ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Pinus nelsonii chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_011159	N	15	1457	1471	15	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011159	N	21	1505	1525	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011159	ATC	4	1995	2005	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	324986486
4	NC_011159	AGA	4	2207	2218	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	324986486
5	NC_011159	TCTA	3	3305	3315	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
6	NC_011159	ATGA	3	4218	4229	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_011159	AAT	4	4507	4518	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_011159	N	59	5038	5096	59	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986487
9	NC_011159	N	32	5193	5224	32	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986487
10	NC_011159	CTA	4	6126	6136	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	324986487
11	NC_011159	GAAA	3	6466	6476	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_011159	N	43	6957	6999	43	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986488
13	NC_011159	GATAC	3	7213	7226	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
14	NC_011159	TCT	4	7301	7311	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
15	NC_011159	N	16	7398	7413	16	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011159	N	19	7506	7524	19	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986489
17	NC_011159	N	12	7535	7546	12	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011159	GA	6	7620	7631	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_011159	N	81	8368	8448	81	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011159	N	12	8473	8484	12	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011159	N	12	8758	8769	12	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011159	AGAAA	3	8972	8986	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
23	NC_011159	N	32	9069	9100	32	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011159	N	112	9138	9249	112	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011159	N	43	10763	10805	43	0 %	0 %	0 %	0 %	2 %	324986491
26	NC_011159	N	77	11894	11970	77	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986492
27	NC_011159	ATTT	3	12446	12458	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	324986492
28	NC_011159	AAGGA	3	12513	12527	15	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	324986492
29	NC_011159	TAATG	3	12829	12843	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011159	T	21	12858	12878	21	0 %	100 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
31	NC_011159	CAG	4	13102	13113	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	324986493
32	NC_011159	TATAA	3	13479	13492	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
33	NC_011159	N	35	14346	14380	35	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986494
34	NC_011159	N	38	14397	14434	38	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986494
35	NC_011159	N	20	17985	18004	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986496
36	NC_011159	TA	6	18585	18596	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	324986496
37	NC_011159	CAT	4	19826	19836	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	324986497
38	NC_011159	C	12	21198	21209	12	0 %	0 %	0 %	100 %	8 %	324986497
39	NC_011159	N	39	21444	21482	39	0 %	0 %	0 %	0 %	2 %	324986497
40	NC_011159	GTT	4	22250	22261	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	324986497
41	NC_011159	N	21	24387	24407	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986498
42	NC_011159	CTT	4	24889	24900	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	324986498
43	NC_011159	TA	6	25086	25096	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	324986498
44	NC_011159	ATCC	3	25940	25950	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
45	NC_011159	TTA	4	26533	26544	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_011159	AT	6	26804	26814	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_011159	TTAA	3	28163	28174	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_011159	N	20	28218	28237	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_011159	N	16	28241	28256	16	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_011159	T	14	28800	28813	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_011159	A	14	29014	29027	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_011159	A	12	29977	29988	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011159	N	21	31091	31111	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
54	NC_011159	GTT	4	31563	31573	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	324986502
55	NC_011159	GTA	4	31857	31868	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	324986502
56	NC_011159	N	24	35010	35033	24	0 %	0 %	0 %	0 %	4 %	324986502
57	NC_011159	N	12	35051	35062	12	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
58	NC_011159	T	14	36197	36210	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	324986502
59	NC_011159	AAGG	3	36497	36508	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	324986502
60	NC_011159	TAA	4	36825	36836	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	324986502
61	NC_011159	N	41	38602	38642	41	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
62	NC_011159	CT	6	38986	38997	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	324986502
63	NC_011159	GAAA	3	40157	40167	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	324986502
64	NC_011159	N	23	40423	40445	23	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
65	NC_011159	N	27	40493	40519	27	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
66	NC_011159	T	12	40747	40758	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	324986502
67	NC_011159	T	17	41088	41104	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	324986502
68	NC_011159	AAT	4	41302	41312	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	324986502
69	NC_011159	AT	6	42528	42539	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	324986502
70	NC_011159	GATA	3	42557	42568	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	324986502
71	NC_011159	N	20	42636	42655	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
72	NC_011159	N	27	42668	42694	27	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
73	NC_011159	GGA	4	45375	45386	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	324986502
74	NC_011159	N	42	46518	46559	42	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
75	NC_011159	TA	8	47723	47738	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	324986502
76	NC_011159	TTTC	3	47905	47916	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	324986502
77	NC_011159	N	730	48081	48810	730	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
78	NC_011159	ATA	4	48901	48911	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	324986502
79	NC_011159	ACTTT	3	49277	49291	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	324986502
80	NC_011159	N	228	49632	49859	228	0 %	0 %	0 %	0 %	8 %	324986502
81	NC_011159	N	51	50237	50287	51	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
82	NC_011159	N	44	50376	50419	44	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
83	NC_011159	N	75	50430	50504	75	0 %	0 %	0 %	0 %	1 %	324986502
84	NC_011159	N	12	50655	50666	12	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
85	NC_011159	N	23	50725	50747	23	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
86	NC_011159	N	95	50755	50849	95	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
87	NC_011159	N	23	50867	50889	23	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
88	NC_011159	TC	6	51087	51098	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	324986502
89	NC_011159	TTTC	3	51298	51308	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	324986502
90	NC_011159	T	12	51462	51473	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	324986502
91	NC_011159	GATCC	3	51852	51865	14	20 %	20 %	20 %	40 %	7 %	324986502
92	NC_011159	ATTC	3	52137	52148	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	324986502
93	NC_011159	GATGGA	3	52703	52721	19	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	10 %	324986502
94	NC_011159	N	21	53054	53074	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
95	NC_011159	A	27	53978	54004	27	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	324986502
96	NC_011159	ATTT	3	54795	54806	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	324986502
97	NC_011159	N	24	56276	56299	24	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
98	NC_011159	N	20	56645	56664	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
99	NC_011159	T	13	56984	56996	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	324986502
100	NC_011159	AATTC	3	58254	58267	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	324986502
101	NC_011159	TA	6	58963	58973	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	324986502
102	NC_011159	TCGT	3	60577	60587	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	324986502
103	NC_011159	N	57	60616	60672	57	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
104	NC_011159	N	24	60688	60711	24	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
105	NC_011159	AGTT	3	60843	60853	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	324986502
106	NC_011159	ATA	4	61735	61746	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	324986502
107	NC_011159	CT	6	61914	61924	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	324986502
108	NC_011159	CTT	4	62962	62972	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	324986502
109	NC_011159	CCTTT	3	63058	63071	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	324986502
110	NC_011159	TC	7	63822	63834	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	324986502
111	NC_011159	AATT	3	64180	64190	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	324986502
112	NC_011159	N	20	64413	64432	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
113	NC_011159	T	17	64920	64936	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	324986502
114	NC_011159	TAT	4	64970	64980	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	324986502
115	NC_011159	AT	7	65009	65021	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	324986502
116	NC_011159	GAAA	3	66572	66582	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	324986502
117	NC_011159	A	14	67387	67400	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	324986502
118	NC_011159	N	22	67488	67509	22	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
119	NC_011159	T	12	68800	68811	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	324986502
120	NC_011159	AAGG	3	70496	70507	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	324986502
121	NC_011159	TTC	4	70678	70688	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	324986502
122	NC_011159	T	14	71250	71263	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	324986502
123	NC_011159	N	24	71331	71354	24	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
124	NC_011159	AT	23	72760	72805	46	50 %	50 %	0 %	0 %	4 %	324986502
125	NC_011159	N	28	74798	74825	28	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
126	NC_011159	GGA	4	74829	74839	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	324986502
127	NC_011159	N	43	74843	74885	43	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
128	NC_011159	AATT	3	76352	76362	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	324986502
129	NC_011159	TTC	4	77583	77594	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	324986502
130	NC_011159	AGA	4	77767	77777	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	324986502
131	NC_011159	N	21	78343	78363	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
132	NC_011159	N	20	78381	78400	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
133	NC_011159	AT	7	78453	78465	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	324986502
134	NC_011159	GAT	4	79075	79086	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	324986502
135	NC_011159	CT	6	79258	79268	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	324986502
136	NC_011159	A	15	79308	79322	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	324986502
137	NC_011159	CTG	4	79526	79537	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	324986502
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167	NC_011159	N	129	105013	105141	129	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
168	NC_011159	TTCA	3	105209	105220	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	324986502
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170	NC_011159	N	12	105668	105679	12	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986502
171	NC_011159	GTA	4	106360	106371	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	324986502
172	NC_011159	N	74	106547	106620	74	0 %	0 %	0 %	0 %	4 %	324986502
173	NC_011159	AAAG	3	106845	106856	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	324986502
174	NC_011159	N	38	107054	107091	38	0 %	0 %	0 %	0 %	2 %	Non-Coding
175	NC_011159	N	111	107122	107232	111	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986553
176	NC_011159	AT	7	109010	109023	14	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_011159	T	12	109676	109687	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_011159	CGAT	3	110585	110597	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	324986554
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182	NC_011159	N	36	114309	114344	36	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986554
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184	NC_011159	CT	6	116055	116066	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Pinus nelsonii chloroplast