ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Syntrichia ruralis chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_012052	AAAT	3	145	156	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_012052	TAAA	3	289	301	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_012052	TAAT	3	1137	1148	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	223931035
4	NC_012052	ATTT	3	3805	3815	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931039
5	NC_012052	TTTA	3	6339	6349	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_012052	AAAT	3	6525	6536	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_012052	TTAA	3	7934	7944	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	223931045
8	NC_012052	AAAT	3	8348	8359	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_012052	ATTT	3	12461	12471	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_012052	AAAT	3	12888	12898	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	223931051
11	NC_012052	AAAT	3	13219	13230	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	223931051
12	NC_012052	TTAA	3	13551	13562	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	223931051
13	NC_012052	ATTA	3	14581	14592	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	223931113
14	NC_012052	TAAA	4	14598	14613	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	223931113
15	NC_012052	CTTT	3	15070	15080	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	223931113
16	NC_012052	TAAA	3	15689	15700	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	223931113
17	NC_012052	ATTT	3	16682	16692	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931113
18	NC_012052	TTAT	3	17076	17086	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931113
19	NC_012052	ATAA	3	17090	17101	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	223931113
20	NC_012052	ATTT	3	17349	17359	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931113
21	NC_012052	TTTA	3	17641	17651	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931113
22	NC_012052	ATTT	3	17759	17769	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931113
23	NC_012052	CAAA	3	18620	18631	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	223931113
24	NC_012052	TTAA	3	18713	18724	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	223931113
25	NC_012052	TAAA	4	18974	18989	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	223931113
26	NC_012052	TTTA	3	19740	19750	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931113
27	NC_012052	AATT	3	22720	22730	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	223931113
28	NC_012052	GAAA	3	22995	23006	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	223931113
29	NC_012052	AAAT	3	23603	23615	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	223931113
30	NC_012052	TTTA	3	30326	30337	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	223931113
31	NC_012052	CTTT	3	32221	32231	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	223931113
32	NC_012052	TAAA	3	33936	33946	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	223931113
33	NC_012052	AAAT	3	34158	34169	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	223931113
34	NC_012052	TAAA	3	34240	34251	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	223931113
35	NC_012052	AATT	3	35915	35927	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	223931113
36	NC_012052	TAAA	4	36139	36154	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	223931113
37	NC_012052	TTTA	3	39103	39113	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931113
38	NC_012052	TTAA	3	41046	41056	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	223931113
39	NC_012052	AAAT	3	41464	41474	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	223931113
40	NC_012052	AAAT	3	41611	41621	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	223931113
41	NC_012052	ATTT	3	41975	41985	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931113
42	NC_012052	TTAA	4	42727	42741	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	223931113
43	NC_012052	ATAA	3	44020	44031	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	223931113
44	NC_012052	ATTT	3	45801	45812	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	223931113
45	NC_012052	ATTT	3	46570	46582	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	223931113
46	NC_012052	TTGT	3	47711	47722	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	223931113
47	NC_012052	TTAT	3	49169	49180	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	223931113
48	NC_012052	TAAA	3	49184	49195	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	223931113
49	NC_012052	TATT	3	49611	49622	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	223931113
50	NC_012052	CTTT	3	50352	50363	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	223931113
51	NC_012052	AATT	3	50639	50650	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	223931113
52	NC_012052	TTTG	3	52662	52672	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	223931113
53	NC_012052	AAGT	3	53904	53914	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	223931113
54	NC_012052	TATT	3	55740	55751	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	223931113
55	NC_012052	TTTG	3	56610	56621	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	223931113
56	NC_012052	ATAA	3	58986	58996	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	223931113
57	NC_012052	TAAA	3	59354	59364	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	223931113
58	NC_012052	AATT	3	59843	59855	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	223931113
59	NC_012052	CTTT	3	61881	61891	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	223931113
60	NC_012052	CAAT	3	63152	63162	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	223931113
61	NC_012052	ATCT	3	63603	63613	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	223931113
62	NC_012052	TAAA	3	63681	63691	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	223931113
63	NC_012052	ATTT	3	65029	65040	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	223931113
64	NC_012052	TTTA	3	65613	65623	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931113
65	NC_012052	TTAA	3	65624	65635	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	223931113
66	NC_012052	TTAA	3	67600	67611	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	223931113
67	NC_012052	TTTA	3	69172	69182	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931113
68	NC_012052	TGTT	3	69610	69620	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	223931113
69	NC_012052	TAAA	3	69793	69803	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	223931113
70	NC_012052	TATT	4	70055	70070	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	223931113
71	NC_012052	TAAT	4	73508	73522	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	223931113
72	NC_012052	ATTT	3	73624	73634	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931113
73	NC_012052	TAAA	7	73906	73934	29	75 %	25 %	0 %	0 %	10 %	223931113
74	NC_012052	TATT	3	73935	73946	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	223931113
75	NC_012052	ATAA	3	78261	78273	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	223931113
76	NC_012052	TTTA	3	78480	78490	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931113
77	NC_012052	AAAT	3	78498	78508	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	223931113
78	NC_012052	AATG	3	79711	79721	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	223931113
79	NC_012052	AAAT	3	80087	80097	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	223931113
80	NC_012052	ATTT	3	80398	80409	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	223931113
81	NC_012052	ATTT	3	81299	81309	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931113
82	NC_012052	TTAA	3	81499	81510	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	223931113
83	NC_012052	ATTT	3	81615	81625	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931113
84	NC_012052	TAAA	3	82224	82235	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	223931113
85	NC_012052	TTTA	3	82248	82258	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931113
86	NC_012052	TAAA	4	84688	84703	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_012052	AGGT	3	90894	90905	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012052	TGTT	3	92951	92962	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_012052	GCAA	3	93817	93828	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
90	NC_012052	TATT	3	94931	94943	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	223931101
91	NC_012052	TTTA	3	97339	97351	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	223931100
92	NC_012052	TTTA	3	98396	98407	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	223931100
93	NC_012052	AAAT	3	99984	99994	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	223931100
94	NC_012052	TAAA	3	100614	100624	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	223931100
95	NC_012052	AAAT	3	100762	100772	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	223931100
96	NC_012052	AAGT	3	101043	101053	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	223931100
97	NC_012052	TTTA	3	103940	103952	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_012052	TCAA	3	106491	106501	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	223931107
99	NC_012052	TTTA	3	106701	106712	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_012052	TATT	3	107278	107289	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	223931109
101	NC_012052	TATT	3	108454	108465	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	223931109
102	NC_012052	AAAT	3	108749	108760	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_012052	AATA	3	108885	108895	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_012052	TATT	3	111835	111845	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931112
105	NC_012052	GAAG	3	112521	112531	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	223931112
106	NC_012052	AAGA	3	114000	114011	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_012052	CTAC	3	115747	115758	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_012052	TATT	3	121953	121964	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Syntrichia ruralis chloroplast