ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Ephedra equisetina chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_011954	AAAAAT	3	1438	1454	17	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	222139871
2	NC_011954	TAAG	3	2011	2021	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	222139871
3	NC_011954	AGAAAA	3	2548	2565	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	222139871
4	NC_011954	TGA	4	4680	4691	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	222139872
5	NC_011954	TCT	4	7166	7176	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	222139874
6	NC_011954	TA	6	7204	7214	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	222139874
7	NC_011954	TTTA	3	7280	7291	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	222139874
8	NC_011954	GGA	4	7307	7318	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	222139874
9	NC_011954	TTAA	3	7782	7793	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	222139874
10	NC_011954	GCA	4	8000	8011	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	222139874
11	NC_011954	AG	6	8159	8169	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_011954	TAA	4	8652	8663	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_011954	ATG	4	10727	10737	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	222139877
14	NC_011954	TG	6	12654	12664	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	222139878
15	NC_011954	A	16	14436	14451	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	222139879
16	NC_011954	T	14	14880	14893	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	222139879
17	NC_011954	T	14	15984	15997	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011954	TAC	4	17364	17375	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
19	NC_011954	A	18	17825	17842	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
20	NC_011954	A	17	17884	17900	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	222139883
21	NC_011954	AATA	3	18938	18949	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	222139883
22	NC_011954	AAC	4	20875	20885	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	222139883
23	NC_011954	AGAA	3	23518	23528	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	222139884
24	NC_011954	AAAC	3	23963	23974	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	222139885
25	NC_011954	AGA	4	24176	24186	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	222139885
26	NC_011954	GAAA	3	24292	24302	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	222139885
27	NC_011954	T	16	27622	27637	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	222139885
28	NC_011954	GAAA	3	28153	28163	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	222139886
29	NC_011954	T	16	28488	28503	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011954	TAAA	3	29827	29838	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_011954	GAA	5	30803	30817	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	222139889
32	NC_011954	GAA	4	32541	32552	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	222139890
33	NC_011954	CT	6	32687	32698	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
34	NC_011954	TTAT	3	33019	33030	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_011954	AAT	4	33198	33208	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_011954	TC	6	33531	33542	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
37	NC_011954	GAAA	3	33637	33648	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_011954	TTAA	3	33706	33718	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_011954	CTAT	7	34738	34765	28	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
40	NC_011954	GAAA	3	34960	34971	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_011954	AGGT	3	35208	35219	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_011954	AT	6	36013	36024	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_011954	G	16	36279	36294	16	0 %	0 %	100 %	0 %	6 %	Non-Coding
44	NC_011954	TTTG	3	39233	39243	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	222139894
45	NC_011954	TGCA	3	39466	39478	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	222139894
46	NC_011954	AATC	3	40547	40557	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	222139896
47	NC_011954	T	13	43043	43055	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011954	AAT	4	43911	43923	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_011954	TTTA	3	44188	44199	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_011954	TTTC	3	44280	44291	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	222139903
51	NC_011954	AAAAT	3	45223	45236	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_011954	AAGA	3	45405	45416	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	222139906
53	NC_011954	T	16	45855	45870	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	222139908
54	NC_011954	TTTA	3	45975	45986	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	222139908
55	NC_011954	TGC	4	46098	46109	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	222139908
56	NC_011954	TA	8	46230	46245	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
57	NC_011954	TTTA	3	46246	46258	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
58	NC_011954	ATTGT	3	47517	47530	14	20 %	60 %	20 %	0 %	7 %	222139909
59	NC_011954	T	12	47854	47865	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	222139909
60	NC_011954	AT	10	48087	48107	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	222139909
61	NC_011954	GAAAT	3	48135	48148	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	222139909
62	NC_011954	TATT	3	49319	49330	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	222139909
63	NC_011954	A	14	50467	50480	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	222139909
64	NC_011954	CCCT	3	53616	53626	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	222139909
65	NC_011954	A	12	54874	54885	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	222139909
66	NC_011954	T	18	55822	55839	18	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	222139909
67	NC_011954	ACCAT	3	57221	57235	15	40 %	20 %	0 %	40 %	6 %	222139909
68	NC_011954	TTAA	3	57408	57419	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	222139909
69	NC_011954	ATT	4	57901	57911	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	222139909
70	NC_011954	ATTT	3	57998	58009	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	222139909
71	NC_011954	T	13	58209	58221	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	222139909
72	NC_011954	T	14	58871	58884	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	222139909
73	NC_011954	A	16	59370	59385	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	222139909
74	NC_011954	TAT	4	59694	59705	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	222139909
75	NC_011954	TA	8	59720	59735	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	222139909
76	NC_011954	CCT	4	60076	60086	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	222139909
77	NC_011954	ATGT	3	60180	60190	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	222139909
78	NC_011954	GAA	4	60276	60287	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	222139909
79	NC_011954	TTTG	3	61210	61221	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	222139909
80	NC_011954	TTTTA	3	61265	61279	15	20 %	80 %	0 %	0 %	0 %	222139909
81	NC_011954	GATT	3	62820	62831	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	222139909
82	NC_011954	TTTC	3	64517	64527	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	222139909
83	NC_011954	ATGG	3	64625	64635	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	222139909
84	NC_011954	ATA	7	65203	65223	21	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	222139909
85	NC_011954	AGA	4	65227	65239	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	222139909
86	NC_011954	ATC	4	65779	65789	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	222139909
87	NC_011954	AAAG	3	67366	67376	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	222139909
88	NC_011954	TTTTG	3	68769	68782	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	222139909
89	NC_011954	T	12	70213	70224	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	222139909
90	NC_011954	CT	6	70410	70420	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	222139909
91	NC_011954	TGGG	3	72275	72285	11	0 %	25 %	75 %	0 %	9 %	222139909
92	NC_011954	GGTAG	3	73368	73381	14	20 %	20 %	60 %	0 %	7 %	222139909
93	NC_011954	CGA	4	74380	74391	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	222139909
94	NC_011954	GAGG	3	75579	75590	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	222139909
95	NC_011954	AGGT	3	75797	75808	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	222139909
96	NC_011954	CTAT	3	77221	77231	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	222139909
97	NC_011954	AACC	3	77396	77408	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	222139909
98	NC_011954	ATTTG	3	77847	77860	14	20 %	60 %	20 %	0 %	7 %	222139909
99	NC_011954	GAAA	3	78110	78120	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	222139909
100	NC_011954	TCAA	3	78125	78136	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	222139909
101	NC_011954	ATGAT	3	78274	78288	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	222139909
102	NC_011954	AGA	4	79476	79487	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	222139909
103	NC_011954	GGAATA	3	79635	79653	19	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	10 %	222139909
104	NC_011954	A	12	81206	81217	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	222139909
105	NC_011954	CAAA	3	81683	81694	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	222139909
106	NC_011954	TAAA	3	82768	82778	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	222139909
107	NC_011954	AGGG	3	82872	82882	11	25 %	0 %	75 %	0 %	9 %	222139909
108	NC_011954	AAAAAG	3	82929	82946	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	222139909
109	NC_011954	T	14	83273	83286	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	222139909
110	NC_011954	TTTC	3	83851	83862	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	222139909
111	NC_011954	TTTTC	3	84136	84150	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	222139909
112	NC_011954	CTTT	4	84206	84220	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	222139909
113	NC_011954	T	13	84277	84289	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	222139909
114	NC_011954	T	12	84379	84390	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	222139909
115	NC_011954	GAAAT	3	84521	84535	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	222139909
116	NC_011954	T	12	84783	84794	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	222139909
117	NC_011954	TATT	3	85515	85525	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	222139909
118	NC_011954	TAA	4	86059	86069	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	222139909
119	NC_011954	TCTA	3	86378	86389	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	222139909
120	NC_011954	TTTG	3	86792	86803	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	222139909
121	NC_011954	TCT	4	87515	87526	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	222139909
122	NC_011954	TTCT	3	87601	87611	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	222139909
123	NC_011954	TTTA	4	88054	88070	17	25 %	75 %	0 %	0 %	5 %	222139909
124	NC_011954	TAAA	3	88335	88345	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	222139909
125	NC_011954	TTCT	3	88415	88426	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	222139909
126	NC_011954	ATAG	4	88960	88975	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	222139909
127	NC_011954	TATTCC	3	90508	90526	19	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	10 %	222139909
128	NC_011954	ATCAT	3	91873	91887	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	222139909
129	NC_011954	TTGA	3	92025	92036	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	222139909
130	NC_011954	TTTC	3	92041	92051	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	222139909
131	NC_011954	GGTT	3	92753	92765	13	0 %	50 %	50 %	0 %	7 %	222139909
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150	NC_011954	CAAA	3	108940	108951	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Ephedra equisetina chloroplast