ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Festuca arundinacea chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_011713	CAG	4	682	693	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	218176225
2	NC_011713	AAGT	3	788	798	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	218176225
3	NC_011713	ATAG	3	1214	1224	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_011713	TAA	4	1610	1621	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_011713	TCTTT	3	2606	2620	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	218176226
6	NC_011713	ATTT	3	3440	3450	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_011713	AAT	4	3550	3562	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
8	NC_011713	TCT	4	4510	4521	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
9	NC_011713	TCTCT	3	4709	4722	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	218176227
10	NC_011713	GACT	3	4957	4968	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	218176227
11	NC_011713	CATAT	3	5827	5841	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
12	NC_011713	TTTAA	3	5998	6011	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_011713	A	13	6056	6068	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_011713	TTAA	3	6378	6389	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_011713	TTCT	3	6978	6988	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	218176228
16	NC_011713	ATTTT	3	7556	7570	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
17	NC_011713	T	15	7818	7832	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
18	NC_011713	ATTTT	3	8215	8228	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_011713	GAA	4	8305	8316	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_011713	T	13	8364	8376	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011713	AAAT	3	8604	8614	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_011713	GAAA	3	10210	10221	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	218176231
23	NC_011713	TTG	4	10618	10628	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	218176231
24	NC_011713	AG	6	11338	11348	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_011713	AGCGT	3	12244	12257	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
26	NC_011713	ATTT	3	13032	13042	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_011713	AAGA	3	14181	14192	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_011713	TCC	4	14293	14305	13	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	Non-Coding
29	NC_011713	TAGG	3	14584	14595	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_011713	TAT	4	14632	14642	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_011713	GATA	3	14779	14790	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_011713	CTTT	3	15048	15058	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
33	NC_011713	ATAC	4	16268	16282	15	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
34	NC_011713	AAAT	3	16605	16615	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_011713	TAT	4	16876	16886	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_011713	ATCA	3	17142	17152	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
37	NC_011713	GTTT	3	17368	17379	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_011713	CTTT	3	17487	17498	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
39	NC_011713	ATC	4	18629	18639	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
40	NC_011713	TATTTA	4	19003	19026	24	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_011713	A	13	20782	20794	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	262090292
42	NC_011713	GAAA	3	24565	24576	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	218176236
43	NC_011713	TTTA	3	24697	24707	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_011713	AT	6	25659	25669	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	218176237
45	NC_011713	GTTC	3	26632	26642	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	218176237
46	NC_011713	AGA	4	26818	26829	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	218176237
47	NC_011713	AGA	4	26974	26985	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	218176237
48	NC_011713	AGA	4	27127	27138	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	218176237
49	NC_011713	TTCA	3	27323	27333	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	218176237
50	NC_011713	GAA	4	27848	27859	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	218176237
51	NC_011713	TTAA	3	29613	29624	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_011713	A	13	29767	29779	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011713	AGAA	3	30580	30590	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_011713	AT	6	30622	30632	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_011713	GTT	4	31361	31372	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218176239
56	NC_011713	T	12	31530	31541	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011713	TA	6	31844	31854	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_011713	TGC	4	32086	32097	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	218176240
59	NC_011713	TAAA	3	32321	32331	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_011713	TTTA	3	32357	32368	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_011713	GAAA	3	33476	33487	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	218176241
62	NC_011713	CTC	4	36675	36687	13	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	Non-Coding
63	NC_011713	AAGA	3	39351	39362	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	218176244
64	NC_011713	GACT	3	39390	39401	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	218176244
65	NC_011713	AATG	3	39750	39761	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	218176244
66	NC_011713	TG	6	40192	40202	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	218176244
67	NC_011713	T	17	41487	41503	17	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011713	AAG	4	42327	42338	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	218176245
69	NC_011713	ATCA	3	42370	42380	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	218176245
70	NC_011713	AGT	4	42732	42742	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	218176245
71	NC_011713	CTTT	3	42751	42762	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	218176245
72	NC_011713	TTCA	3	44051	44062	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
73	NC_011713	ACAA	4	44078	44093	16	75 %	0 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
74	NC_011713	TA	6	45823	45833	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_011713	A	16	45911	45926	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
76	NC_011713	AAAG	3	45949	45959	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_011713	AT	6	46405	46417	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
78	NC_011713	TATT	3	46490	46501	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_011713	A	12	46807	46818	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011713	TTGA	3	46906	46918	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_011713	ATT	4	47298	47308	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_011713	A	13	47923	47935	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_011713	TAA	4	47992	48002	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_011713	CAGA	3	48676	48686	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	218176247
85	NC_011713	GGTA	3	49099	49110	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	218176248
86	NC_011713	T	14	49790	49803	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	218176248
87	NC_011713	A	14	51003	51016	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_011713	TTTC	3	54024	54035	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
89	NC_011713	AATT	3	54099	54110	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_011713	TGCA	3	55664	55676	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	218176252
91	NC_011713	AATA	3	56483	56494	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_011713	TA	6	57116	57126	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_011713	TAGA	3	57170	57181	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_011713	TTGAA	3	58461	58475	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
95	NC_011713	GAA	4	58489	58499	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_011713	TTTTA	3	58610	58624	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
97	NC_011713	AAG	4	58770	58780	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_011713	T	12	59280	59291	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	218176254
99	NC_011713	ATTC	3	59716	59726	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
100	NC_011713	TTC	4	60705	60716	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	218176255
101	NC_011713	A	12	61322	61333	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_011713	A	17	63663	63679	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
103	NC_011713	TTCA	3	64281	64292	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
104	NC_011713	GAAA	3	65109	65119	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_011713	TTTA	3	65265	65275	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_011713	TTC	5	65317	65331	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
107	NC_011713	GAAA	3	65579	65590	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	218176262
108	NC_011713	TAAA	3	65835	65846	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_011713	TA	7	66372	66384	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
110	NC_011713	ATGT	3	67676	67686	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	218176264
111	NC_011713	AGAA	3	68532	68543	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	218176264
112	NC_011713	ATTTTT	3	68563	68580	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	218176264
113	NC_011713	ACTT	3	70882	70892	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	218176264
114	NC_011713	TTCC	3	71714	71724	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	218176264
115	NC_011713	GAAA	3	71998	72009	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	218176264
116	NC_011713	TA	6	72915	72925	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	218176264
117	NC_011713	CCAT	3	73278	73290	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	218176264
118	NC_011713	TTTC	3	74417	74428	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	218176264
119	NC_011713	AGA	4	74450	74461	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	218176264
120	NC_011713	TAT	4	75529	75539	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	218176264
121	NC_011713	ATT	4	76119	76129	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	218176264
122	NC_011713	AGAA	3	76412	76422	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	218176264
123	NC_011713	T	12	76734	76745	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	218176264
124	NC_011713	T	12	76752	76763	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	218176264
125	NC_011713	TTTTC	4	77308	77326	19	0 %	80 %	0 %	20 %	5 %	218176264
126	NC_011713	AAAG	3	77815	77826	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	218176264
127	NC_011713	A	13	79167	79179	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	218176264
128	NC_011713	TTTTC	3	79276	79289	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	218176264
129	NC_011713	TTAT	3	79317	79327	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	218176264
130	NC_011713	TTAT	3	79964	79975	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	218176264
131	NC_011713	ATTT	4	80149	80164	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	218176264
132	NC_011713	TTC	4	81678	81688	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	218176264
133	NC_011713	TA	7	84915	84928	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	218176264
134	NC_011713	ATTCTT	3	88719	88737	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	10 %	218176264
135	NC_011713	TTTGTT	3	89203	89221	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	218176264
136	NC_011713	TTCT	3	89342	89352	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	218176264
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167	NC_011713	TGAA	3	132874	132885	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
168	NC_011713	AAAAG	3	135706	135719	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Festuca arundinacea chloroplast