3	132763	132773	11	0 %	25 %	75 %	0 %	9 %	34664264
69	NC_012116	TCAT	3	134970	134980	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	34664264
70	NC_012116	CTAG	4	135815	135831	17	25 %	25 %	25 %	25 %	5 %	34664264
71	NC_012116	CCTT	3	135867	135878	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	34664264
72	NC_012116	GGCT	3	137445	137455	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	34664264
73	NC_012116	CATT	3	139242	139253	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	34664264
74	NC_012116	GCAA	3	142680	142692	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	34664264
75	NC_012116	AAGA	3	144225	144237	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	34664264
76	NC_012116	GAAG	3	144338	144349	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	34664264
77	NC_012116	ACCT	3	146142	146154	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	34664264
78	NC_012116	AAGA	3	147603	147613	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	34664264
79	NC_012116	TTCA	3	151237	151247	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	34664264
80	NC_012116	CCAA	3	152730	152741	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	34664264
81	NC_012116	AAAG	3	152990	153001	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	34664264
82	NC_012116	TTCT	3	157020	157030	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	34664264
83	NC_012116	GGGA	3	157879	157890	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	34664264
84	NC_012116	AAAG	3	158604	158615	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	34664264
85	NC_012116	GCCA	3	160497	160507	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	34664264
86	NC_012116	TTAC	3	164098	164109	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	34664264
87	NC_012116	GGTC	3	164557	164568	12	0 %	25 %	50 %	25 %	0 %	34664264
88	NC_012116	AGAA	3	166325	166336	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	34664264
89	NC_012116	GAAT	3	166528	166539	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	34664264
90	NC_012116	CTTT	3	166754	166765	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	34664264
91	NC_012116	TCTT	3	166955	166966	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	34664264
92	NC_012116	GTAC	3	167857	167868	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	34664264
93	NC_012116	GTGG	3	172749	172760	12	0 %	25 %	75 %	0 %	8 %	34664264
94	NC_012116	AGAA	3	174786	174796	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	34664264
95	NC_012116	GACT	3	176768	176779	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	34664264
96	NC_012116	GGCC	3	179091	179101	11	0 %	0 %	50 %	50 %	9 %	34664264
97	NC_012116	ACTC	3	180335	180349	15	25 %	25 %	0 %	50 %	6 %	34664264
98	NC_012116	TGAA	3	180933	180945	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	34664264
99	NC_012116	TGCT	3	181210	181220	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	34664264
100	NC_012116	AGAT	4	181772	181786	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	34664264
101	NC_012116	TTCT	3	184407	184419	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	34664264
102	NC_012116	CAAG	3	185340	185351	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	34664264
103	NC_012116	ACTA	3	185358	185368	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	34664264
104	NC_012116	CTAG	3	189696	189706	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	34664264
105	NC_012116	TCCC	3	190677	190688	12	0 %	25 %	0 %	75 %	8 %	34664264
106	NC_012116	TTGC	3	199428	199438	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	34664264
107	NC_012116	CAGG	3	200123	200133	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	34664264
108	NC_012116	CTTC	3	201077	201087	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	34664264
109	NC_012116	TTCA	3	201296	201306	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	34664264
110	NC_012116	ATTC	3	201963	201974	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	34664264
111	NC_012116	TTTC	4	204131	204145	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	34664264
112	NC_012116	TCTT	3	204339	204349	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	34664264
113	NC_012116	CAAA	3	204424	204434	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	34664264
114	NC_012116	GAAA	3	205653	205664	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	34664264
115	NC_012116	ATTG	3	209112	209122	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	34664264
116	NC_012116	ACCG	3	210342	210353	12	25 %	0 %	25 %	50 %	0 %	34664264
117	NC_012116	TCAT	3	211370	211381	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	34664264
118	NC_012116	CCAA	3	212184	212195	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	34664264
119	NC_012116	CTTT	3	212501	212511	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	34664264
120	NC_012116	GATC	3	213156	213166	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	34664264
121	NC_012116	GGAG	3	214264	214275	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	34664264
122	NC_012116	CATT	3	220271	220281	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	34664264
123	NC_012116	AGAA	3	222904	222915	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	34664264
124	NC_012116	GTAT	3	223176	223187	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	34664264
125	NC_012116	AGCA	3	224953	224964	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	34664264
126	NC_012116	CTTC	3	226346	226358	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	34664264
127	NC_012116	GGAA	3	228543	228554	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	34664264
128	NC_012116	TTTC	3	228991	229002	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	34664264
129	NC_012116	TTCT	4	233433	233449	17	0 %	75 %	0 %	25 %	5 %	34664264
130	NC_012116	GAAT	3	237193	237204	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	34664264
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132	NC_012116	TGAA	3	248521	248532	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	25403361
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246	NC_012116	CATA	3	439341	439353	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
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259	NC_012116	TCAT	3	448583	448594	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
260	NC_012116	CACC	3	452532	452543	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Carica papaya mitochondrion