ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Pinus lambertiana chloroplast

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_011156	GATG	3	1461	1473	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_011156	N	21	1505	1525	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011156	ATC	4	1995	2005	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	324986343
4	NC_011156	AGA	4	2207	2218	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	324986343
5	NC_011156	ATGA	3	4205	4216	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_011156	N	33	5021	5053	33	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986344
7	NC_011156	ATC	4	5224	5234	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	324986344
8	NC_011156	CTA	4	6110	6120	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	324986344
9	NC_011156	GAAA	3	6452	6462	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_011156	TTCGA	3	6863	6876	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
11	NC_011156	CTCTT	4	7057	7075	19	0 %	60 %	0 %	40 %	10 %	324986345
12	NC_011156	T	16	7121	7136	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
13	NC_011156	GATAC	3	7339	7352	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
14	NC_011156	TCT	4	7447	7457	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
15	NC_011156	GA	6	7803	7814	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_011156	AAGAG	4	9276	9295	20	60 %	0 %	40 %	0 %	10 %	Non-Coding
17	NC_011156	N	39	9526	9564	39	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011156	N	38	11078	11115	38	0 %	0 %	0 %	0 %	2 %	324986348
19	NC_011156	GTT	4	12193	12204	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	324986349
20	NC_011156	AATT	3	12261	12272	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	324986349
21	NC_011156	ATTT	3	12750	12762	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	324986349
22	NC_011156	AAGGA	3	12817	12831	15	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	324986349
23	NC_011156	TTCCC	4	13007	13027	21	0 %	40 %	0 %	60 %	9 %	Non-Coding
24	NC_011156	T	21	13156	13176	21	0 %	100 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
25	NC_011156	CAG	4	13400	13411	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	324986350
26	NC_011156	N	38	14673	14710	38	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986351
27	NC_011156	C	13	15100	15112	13	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
28	NC_011156	T	13	15113	15125	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
29	NC_011156	ATTT	3	17285	17297	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	324986353
30	NC_011156	N	20	18280	18299	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986353
31	NC_011156	TA	6	18880	18891	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	324986353
32	NC_011156	CAT	4	20105	20115	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	324986354
33	NC_011156	N	24	21727	21750	24	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986354
34	NC_011156	TGCTT	3	21755	21768	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	324986354
35	NC_011156	GTT	4	22538	22549	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	324986354
36	NC_011156	N	26	24675	24700	26	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986355
37	NC_011156	TA	6	25374	25384	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	324986355
38	NC_011156	A	12	25962	25973	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011156	ATCC	3	26268	26278	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
40	NC_011156	TTA	4	26863	26874	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_011156	TTAA	3	28684	28695	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_011156	N	20	28739	28758	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011156	A	13	29571	29583	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
44	NC_011156	A	12	30538	30549	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011156	N	40	31642	31681	40	0 %	0 %	0 %	0 %	2 %	324986359
46	NC_011156	AATTC	3	31919	31933	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	324986359
47	NC_011156	GTT	4	32124	32134	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	324986359
48	NC_011156	GTA	4	32418	32429	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	324986359
49	NC_011156	ACAA	3	35320	35331	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	324986359
50	NC_011156	N	22	35522	35543	22	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
51	NC_011156	T	15	36706	36720	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	324986359
52	NC_011156	TAA	4	37330	37341	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	324986359
53	NC_011156	N	61	39109	39169	61	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
54	NC_011156	TCT	4	39390	39401	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	324986359
55	NC_011156	CT	6	39573	39584	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	324986359
56	NC_011156	GAAA	3	40739	40749	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	324986359
57	NC_011156	N	23	40987	41009	23	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
58	NC_011156	T	16	41310	41325	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	324986359
59	NC_011156	AAT	4	41519	41529	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	324986359
60	NC_011156	AT	6	42736	42747	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	324986359
61	NC_011156	GATA	3	42765	42776	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	324986359
62	NC_011156	N	27	42876	42902	27	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
63	NC_011156	T	26	44917	44942	26	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	324986359
64	NC_011156	GGA	4	45599	45610	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	324986359
65	NC_011156	N	42	46724	46765	42	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
66	NC_011156	TA	8	47928	47943	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	324986359
67	NC_011156	GAAA	3	48986	48996	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	324986359
68	NC_011156	N	48	49196	49243	48	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
69	NC_011156	N	24	49253	49276	24	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
70	NC_011156	N	160	49350	49509	160	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
71	NC_011156	N	254	49576	49829	254	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
72	NC_011156	N	14	49971	49984	14	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
73	NC_011156	N	43	50380	50422	43	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
74	NC_011156	TC	6	50678	50689	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	324986359
75	NC_011156	TTTC	3	50906	50916	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	324986359
76	NC_011156	T	17	51070	51086	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	324986359
77	NC_011156	GATCC	3	51478	51491	14	20 %	20 %	20 %	40 %	7 %	324986359
78	NC_011156	ATTC	3	51763	51774	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	324986359
79	NC_011156	N	21	52680	52700	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
80	NC_011156	A	19	53607	53625	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	324986359
81	NC_011156	ATTT	3	54413	54424	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	324986359
82	NC_011156	AAT	4	55894	55904	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	324986359
83	NC_011156	N	20	56254	56273	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
84	NC_011156	N	13	56324	56336	13	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
85	NC_011156	AATTC	3	57860	57873	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	324986359
86	NC_011156	TA	6	58569	58579	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	324986359
87	NC_011156	A	14	59871	59884	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
88	NC_011156	TCGT	3	60193	60203	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	324986359
89	NC_011156	N	26	60262	60287	26	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
90	NC_011156	N	24	60304	60327	24	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
91	NC_011156	AGTT	3	60459	60469	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	324986359
92	NC_011156	ATA	4	61353	61364	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	324986359
93	NC_011156	CT	6	61532	61542	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	324986359
94	NC_011156	CTT	4	62585	62595	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	324986359
95	NC_011156	T	26	62692	62717	26	0 %	100 %	0 %	0 %	3 %	324986359
96	NC_011156	TC	7	63461	63473	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	324986359
97	NC_011156	TCTT	3	63497	63508	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	324986359
98	NC_011156	AATT	3	63817	63827	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	324986359
99	NC_011156	N	20	64047	64066	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
100	NC_011156	T	37	64550	64586	37	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	324986359
101	NC_011156	TAT	4	64613	64623	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	324986359
102	NC_011156	AT	6	64652	64662	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	324986359
103	NC_011156	N	22	66977	66998	22	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
104	NC_011156	T	12	68274	68285	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	324986359
105	NC_011156	T	14	70637	70650	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	324986359
106	NC_011156	N	24	70718	70741	24	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
107	NC_011156	A	12	71115	71126	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
108	NC_011156	AT	7	72147	72160	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	324986359
109	NC_011156	AT	9	72177	72194	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	324986359
110	NC_011156	CAT	4	73345	73355	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	324986359
111	NC_011156	GGA	4	74200	74210	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	324986359
112	NC_011156	N	23	74214	74236	23	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
113	NC_011156	N	27	74254	74280	27	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
114	NC_011156	AATT	3	75723	75733	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	324986359
115	NC_011156	TTC	4	76954	76965	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	324986359
116	NC_011156	AGA	4	77133	77143	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	324986359
117	NC_011156	N	39	77739	77777	39	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
118	NC_011156	AT	12	77812	77833	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	324986359
119	NC_011156	TTTGA	3	77890	77904	15	20 %	60 %	20 %	0 %	0 %	324986359
120	NC_011156	CATT	3	77919	77930	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	324986359
121	NC_011156	GGGAG	3	78007	78021	15	20 %	0 %	80 %	0 %	6 %	324986359
122	NC_011156	T	16	78411	78426	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	324986359
123	NC_011156	GAT	4	78435	78446	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	324986359
124	NC_011156	CT	6	78620	78630	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	324986359
125	NC_011156	A	15	78670	78684	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	324986359
126	NC_011156	CTG	4	78893	78904	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	324986359
127	NC_011156	GAA	4	78939	78950	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	324986359
128	NC_011156	AG	6	79409	79420	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	324986359
129	NC_011156	TTTC	3	79789	79800	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	324986359
130	NC_011156	N	38	81232	81269	38	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
131	NC_011156	GATC	3	81445	81456	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	324986359
132	NC_011156	A	12	84613	84624	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	324986359
133	NC_011156	N	26	84778	84803	26	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
134	NC_011156	ATCC	3	85094	85105	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	324986359
135	NC_011156	N	21	88271	88291	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
136	NC_011156	N	25	88308	88332	25	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
137	NC_011156	GAGG	3	88355	88366	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	324986359
138	NC_011156	AGGT	3	88562	88573	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	324986359
139	NC_011156	N	17	88915	88931	17	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
140	NC_011156	N	14	89166	89179	14	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
141	NC_011156	N	12	89540	89551	12	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
142	NC_011156	AACC	3	90187	90199	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	324986359
143	NC_011156	TCA	4	90912	90922	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	324986359
144	NC_011156	N	54	91124	91177	54	0 %	0 %	0 %	0 %	1 %	324986359
145	NC_011156	TGG	4	92293	92304	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	324986359
146	NC_011156	AGA	4	92667	92678	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	324986359
147	NC_011156	AATTGG	3	92822	92840	19	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10 %	324986359
148	NC_011156	TGGCTA	3	94973	94990	18	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	5 %	324986359
149	NC_011156	AGA	4	95791	95801	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	324986359
150	NC_011156	GTGATG	3	96785	96802	18	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	0 %	324986359
151	NC_011156	TAT	4	97295	97305	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	324986359
152	NC_011156	TAGA	3	97722	97733	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	324986359
153	NC_011156	GAAA	3	98311	98321	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	324986359
154	NC_011156	A	13	100212	100224	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	324986359
155	NC_011156	TTCT	3	100387	100397	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	324986359
156	NC_011156	T	18	100431	100448	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	324986359
157	NC_011156	N	20	101170	101189	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
158	NC_011156	T	13	101315	101327	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	324986359
159	NC_011156	ATTT	3	101545	101556	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	324986359
160	NC_011156	TCCA	3	101761	101772	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	324986359
161	NC_011156	AGA	4	103747	103759	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	324986359
162	NC_011156	AAAT	3	103904	103914	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	324986359
163	NC_011156	N	13	104248	104260	13	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
164	NC_011156	N	20	104294	104313	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
165	NC_011156	TTCA	3	104529	104540	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	324986359
166	NC_011156	TA	6	104687	104697	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	324986359
167	NC_011156	GAT	4	105069	105079	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	324986359
168	NC_011156	TAA	4	105387	105398	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	324986359
169	NC_011156	A	16	106683	106698	16	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986359
170	NC_011156	GTA	4	106903	106914	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	324986359
171	NC_011156	AAAG	3	107389	107400	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	324986359
172	NC_011156	N	27	107742	107768	27	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986411
173	NC_011156	TCTA	3	108118	108129	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
174	NC_011156	ATTT	3	109029	109039	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
175	NC_011156	AT	6	109465	109476	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_011156	ATCCAT	4	111112	111135	24	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	324986412
177	NC_011156	N	21	111428	111448	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986412
178	NC_011156	N	28	114729	114756	28	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	324986412
179	NC_011156	TAC	4	116209	116219	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	324986412
180	NC_011156	CT	6	116445	116455	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
181	NC_011156	T	12	116455	116466	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Pinus lambertiana chloroplast