ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Trifolium subterraneum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_011828	AAGT	3	1155	1165	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	219673953
2	NC_011828	ATT	5	1821	1834	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_011828	AATA	3	2333	2344	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011828	TATTTC	3	2421	2438	18	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
5	NC_011828	AATTG	3	3936	3950	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	219673995
6	NC_011828	T	12	4118	4129	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	219673995
7	NC_011828	GTT	4	4211	4221	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	219673995
8	NC_011828	T	13	4534	4546	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	219673995
9	NC_011828	TA	8	4623	4637	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	219673995
10	NC_011828	AAT	4	4638	4650	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	219673995
11	NC_011828	T	13	5012	5024	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	219673995
12	NC_011828	T	13	5775	5787	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	219673995
13	NC_011828	ATT	4	5912	5922	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	219673995
14	NC_011828	A	14	6105	6118	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	219673995
15	NC_011828	ATTT	3	7265	7276	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	219673995
16	NC_011828	ACA	4	7485	7496	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	219673995
17	NC_011828	AT	6	8484	8494	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	219673995
18	NC_011828	ATT	4	10083	10094	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	219673995
19	NC_011828	TA	6	10614	10624	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	219673995
20	NC_011828	TA	6	10858	10869	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	219673995
21	NC_011828	TTCA	3	10908	10919	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	219673995
22	NC_011828	ATA	4	11636	11647	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	219673995
23	NC_011828	TTATA	3	12757	12771	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	219673995
24	NC_011828	AT	6	12859	12874	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	219673995
25	NC_011828	TA	6	13217	13227	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	219673995
26	NC_011828	AGTATA	3	13229	13247	19	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	10 %	219673995
27	NC_011828	TA	7	13704	13716	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	219673995
28	NC_011828	AAT	4	13722	13733	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	219673995
29	NC_011828	TAA	4	13760	13770	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	219673995
30	NC_011828	ATT	4	13770	13780	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	219673995
31	NC_011828	ACTAAA	3	13872	13888	17	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	219673995
32	NC_011828	AATAG	3	13982	13995	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	219673995
33	NC_011828	TAT	4	14061	14071	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	219673995
34	NC_011828	T	12	14424	14435	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	219673995
35	NC_011828	TTGA	3	14447	14458	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	219673995
36	NC_011828	TAA	4	14473	14484	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	219673995
37	NC_011828	GATA	3	14760	14771	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	219673995
38	NC_011828	ATT	4	15020	15031	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	219673995
39	NC_011828	AAATA	3	15289	15303	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	219673995
40	NC_011828	TATC	3	15357	15368	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	219673995
41	NC_011828	TA	7	15387	15400	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	219673995
42	NC_011828	A	26	15864	15889	26	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	219673995
43	NC_011828	ATCT	3	16259	16271	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	219673995
44	NC_011828	A	12	16573	16584	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	219673995
45	NC_011828	A	13	18906	18918	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	219673995
46	NC_011828	TCGG	3	20362	20372	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	219673995
47	NC_011828	A	16	20835	20850	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	219673995
48	NC_011828	ATTT	3	20896	20906	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	219673995
49	NC_011828	A	15	20939	20953	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	219673995
50	NC_011828	ATT	4	22348	22359	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	219673995
51	NC_011828	ATTTT	3	23111	23125	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	219673995
52	NC_011828	AT	11	23144	23165	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	219673995
53	NC_011828	T	12	23218	23229	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	219673995
54	NC_011828	A	14	23231	23244	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	219673995
55	NC_011828	AAAAT	3	23934	23948	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	219673995
56	NC_011828	TAT	4	24968	24982	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	219673995
57	NC_011828	AT	6	25525	25536	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	219673995
58	NC_011828	ATA	6	25643	25659	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	219673995
59	NC_011828	GTTT	3	25826	25837	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	219673995
60	NC_011828	CTGT	3	26711	26722	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	219673995
61	NC_011828	CAAT	3	26726	26736	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	219673995
62	NC_011828	A	13	27252	27264	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	219673995
63	NC_011828	T	23	28653	28675	23	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	219673995
64	NC_011828	A	17	28953	28969	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	219673995
65	NC_011828	T	24	29005	29028	24	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	219673995
66	NC_011828	CAG	4	29255	29266	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	219673995
67	NC_011828	TAA	4	29327	29337	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	219673995
68	NC_011828	TAG	4	29634	29644	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	219673995
69	NC_011828	ACCC	3	29766	29777	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	219673995
70	NC_011828	AAAAT	3	31156	31170	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	219673995
71	NC_011828	TTTC	3	31260	31271	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	219673995
72	NC_011828	A	13	32091	32103	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	219673995
73	NC_011828	TAT	4	32208	32219	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	219673995
74	NC_011828	T	16	32216	32231	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	219673995
75	NC_011828	GAAT	3	32261	32272	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	219673995
76	NC_011828	T	12	32366	32377	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	219673995
77	NC_011828	TTCT	3	32908	32918	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	219673995
78	NC_011828	ATT	4	33488	33499	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	219673995
79	NC_011828	T	18	34267	34284	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	219673995
80	NC_011828	GTTC	4	34588	34603	16	0 %	50 %	25 %	25 %	6 %	219673995
81	NC_011828	TCT	4	36532	36543	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	219673995
82	NC_011828	GAATA	4	37071	37090	20	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	219673995
83	NC_011828	A	12	37484	37495	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	219673995
84	NC_011828	A	13	37758	37770	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	219673995
85	NC_011828	ATT	4	37852	37863	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	219673995
86	NC_011828	TTCT	3	39001	39011	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	219673995
87	NC_011828	TA	12	39089	39110	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	219673995
88	NC_011828	ATA	4	39126	39136	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	219673995
89	NC_011828	A	12	39147	39158	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	219673995
90	NC_011828	T	12	39689	39700	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	219673995
91	NC_011828	T	12	39801	39812	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	219673995
92	NC_011828	A	15	40664	40678	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	219673995
93	NC_011828	TAAAAA	3	41136	41154	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	219673995
94	NC_011828	ATTT	4	41954	41969	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	219673995
95	NC_011828	TA	12	42441	42463	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	219673995
96	NC_011828	AAT	5	42516	42529	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	219673995
97	NC_011828	ATTT	3	42733	42744	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	219673995
98	NC_011828	TA	7	43069	43082	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	219673995
99	NC_011828	TTTA	3	43084	43094	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	219673995
100	NC_011828	GAAA	3	43201	43212	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	219673995
101	NC_011828	GATA	3	43240	43251	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	219673995
102	NC_011828	T	13	43486	43498	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	219673995
103	NC_011828	TA	7	44153	44166	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	219673995
104	NC_011828	ATA	5	45251	45266	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	219673995
105	NC_011828	TA	7	45272	45284	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	219673995
106	NC_011828	AT	7	45292	45304	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	219673995
107	NC_011828	TA	6	45319	45329	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	219673995
108	NC_011828	AT	7	45536	45548	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	219673995
109	NC_011828	TAA	4	45577	45587	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	219673995
110	NC_011828	TA	8	45746	45761	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	219673995
111	NC_011828	A	14	46329	46342	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	219673995
112	NC_011828	A	12	46346	46357	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	219673995
113	NC_011828	AGA	4	46429	46441	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	219673995
114	NC_011828	T	16	46532	46547	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	219673995
115	NC_011828	TA	6	46567	46577	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	219673995
116	NC_011828	TGGG	3	48243	48253	11	0 %	25 %	75 %	0 %	9 %	219673995
117	NC_011828	GAAA	3	48407	48418	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	219673995
118	NC_011828	TA	6	48506	48516	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	219673995
119	NC_011828	GCTT	3	48810	48820	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	219673995
120	NC_011828	T	12	49908	49919	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	219673995
121	NC_011828	ATT	4	50299	50310	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	219673995
122	NC_011828	AT	11	50354	50376	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	219673995
123	NC_011828	ACTA	3	50533	50547	15	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	219673995
124	NC_011828	TATTT	3	50815	50828	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	219673995
125	NC_011828	ATG	4	52929	52939	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	219673995
126	NC_011828	AAGA	3	54023	54034	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	219673995
127	NC_011828	GCA	4	54827	54838	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	219673995
128	NC_011828	TG	6	54864	54874	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	219673995
129	NC_011828	CATA	3	54925	54937	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	219673995
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241	NC_011828	TATT	3	113059	113070	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	219674004
242	NC_011828	GTTT	3	113388	113398	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
243	NC_011828	AT	7	114488	114502	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	219674005
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245	NC_011828	TAT	4	115070	115081	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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249	NC_011828	A	15	117478	117492	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	219674006
250	NC_011828	T	12	117654	117665	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
251	NC_011828	A	13	117786	117798	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
252	NC_011828	TCT	4	118520	118531	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	219674007
253	NC_011828	CAAAT	3	118552	118565	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	219674007
254	NC_011828	TTTTA	3	119299	119312	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
255	NC_011828	ATT	4	119956	119967	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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257	NC_011828	CTTT	3	120039	120050	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
258	NC_011828	T	26	121087	121112	26	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
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261	NC_011828	AATG	3	121243	121254	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
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283	NC_011828	TA	6	129695	129705	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
284	NC_011828	TCTT	3	129974	129984	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
285	NC_011828	AAAG	3	129990	130000	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
286	NC_011828	TCTA	3	130819	130831	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
287	NC_011828	T	12	130832	130843	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
288	NC_011828	T	18	132793	132810	18	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
289	NC_011828	A	15	132812	132826	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
290	NC_011828	ACCA	3	132926	132937	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
291	NC_011828	TTTCAA	3	132949	132965	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
292	NC_011828	ATACT	4	133085	133103	19	40 %	40 %	0 %	20 %	5 %	Non-Coding
293	NC_011828	ATTT	3	133303	133313	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
294	NC_011828	A	12	133341	133352	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
295	NC_011828	TTG	4	133539	133550	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
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297	NC_011828	GTAAT	3	135476	135490	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
298	NC_011828	CATC	3	135648	135660	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
299	NC_011828	ATTT	4	135887	135901	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
300	NC_011828	AATG	3	137851	137861	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	219674020
301	NC_011828	T	13	138573	138585	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
302	NC_011828	TAAA	3	139073	139083	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
303	NC_011828	ATA	4	139335	139345	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
304	NC_011828	TTAT	3	140029	140040	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
305	NC_011828	ATT	4	140590	140600	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
306	NC_011828	TAT	4	140619	140630	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
307	NC_011828	ATA	4	140646	140656	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
308	NC_011828	TAT	7	142164	142184	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
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310	NC_011828	T	16	142393	142408	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
311	NC_011828	CATT	3	143494	143504	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	219674021
312	NC_011828	TTCA	3	143821	143833	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	219674021
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314	NC_011828	G	12	144565	144576	12	0 %	0 %	100 %	0 %	8 %	219674021

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Trifolium subterraneum chloroplast