ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Pyramimonas parkeae chloroplast

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_012099	CAAG	3	293	303	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	224178060
2	NC_012099	TCT	4	393	403	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	224178060
3	NC_012099	TTA	4	1186	1197	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_012099	CCA	4	1613	1624	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
5	NC_012099	ATA	4	1785	1795	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_012099	TTGA	3	2978	2988	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_012099	A	12	3284	3295	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_012099	AGA	5	3883	3896	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	224178107
9	NC_012099	ATTC	3	4911	4922	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	224178107
10	NC_012099	GAT	4	5134	5145	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	224178107
11	NC_012099	TATT	3	5172	5182	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_012099	TGG	4	5534	5545	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_012099	GAACTA	3	5604	5622	19	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
14	NC_012099	ACTAAG	3	5990	6006	17	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
15	NC_012099	ACTAAG	3	6132	6148	17	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
16	NC_012099	TGTT	3	6448	6458	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_012099	TTAT	8	8695	8726	32	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	224178041
18	NC_012099	CTCTT	3	8846	8859	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	224178041
19	NC_012099	TTTC	3	9044	9054	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	224178041
20	NC_012099	AATA	3	9812	9822	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	224178051
21	NC_012099	CCT	4	10386	10398	13	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	224178071
22	NC_012099	AGGA	3	10493	10504	12	50 %	0 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012099	AAT	4	10785	10796	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	224178061
24	NC_012099	TTA	4	12221	12232	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_012099	AATGCA	3	12577	12595	19	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	10 %	224178037
26	NC_012099	CAAA	3	12963	12973	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
27	NC_012099	TTA	4	13825	13836	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_012099	TTC	4	14818	14829	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
29	NC_012099	TAA	4	15273	15283	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	224178102
30	NC_012099	ACCG	3	15631	15641	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
31	NC_012099	TGT	4	16515	16526	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	224178075
32	NC_012099	CTTTTT	3	16963	16981	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
33	NC_012099	TAA	4	20338	20349	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_012099	TAAA	3	20653	20663	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	224178106
35	NC_012099	TTTA	3	20701	20712	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	224178091
36	NC_012099	AGTA	3	20880	20890	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	224178091
37	NC_012099	TTCTTT	3	20922	20940	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	224178091
38	NC_012099	TTAA	3	21319	21330	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	224178039
39	NC_012099	TAA	4	22638	22649	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	224178076
40	NC_012099	CAAT	3	23453	23463	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	224178095
41	NC_012099	CAC	4	24815	24826	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	224178078
42	NC_012099	CTA	4	24905	24915	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	224178078
43	NC_012099	CATA	3	25518	25528	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	224178078
44	NC_012099	AAAT	3	25532	25542	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_012099	GAA	4	26650	26661	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	224178074
46	NC_012099	T	14	27543	27556	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_012099	TA	6	27589	27599	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_012099	GGT	4	28208	28219	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	224178028
49	NC_012099	TAT	4	31254	31266	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	224178028
50	NC_012099	AGA	4	32229	32240	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	224178029
51	NC_012099	CTTT	3	32371	32383	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
52	NC_012099	AAAG	3	32394	32406	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
53	NC_012099	CAG	5	32516	32530	15	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	6 %	224178062
54	NC_012099	TAATT	3	34995	35009	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
55	NC_012099	TGA	4	36008	36019	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	224178034
56	NC_012099	ATTC	3	36153	36164	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	224178034
57	NC_012099	TAA	4	36682	36693	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_012099	TCT	4	39596	39606	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	224178055
59	NC_012099	GTTTTT	3	41557	41575	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
60	NC_012099	TGT	4	42400	42411	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	224178090
61	NC_012099	A	13	44360	44372	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
62	NC_012099	ATTA	3	44434	44445	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	224178105
63	NC_012099	TAAAA	3	44936	44950	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	224178105
64	NC_012099	TTC	4	45309	45320	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	224178050
65	NC_012099	CAA	4	46594	46605	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	224178027
66	NC_012099	CTT	4	48078	48089	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	224178030
67	NC_012099	ATTT	3	49695	49705	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
68	NC_012099	TTC	4	50351	50362	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	224178035
69	NC_012099	GTT	4	51511	51521	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	224178049
70	NC_012099	CTT	5	52979	52992	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	224178088
71	NC_012099	TAGA	3	53231	53242	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	224178088
72	NC_012099	TAAAA	3	53771	53786	16	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	224178088
73	NC_012099	CTTT	3	54781	54793	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	224178088
74	NC_012099	AAAG	3	55460	55470	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	224178088
75	NC_012099	T	16	57981	57996	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	224178086
76	NC_012099	TTTC	3	58285	58295	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	224178086
77	NC_012099	ACTA	3	58935	58945	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	224178086
78	NC_012099	TTC	4	59277	59288	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	224178086
79	NC_012099	ATAA	3	59294	59304	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	224178086
80	NC_012099	TTAT	3	59332	59344	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	224178086
81	NC_012099	ATTT	3	59915	59925	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	224178086
82	NC_012099	TTC	4	60078	60089	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	224178086
83	NC_012099	TAT	4	60299	60310	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	224178086
84	NC_012099	TA	6	60773	60783	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_012099	TTA	4	60964	60976	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
86	NC_012099	TTTC	3	62407	62417	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	224178038
87	NC_012099	TAGG	3	63022	63032	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	224178038
88	NC_012099	TAAT	3	64128	64139	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_012099	AAAG	3	64281	64291	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_012099	ATTAGA	5	66373	66402	30	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	10 %	224178110
91	NC_012099	TAGAAG	4	66399	66422	24	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	8 %	224178110
92	NC_012099	AGCG	3	70293	70303	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
93	NC_012099	TAAAA	3	70440	70453	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_012099	GAGG	3	71571	71582	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_012099	AATA	3	71641	71651	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_012099	AGGT	3	71769	71780	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012099	TATT	3	73180	73190	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_012099	TA	7	73221	73233	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
99	NC_012099	GAAGA	3	73354	73367	14	60 %	0 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_012099	TA	6	74763	74774	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	224178113
101	NC_012099	AAAT	3	79174	79185	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	224178101
102	NC_012099	AAT	4	79387	79398	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	224178101
103	NC_012099	ACAA	3	80075	80085	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	224178043
104	NC_012099	TAAA	3	81125	81135	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	224178043
105	NC_012099	CTTT	3	81552	81562	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
106	NC_012099	AAAAAG	3	81598	81616	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
107	NC_012099	ATG	4	82065	82076	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	224178047
108	NC_012099	GTT	4	83145	83156	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	224178040
109	NC_012099	AAAT	3	83291	83301	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	224178040
110	NC_012099	TTAC	3	83898	83908	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	224178040
111	NC_012099	TTTC	3	84624	84634	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	224178045
112	NC_012099	ATG	4	85436	85446	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	224178045
113	NC_012099	TTTA	3	85476	85488	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	224178045
114	NC_012099	TTC	4	86843	86854	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	224178046
115	NC_012099	TGT	4	86865	86876	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	224178046
116	NC_012099	TTCT	3	86995	87005	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	224178033
117	NC_012099	TAT	4	87281	87293	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	224178033
118	NC_012099	CTTTA	3	87542	87555	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	224178033
119	NC_012099	ACTT	3	87633	87643	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	224178033
120	NC_012099	TA	6	88114	88125	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_012099	TAT	4	88132	88142	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
122	NC_012099	TTCT	3	91431	91442	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
123	NC_012099	TCTCT	3	93390	93403	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
124	NC_012099	TA	7	93526	93538	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
125	NC_012099	AAAT	3	93568	93578	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
126	NC_012099	T	12	93680	93691	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
127	NC_012099	CTAC	3	94977	94988	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_012099	TCGGT	3	95908	95921	14	0 %	40 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
129	NC_012099	CTG	4	99278	99289	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	224178036
130	NC_012099	CTTCTA	4	100337	100360	24	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	8 %	224178120

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Pyramimonas parkeae chloroplast