ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Pinus contorta chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_011153	T	22	1373	1394	22	0 %	100 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
2	NC_011153	N	14	1610	1623	14	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011153	GATG	3	1624	1636	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_011153	N	3584	1668	5251	3584	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011153	CCTT	3	6235	6245	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	324986330
6	NC_011153	CTA	4	6308	6318	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	324986330
7	NC_011153	ATGT	3	6981	6991	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_011153	TTCGA	3	7044	7057	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
9	NC_011153	CTTT	3	7303	7313	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
10	NC_011153	GA	6	7979	7990	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_011153	ATTC	3	8635	8646	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
12	NC_011153	N	22	9473	9494	22	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011153	A	12	9519	9530	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_011153	N	64	9673	9736	64	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011153	A	18	9944	9961	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
16	NC_011153	TTTA	3	10258	10268	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	237688512
17	NC_011153	N	20	11254	11273	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688512
18	NC_011153	N	38	11291	11328	38	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688512
19	NC_011153	N	14	12296	12309	14	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688513
20	NC_011153	ATTT	3	12953	12965	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	237688513
21	NC_011153	AAGGA	3	13020	13034	15	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	237688513
22	NC_011153	N	25	14659	14683	25	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688515
23	NC_011153	N	38	14861	14898	38	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688515
24	NC_011153	CTTTTT	3	15302	15320	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
25	NC_011153	N	20	18506	18525	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688517
26	NC_011153	TA	6	19106	19117	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	237688517
27	NC_011153	CAT	4	20331	20341	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	237688518
28	NC_011153	TCT	4	21340	21350	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	237688518
29	NC_011153	CATC	3	21359	21370	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	237688518
30	NC_011153	CTT	4	21907	21917	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	237688518
31	NC_011153	N	24	21952	21975	24	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688518
32	NC_011153	TGCTT	3	21980	21993	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	237688518
33	NC_011153	GTT	4	22757	22768	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	237688518
34	NC_011153	N	35	24894	24928	35	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688519
35	NC_011153	ATGA	3	26240	26251	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_011153	ATCC	3	26486	26496	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
37	NC_011153	TC	6	27205	27215	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
38	NC_011153	ATT	4	28701	28711	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
39	NC_011153	N	20	28775	28794	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011153	N	21	31638	31658	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
41	NC_011153	AATTC	3	31935	31949	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	237688523
42	NC_011153	GTT	4	32141	32151	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	237688523
43	NC_011153	GTA	4	32481	32492	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	237688523
44	NC_011153	AT	6	33231	33241	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	237688523
45	NC_011153	TAGA	3	33314	33324	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	237688523
46	NC_011153	N	22	35638	35659	22	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
47	NC_011153	N	28	35675	35702	28	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
48	NC_011153	N	12	35747	35758	12	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
49	NC_011153	AGA	4	36440	36450	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	237688523
50	NC_011153	ATCT	3	37024	37035	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	237688523
51	NC_011153	TAA	4	37376	37387	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	237688523
52	NC_011153	N	22	39177	39198	22	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
53	NC_011153	TCT	4	39416	39427	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	237688523
54	NC_011153	AT	7	40720	40733	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	237688523
55	NC_011153	GAAA	3	40741	40751	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	237688523
56	NC_011153	TGTATA	3	40811	40828	18	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	237688523
57	NC_011153	AT	12	40842	40864	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	237688523
58	NC_011153	N	23	41030	41052	23	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
59	NC_011153	N	15	41105	41119	15	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
60	NC_011153	TTTA	3	41652	41663	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	237688523
61	NC_011153	AAT	4	41859	41869	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	237688523
62	NC_011153	N	37	43116	43152	37	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
63	NC_011153	N	27	43220	43246	27	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
64	NC_011153	GGA	4	45905	45916	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	237688523
65	NC_011153	N	46	47030	47075	46	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
66	NC_011153	GATG	3	48321	48336	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	237688523
67	NC_011153	T	12	48425	48436	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	237688523
68	NC_011153	ATA	4	49373	49383	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	237688523
69	NC_011153	GAAA	3	49841	49851	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	237688523
70	NC_011153	N	20	50107	50126	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
71	NC_011153	TC	6	50992	51002	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	237688523
72	NC_011153	AG	6	51012	51022	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	237688523
73	NC_011153	GAAG	3	51054	51065	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	237688523
74	NC_011153	TCTA	3	51196	51207	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	237688523
75	NC_011153	TGAA	3	51301	51312	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	237688523
76	NC_011153	N	15	51574	51588	15	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
77	NC_011153	CTT	4	51596	51606	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	237688523
78	NC_011153	TC	6	51960	51971	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	237688523
79	NC_011153	GATCC	3	52664	52677	14	20 %	20 %	20 %	40 %	7 %	237688523
80	NC_011153	ATTC	3	52949	52960	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	237688523
81	NC_011153	N	21	53866	53886	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
82	NC_011153	AAT	4	57075	57085	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	237688523
83	NC_011153	N	20	57435	57454	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
84	NC_011153	AATTC	3	59016	59029	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	237688523
85	NC_011153	TA	6	59750	59760	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	237688523
86	NC_011153	TCGT	3	61374	61384	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	237688523
87	NC_011153	N	29	61438	61466	29	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
88	NC_011153	N	24	61485	61508	24	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
89	NC_011153	ATA	4	62522	62533	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	237688523
90	NC_011153	CT	6	62701	62711	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	237688523
91	NC_011153	CTT	5	63754	63767	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	237688523
92	NC_011153	CCTTT	3	63850	63863	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	237688523
93	NC_011153	TC	6	64616	64626	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	237688523
94	NC_011153	TAT	4	64793	64803	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	237688523
95	NC_011153	AATT	3	64968	64978	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	237688523
96	NC_011153	N	31	65154	65184	31	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
97	NC_011153	N	20	65198	65217	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
98	NC_011153	TAT	4	65732	65742	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	237688523
99	NC_011153	AAT	4	66371	66381	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	237688523
100	NC_011153	TTC	4	68151	68161	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	237688523
101	NC_011153	A	12	68165	68176	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	237688523
102	NC_011153	N	22	68264	68285	22	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
103	NC_011153	TTCT	4	69554	69568	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	237688523
104	NC_011153	N	21	69706	69726	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
105	NC_011153	N	23	72039	72061	23	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
106	NC_011153	N	24	72132	72155	24	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
107	NC_011153	N	31	72172	72202	31	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
108	NC_011153	AT	8	73559	73574	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	237688523
109	NC_011153	N	23	75627	75649	23	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
110	NC_011153	TTC	4	78366	78377	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	237688523
111	NC_011153	AGA	4	78541	78551	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	237688523
112	NC_011153	N	33	79108	79140	33	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
113	NC_011153	N	20	79163	79182	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
114	NC_011153	N	36	79200	79235	36	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
115	NC_011153	AATT	3	79318	79328	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	237688523
116	NC_011153	T	12	79811	79822	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	237688523
117	NC_011153	AT	6	79845	79855	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	237688523
118	NC_011153	CT	6	80015	80025	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	237688523
119	NC_011153	A	14	80060	80073	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	237688523
120	NC_011153	CTG	4	80267	80278	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	237688523
121	NC_011153	TTTC	3	81163	81174	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	237688523
122	NC_011153	N	38	82606	82643	38	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
123	NC_011153	A	12	82736	82747	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	237688523
124	NC_011153	TA	7	82744	82757	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	237688523
125	NC_011153	GATC	3	82830	82841	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	237688523
126	NC_011153	TC	6	83040	83050	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	237688523
127	NC_011153	TTC	4	83154	83165	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	237688523
128	NC_011153	N	25	86230	86254	25	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
129	NC_011153	ATCC	3	86546	86557	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	237688523
130	NC_011153	T	14	87332	87345	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	237688523
131	NC_011153	N	21	89720	89740	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
132	NC_011153	GAGG	3	89804	89815	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	237688523
133	NC_011153	AGGT	3	90012	90023	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	237688523
134	NC_011153	AACC	3	91632	91644	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	237688523
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137	NC_011153	N	40	92669	92708	40	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688523
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165	NC_011153	AAAG	3	111910	111920	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
166	NC_011153	N	21	114600	114620	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688574
167	NC_011153	TGAG	3	115550	115562	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	237688574
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177	NC_011153	TAC	4	119393	119403	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	237688574
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179	NC_011153	T	17	119633	119649	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Pinus contorta chloroplast