ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Vaucheria litorea chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_011600	GAA	4	803	814	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	215400696
2	NC_011600	ATT	4	1814	1826	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_011600	TAA	4	5918	5929	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	215400701
4	NC_011600	TAT	4	6258	6271	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_011600	ATT	4	6630	6641	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	215400702
6	NC_011600	TTA	4	7176	7187	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	215400702
7	NC_011600	TAT	4	7394	7405	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_011600	ATT	4	7658	7670	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	215400703
9	NC_011600	TAT	4	9247	9257	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	215400704
10	NC_011600	TAA	4	9930	9941	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	215400704
11	NC_011600	ATT	4	10677	10689	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	215400704
12	NC_011600	TTG	4	11034	11045	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	215400705
13	NC_011600	TAA	5	11464	11478	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	215400706
14	NC_011600	AAT	4	11870	11881	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	215400706
15	NC_011600	TTG	4	14708	14719	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	215400711
16	NC_011600	TTA	4	21491	21503	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	215400714
17	NC_011600	GGT	4	27695	27706	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	215400719
18	NC_011600	TGC	5	28468	28482	15	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	6 %	215400719
19	NC_011600	TAA	4	28755	28767	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_011600	TAT	5	28768	28781	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
21	NC_011600	ATT	4	29570	29580	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_011600	ATT	4	32722	32733	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	215400727
23	NC_011600	TAT	4	33049	33060	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	215400728
24	NC_011600	ATT	4	33462	33473	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	215400728
25	NC_011600	TAT	4	35675	35685	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_011600	TAT	4	35727	35737	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_011600	ATA	4	38891	38902	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	215400735
28	NC_011600	TAA	5	40507	40520	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	215400737
29	NC_011600	TAA	4	40546	40556	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	215400737
30	NC_011600	ATA	4	40820	40831	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	215400737
31	NC_011600	CTT	4	45653	45663	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	215400745
32	NC_011600	TAA	4	47812	47822	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_011600	ATA	4	48520	48531	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	215400750
34	NC_011600	AAT	4	51705	51717	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	215400755
35	NC_011600	ATT	4	53369	53381	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	215400758
36	NC_011600	CTT	4	53800	53810	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	215400759
37	NC_011600	TAC	4	54933	54945	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	215400762
38	NC_011600	ATT	4	58524	58536	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	215400770
39	NC_011600	TAA	4	58892	58903	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	215400771
40	NC_011600	TTA	4	59214	59225	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	215400771
41	NC_011600	GTT	5	59791	59805	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	215400772
42	NC_011600	ATT	4	60054	60064	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_011600	ATA	4	64286	64297	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_011600	ATA	4	67107	67117	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_011600	ATT	6	68840	68856	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	215400776
46	NC_011600	CAA	4	70519	70530	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	215400778
47	NC_011600	ATA	4	73178	73188	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	215400781
48	NC_011600	ATA	4	73871	73881	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_011600	ATT	4	74045	74057	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
50	NC_011600	GCT	5	75837	75851	15	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	6 %	215400783
51	NC_011600	AAT	4	76042	76053	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_011600	TCT	4	76783	76793	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	215400784
53	NC_011600	TAT	4	80053	80064	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_011600	ATT	4	80361	80372	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	215400787
55	NC_011600	TAT	4	80619	80629	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	215400787
56	NC_011600	ATA	4	82664	82674	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	215400790
57	NC_011600	TAT	4	84140	84151	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	215400791
58	NC_011600	CAT	4	84399	84410	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	215400791
59	NC_011600	AGA	4	84743	84754	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	215400791
60	NC_011600	TAA	4	84794	84804	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	215400791
61	NC_011600	ATT	4	85287	85298	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	215400791
62	NC_011600	ATT	4	86186	86196	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	215400792
63	NC_011600	TTA	4	86840	86852	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	215400793
64	NC_011600	ATT	4	87719	87730	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	215400793
65	NC_011600	ATT	4	88163	88174	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_011600	CCA	4	88606	88616	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	215400795
67	NC_011600	ATA	4	89133	89145	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
68	NC_011600	ATA	4	90291	90301	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_011600	AAT	4	91249	91260	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_011600	CAA	4	92540	92550	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	215400806
71	NC_011600	GCA	4	95495	95506	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	215400813
72	NC_011600	TAA	4	97870	97880	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	215400815
73	NC_011600	ATT	4	99799	99810	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	215400819
74	NC_011600	ATT	5	100873	100887	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	215400822
75	NC_011600	TAG	4	101769	101780	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	215400822
76	NC_011600	TAA	4	104737	104748	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_011600	TCT	5	105048	105062	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	215400828
78	NC_011600	AAC	4	106988	106999	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	215400829
79	NC_011600	TTA	4	108185	108195	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	215400830
80	NC_011600	ATT	4	108201	108212	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	215400830
81	NC_011600	CAC	4	108401	108412	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	215400830
82	NC_011600	TAA	4	108966	108977	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	215400830
83	NC_011600	TAT	4	113047	113058	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding

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