ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Pinus monophylla chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_011158	GATG	3	1412	1424	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_011158	N	21	1456	1476	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011158	ATC	4	1946	1956	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	324986415
4	NC_011158	AGA	4	2158	2169	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	324986415
5	NC_011158	ATGA	3	4164	4175	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_011158	N	33	4980	5012	33	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986416
7	NC_011158	ATC	4	5183	5193	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	324986416
8	NC_011158	CCTT	3	5996	6006	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	324986416
9	NC_011158	CTA	4	6069	6079	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	324986416
10	NC_011158	GAAA	3	6409	6419	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_011158	TTCGA	3	6820	6833	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
12	NC_011158	TCTT	3	7077	7088	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
13	NC_011158	GATAC	3	7296	7309	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
14	NC_011158	TCT	4	7404	7414	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
15	NC_011158	GA	6	7760	7771	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_011158	AGAAA	3	9225	9239	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
17	NC_011158	N	39	9464	9502	39	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011158	N	69	11009	11077	69	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986420
19	NC_011158	TGTTTT	4	12124	12147	24	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	4 %	324986421
20	NC_011158	ATTT	3	12700	12712	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	324986421
21	NC_011158	AAGGA	3	12767	12781	15	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	324986421
22	NC_011158	T	18	12914	12931	18	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_011158	CAG	4	13155	13166	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	324986422
24	NC_011158	TA	6	13467	13477	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_011158	N	20	14438	14457	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986423
26	NC_011158	N	20	18032	18051	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986425
27	NC_011158	TA	6	18632	18643	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	324986425
28	NC_011158	CAT	4	19865	19875	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	324986426
29	NC_011158	N	24	21487	21510	24	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986426
30	NC_011158	TGCTT	3	21515	21528	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	324986426
31	NC_011158	GTT	4	22298	22309	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	324986426
32	NC_011158	N	21	24435	24455	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986427
33	NC_011158	CTT	4	24937	24948	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	324986427
34	NC_011158	TA	6	25134	25144	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	324986427
35	NC_011158	ATCC	3	25990	26000	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
36	NC_011158	AT	6	26675	26685	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_011158	TTAA	3	28043	28054	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_011158	N	19	28066	28084	19	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011158	N	20	28098	28117	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011158	ATTGAT	4	28376	28399	24	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_011158	T	21	28705	28725	21	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011158	A	14	28920	28933	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
43	NC_011158	N	21	30990	31010	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
44	NC_011158	GTT	4	31472	31482	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	324986431
45	NC_011158	GTA	4	31766	31777	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	324986431
46	NC_011158	N	22	34895	34916	22	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
47	NC_011158	AAGG	3	36370	36381	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	324986431
48	NC_011158	TAA	4	36698	36709	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	324986431
49	NC_011158	N	44	38477	38520	44	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
50	NC_011158	TCT	4	38757	38768	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	324986431
51	NC_011158	CT	6	38941	38952	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	324986431
52	NC_011158	N	23	40354	40376	23	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
53	NC_011158	N	67	40400	40466	67	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
54	NC_011158	N	179	40565	40743	179	0 %	0 %	0 %	0 %	1 %	324986431
55	NC_011158	N	34	40838	40871	34	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
56	NC_011158	AAT	4	40872	40882	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	324986431
57	NC_011158	N	115	40991	41105	115	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
58	NC_011158	N	25	41143	41167	25	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
59	NC_011158	N	100	41217	41316	100	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
60	NC_011158	N	12	41351	41362	12	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
61	NC_011158	N	17	41467	41483	17	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
62	NC_011158	N	47	41924	41970	47	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
63	NC_011158	GATA	3	42050	42061	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	324986431
64	NC_011158	N	46	42108	42153	46	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
65	NC_011158	N	27	42161	42187	27	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
66	NC_011158	GAT	4	43980	43991	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	0 %	324986431
67	NC_011158	T	26	44208	44233	26	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	324986431
68	NC_011158	GGA	4	44885	44896	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	324986431
69	NC_011158	N	42	46010	46051	42	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
70	NC_011158	TA	6	47214	47225	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	324986431
71	NC_011158	ATA	4	48367	48377	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	324986431
72	NC_011158	GAAA	3	48826	48836	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	324986431
73	NC_011158	N	32	49021	49052	32	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
74	NC_011158	N	40	49098	49137	40	0 %	0 %	0 %	0 %	5 %	324986431
75	NC_011158	N	78	49193	49270	78	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
76	NC_011158	N	55	49530	49584	55	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
77	NC_011158	GAAG	3	49997	50008	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	324986431
78	NC_011158	TC	6	50870	50881	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	324986431
79	NC_011158	GATCC	3	51652	51665	14	20 %	20 %	20 %	40 %	7 %	324986431
80	NC_011158	ATTC	3	51937	51948	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	324986431
81	NC_011158	GATGGA	3	52503	52521	19	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	10 %	324986431
82	NC_011158	N	21	52854	52874	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
83	NC_011158	A	25	53778	53802	25	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	324986431
84	NC_011158	ATTT	3	54598	54609	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	324986431
85	NC_011158	AAT	4	56108	56118	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	324986431
86	NC_011158	N	20	56468	56487	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
87	NC_011158	T	16	56807	56822	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	324986431
88	NC_011158	AATTC	3	58067	58080	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	324986431
89	NC_011158	TA	6	58776	58786	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	324986431
90	NC_011158	A	12	60078	60089	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
91	NC_011158	TCGT	3	60398	60408	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	324986431
92	NC_011158	N	24	60509	60532	24	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
93	NC_011158	AGTT	3	60664	60674	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	324986431
94	NC_011158	ATA	4	61556	61567	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	324986431
95	NC_011158	CT	6	61735	61745	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	324986431
96	NC_011158	CTT	4	62788	62798	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	324986431
97	NC_011158	CCTTT	3	62884	62897	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	324986431
98	NC_011158	TC	7	63648	63660	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	324986431
99	NC_011158	AATT	3	64002	64012	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	324986431
100	NC_011158	N	20	64232	64251	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
101	NC_011158	T	16	64746	64761	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	324986431
102	NC_011158	TAT	4	64789	64799	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	324986431
103	NC_011158	AT	7	64828	64840	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	324986431
104	NC_011158	GAAA	3	66382	66392	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	324986431
105	NC_011158	A	14	67194	67207	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	324986431
106	NC_011158	N	22	67295	67316	22	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
107	NC_011158	T	12	68597	68608	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	324986431
108	NC_011158	N	24	71159	71182	24	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
109	NC_011158	N	13	72174	72186	13	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
110	NC_011158	AT	23	72497	72542	46	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	324986431
111	NC_011158	N	86	74421	74506	86	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
112	NC_011158	N	23	74520	74542	23	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
113	NC_011158	AATT	3	76029	76039	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	324986431
114	NC_011158	TTC	4	77260	77271	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	324986431
115	NC_011158	AGA	4	77439	77449	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	324986431
116	NC_011158	N	20	78045	78064	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
117	NC_011158	AT	12	78118	78139	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	324986431
118	NC_011158	GAT	4	78729	78740	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	324986431
119	NC_011158	CT	6	78913	78923	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	324986431
120	NC_011158	A	15	78963	78977	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	324986431
121	NC_011158	CTG	4	79181	79192	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	324986431
122	NC_011158	GAA	4	79227	79238	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	324986431
123	NC_011158	TTTC	3	80077	80088	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	324986431
124	NC_011158	N	78	81506	81583	78	0 %	0 %	0 %	0 %	1 %	324986431
125	NC_011158	GATC	3	81733	81744	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	324986431
126	NC_011158	A	13	84873	84885	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	324986431
127	NC_011158	N	25	85038	85062	25	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
128	NC_011158	ATCC	3	85354	85365	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	324986431
129	NC_011158	N	21	88504	88524	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986431
130	NC_011158	GAGG	3	88588	88599	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	324986431
131	NC_011158	AGGT	3	88795	88806	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	324986431
132	NC_011158	AACC	3	90428	90440	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	324986431
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Pinus monophylla chloroplast