ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Syntrichia ruralis chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_012052	AAAT	3	145	156	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_012052	TAA	4	163	173	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_012052	TAAA	3	289	301	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_012052	A	14	529	542	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	223931034
5	NC_012052	TAAT	3	1137	1148	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	223931035
6	NC_012052	T	16	3515	3530	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
7	NC_012052	TTA	4	3597	3608	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_012052	ATTT	3	3805	3815	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931039
9	NC_012052	TAT	4	4197	4208	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	223931039
10	NC_012052	ATT	4	4210	4221	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	223931039
11	NC_012052	AAT	4	4230	4242	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	223931039
12	NC_012052	TTTA	3	6339	6349	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_012052	AAAT	3	6525	6536	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_012052	AAT	4	6629	6640	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	223931044
15	NC_012052	TA	13	7046	7071	26	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_012052	TTA	4	7884	7895	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	223931045
17	NC_012052	TTAA	3	7934	7944	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	223931045
18	NC_012052	AT	6	7947	7958	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	223931045
19	NC_012052	ATTTT	3	8245	8259	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	223931045
20	NC_012052	AAAT	3	8348	8359	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_012052	AT	7	9287	9301	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	223931046
22	NC_012052	TAA	4	9401	9411	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	223931046
23	NC_012052	TAA	4	9442	9453	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	223931046
24	NC_012052	TA	6	10651	10663	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_012052	T	14	12351	12364	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_012052	TA	7	12371	12385	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
27	NC_012052	ATTT	3	12461	12471	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_012052	T	16	12481	12496	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
29	NC_012052	AGA	4	12574	12585	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	223931051
30	NC_012052	AAAT	3	12888	12898	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	223931051
31	NC_012052	A	13	12981	12993	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	223931051
32	NC_012052	AAAT	3	13219	13230	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	223931051
33	NC_012052	TTAA	3	13551	13562	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	223931051
34	NC_012052	AT	6	13669	13680	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	223931051
35	NC_012052	ATT	5	13706	13719	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	223931051
36	NC_012052	A	15	13803	13817	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	223931051
37	NC_012052	T	14	14270	14283	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
38	NC_012052	AAATA	3	14322	14335	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_012052	ATTA	3	14581	14592	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	223931113
40	NC_012052	TAAA	4	14598	14613	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	223931113
41	NC_012052	A	12	14702	14713	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	223931113
42	NC_012052	CTTT	3	15070	15080	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	223931113
43	NC_012052	AT	19	15222	15257	36	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	223931113
44	NC_012052	ATTTT	3	15287	15300	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	223931113
45	NC_012052	TAAA	3	15689	15700	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	223931113
46	NC_012052	A	18	15792	15809	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	223931113
47	NC_012052	GTT	4	15886	15896	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	223931113
48	NC_012052	ATA	5	16351	16365	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	223931113
49	NC_012052	ATT	5	16376	16390	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	223931113
50	NC_012052	ATTT	3	16682	16692	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931113
51	NC_012052	AT	24	16734	16780	47	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	223931113
52	NC_012052	AT	9	16802	16819	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	223931113
53	NC_012052	ATA	4	16901	16913	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	223931113
54	NC_012052	TTAT	3	17076	17086	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931113
55	NC_012052	ATAA	3	17090	17101	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	223931113
56	NC_012052	ATTT	3	17349	17359	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931113
57	NC_012052	T	18	17464	17481	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	223931113
58	NC_012052	TTTA	3	17641	17651	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931113
59	NC_012052	ATTT	3	17759	17769	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931113
60	NC_012052	TATTG	3	17788	17802	15	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	223931113
61	NC_012052	AT	6	18166	18177	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	223931113
62	NC_012052	CAAA	3	18620	18631	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	223931113
63	NC_012052	TTAA	3	18713	18724	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	223931113
64	NC_012052	TAAA	4	18974	18989	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	223931113
65	NC_012052	A	21	19006	19026	21	100 %	0 %	0 %	0 %	4 %	223931113
66	NC_012052	T	12	19432	19443	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	223931113
67	NC_012052	T	14	19515	19528	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	223931113
68	NC_012052	T	12	19609	19620	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	223931113
69	NC_012052	TTTA	3	19740	19750	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931113
70	NC_012052	T	12	22001	22012	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	223931113
71	NC_012052	T	12	22161	22172	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	223931113
72	NC_012052	AAT	4	22326	22338	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	223931113
73	NC_012052	TA	6	22470	22481	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	223931113
74	NC_012052	AATT	3	22720	22730	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	223931113
75	NC_012052	GAAA	3	22995	23006	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	223931113
76	NC_012052	TAA	4	23497	23508	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	223931113
77	NC_012052	AT	9	23519	23536	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	223931113
78	NC_012052	AT	12	23549	23572	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	223931113
79	NC_012052	AAAT	3	23603	23615	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	223931113
80	NC_012052	AT	6	23704	23715	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	223931113
81	NC_012052	A	16	23837	23852	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	223931113
82	NC_012052	AATTT	3	24035	24048	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	223931113
83	NC_012052	A	12	27107	27118	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	223931113
84	NC_012052	AGA	4	28577	28589	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	223931113
85	NC_012052	TA	6	29426	29437	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	223931113
86	NC_012052	TATAA	3	29627	29640	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	223931113
87	NC_012052	TTTA	3	30326	30337	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	223931113
88	NC_012052	TTA	4	31943	31954	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	223931113
89	NC_012052	CTTT	3	32221	32231	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	223931113
90	NC_012052	TTA	4	32691	32702	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	223931113
91	NC_012052	TA	7	32758	32771	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	223931113
92	NC_012052	T	17	32775	32791	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	223931113
93	NC_012052	TAT	4	33043	33054	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	223931113
94	NC_012052	TAT	7	33268	33288	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	223931113
95	NC_012052	TAAA	3	33936	33946	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	223931113
96	NC_012052	TA	6	33961	33972	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	223931113
97	NC_012052	AAAT	3	34158	34169	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	223931113
98	NC_012052	TAAA	3	34240	34251	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	223931113
99	NC_012052	AATT	3	35915	35927	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	223931113
100	NC_012052	TAAA	4	36139	36154	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	223931113
101	NC_012052	A	12	36292	36303	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	223931113
102	NC_012052	AAT	5	36314	36327	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	223931113
103	NC_012052	CAT	4	37277	37287	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	223931113
104	NC_012052	ATG	4	38781	38791	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	223931113
105	NC_012052	TTTA	3	39103	39113	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931113
106	NC_012052	TAA	5	40183	40197	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	223931113
107	NC_012052	TTAA	3	41046	41056	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	223931113
108	NC_012052	A	17	41091	41107	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	223931113
109	NC_012052	G	14	41439	41452	14	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	223931113
110	NC_012052	AAAT	3	41464	41474	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	223931113
111	NC_012052	AAAT	3	41611	41621	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	223931113
112	NC_012052	AAT	4	41727	41738	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	223931113
113	NC_012052	AT	8	41875	41890	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	223931113
114	NC_012052	ATTT	3	41975	41985	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	223931113
115	NC_012052	AAAGA	3	42045	42058	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	223931113
116	NC_012052	TAT	4	42468	42478	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	223931113
117	NC_012052	CT	6	42599	42609	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	223931113
118	NC_012052	AAT	4	42690	42701	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	223931113
119	NC_012052	TTAA	4	42727	42741	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	223931113
120	NC_012052	GCA	4	42798	42809	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	223931113
121	NC_012052	ATAA	3	44020	44031	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	223931113
122	NC_012052	AAAAAC	3	44691	44708	18	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	5 %	223931113
123	NC_012052	ATA	5	44885	44898	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	223931113
124	NC_012052	T	12	45260	45271	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	223931113
125	NC_012052	CTTTT	3	45363	45377	15	0 %	80 %	0 %	20 %	0 %	223931113
126	NC_012052	T	13	45420	45432	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	223931113
127	NC_012052	ATA	5	45440	45454	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	223931113
128	NC_012052	AT	8	45578	45593	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	223931113
129	NC_012052	ATTT	3	45801	45812	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	223931113
130	NC_012052	A	14	46063	46076	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	223931113
131	NC_012052	ATTT	3	46570	46582	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	223931113
132	NC_012052	TTGT	3	47711	47722	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	223931113
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337	NC_012052	AAGA	3	114000	114011	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
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339	NC_012052	CTAC	3	115747	115758	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
340	NC_012052	TATT	3	121953	121964	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Syntrichia ruralis chloroplast