ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Picea sitchensis chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_011152	TGAA	3	1425	1436	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_011152	N	21	1664	1684	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011152	ATC	4	2154	2164	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	237688444
4	NC_011152	AGA	4	2366	2377	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	237688444
5	NC_011152	AT	6	4335	4346	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_011152	ATGA	3	4390	4401	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_011152	N	33	5217	5249	33	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688445
8	NC_011152	CCTT	3	6233	6243	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	237688445
9	NC_011152	CTA	4	6306	6316	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	237688445
10	NC_011152	GAAA	3	6648	6658	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_011152	TCTTT	3	7316	7330	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
12	NC_011152	GATAC	3	7535	7548	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
13	NC_011152	TCT	4	7643	7653	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
14	NC_011152	GATT	3	7749	7759	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_011152	N	40	7864	7903	40	0 %	0 %	0 %	0 %	2 %	237688447
16	NC_011152	GA	6	7999	8010	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_011152	AAGAG	4	9426	9445	20	60 %	0 %	40 %	0 %	10 %	Non-Coding
18	NC_011152	N	39	9676	9714	39	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011152	N	39	11227	11265	39	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688449
20	NC_011152	ATTT	3	12908	12920	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	237688450
21	NC_011152	AAGGA	3	12975	12989	15	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	237688450
22	NC_011152	N	20	14820	14839	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688452
23	NC_011152	ATTT	3	17448	17460	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	237688454
24	NC_011152	N	20	18446	18465	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688454
25	NC_011152	TA	6	19046	19057	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	237688454
26	NC_011152	AT	6	20068	20078	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	237688455
27	NC_011152	CAT	4	20271	20281	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	237688455
28	NC_011152	A	12	21695	21706	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	237688455
29	NC_011152	TA	16	21705	21736	32	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	237688455
30	NC_011152	N	24	21909	21932	24	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688455
31	NC_011152	GTT	4	22715	22726	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	237688455
32	NC_011152	N	301	24834	25134	301	0 %	0 %	0 %	0 %	1 %	237688456
33	NC_011152	N	26	25315	25340	26	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688456
34	NC_011152	CTT	4	25357	25368	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	237688456
35	NC_011152	N	104	25858	25961	104	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688456
36	NC_011152	ATAA	3	26107	26117	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_011152	AGG	4	26120	26131	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_011152	ATGA	3	26173	26184	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_011152	ATCC	3	26373	26383	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
40	NC_011152	N	81	28615	28695	81	0 %	0 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
41	NC_011152	ATT	4	29253	29263	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
42	NC_011152	GATT	3	29448	29458	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_011152	A	13	29868	29880	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
44	NC_011152	A	13	30825	30837	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011152	N	30	31882	31911	30	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688460
46	NC_011152	N	21	31930	31950	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688460
47	NC_011152	GTT	4	32436	32446	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	237688460
48	NC_011152	GTA	4	32764	32775	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	237688460
49	NC_011152	GA	6	34696	34706	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	237688460
50	NC_011152	TGGAT	3	35361	35374	14	20 %	40 %	40 %	0 %	7 %	237688460
51	NC_011152	N	107	35881	35987	107	0 %	0 %	0 %	0 %	5 %	237688460
52	NC_011152	AAT	4	36385	36396	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	237688460
53	NC_011152	AGA	4	36720	36730	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	237688460
54	NC_011152	TCAA	3	37597	37608	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	237688460
55	NC_011152	TAA	4	37717	37728	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	237688460
56	NC_011152	TTGT	3	39235	39246	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	237688460
57	NC_011152	N	50	39490	39539	50	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688460
58	NC_011152	TCAG	3	41092	41104	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	237688460
59	NC_011152	ATTT	6	41401	41424	24	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	237688460
60	NC_011152	N	23	41584	41606	23	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688460
61	NC_011152	T	16	41907	41922	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	237688460
62	NC_011152	T	17	41988	42004	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	237688460
63	NC_011152	AAT	4	42198	42208	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	237688460
64	NC_011152	AT	6	43415	43426	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	237688460
65	NC_011152	AT	7	43445	43458	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	237688460
66	NC_011152	GATA	3	43460	43471	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	237688460
67	NC_011152	N	27	43571	43597	27	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688460
68	NC_011152	T	26	45612	45637	26	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	237688460
69	NC_011152	GGA	4	46294	46305	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	237688460
70	NC_011152	N	66	47419	47484	66	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688460
71	NC_011152	TTCGA	3	48144	48158	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	237688460
72	NC_011152	TA	8	48624	48639	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	237688460
73	NC_011152	ATA	4	49650	49660	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	237688460
74	NC_011152	GAAA	3	49997	50007	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	237688460
75	NC_011152	N	88	50162	50249	88	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688460
76	NC_011152	N	102	50339	50440	102	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688460
77	NC_011152	N	30	50592	50621	30	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688460
78	NC_011152	TC	6	51094	51104	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	237688460
79	NC_011152	TTTTC	4	51447	51466	20	0 %	80 %	0 %	20 %	10 %	237688460
80	NC_011152	TCT	4	51467	51478	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	237688460
81	NC_011152	TC	6	52031	52042	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	237688460
82	NC_011152	TTTC	3	52258	52268	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	237688460
83	NC_011152	T	27	52420	52446	27	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	237688460
84	NC_011152	GATCC	3	52838	52851	14	20 %	20 %	20 %	40 %	7 %	237688460
85	NC_011152	N	26	52997	53022	26	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688460
86	NC_011152	ATTC	3	53122	53133	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	237688460
87	NC_011152	N	44	54039	54082	44	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688460
88	NC_011152	AATG	3	54448	54459	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	237688460
89	NC_011152	ATCC	3	56119	56131	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	237688460
90	NC_011152	N	20	57619	57638	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688460
91	NC_011152	N	34	57656	57689	34	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688460
92	NC_011152	AATTC	3	59143	59156	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	237688460
93	NC_011152	TA	6	59877	59887	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	237688460
94	NC_011152	TTCT	3	60560	60570	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	237688460
95	NC_011152	GAAAA	3	61179	61193	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	237688460
96	NC_011152	N	196	61455	61650	196	0 %	0 %	0 %	0 %	6 %	237688460
97	NC_011152	AGTT	3	61772	61782	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	237688460
98	NC_011152	AATT	3	61949	61961	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	237688460
99	NC_011152	T	16	62278	62293	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	237688460
100	NC_011152	ATA	4	62683	62694	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	237688460
101	NC_011152	CT	6	62862	62872	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	237688460
102	NC_011152	CTT	4	63918	63928	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	237688460
103	NC_011152	T	16	64025	64040	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	237688460
104	NC_011152	N	20	64410	64429	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688460
105	NC_011152	TC	7	64789	64801	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	237688460
106	NC_011152	AATT	3	65144	65154	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	237688460
107	NC_011152	N	28	65333	65360	28	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688460
108	NC_011152	N	20	65374	65393	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688460
109	NC_011152	G	28	66941	66968	28	0 %	0 %	100 %	0 %	7 %	237688460
110	NC_011152	N	22	68556	68577	22	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688460
111	NC_011152	N	14	68589	68602	14	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688460
112	NC_011152	N	87	70137	70223	87	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688460
113	NC_011152	GGAA	3	71555	71566	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	237688460
114	NC_011152	N	3545	72379	75923	3545	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688460
115	NC_011152	AGA	4	78800	78810	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	237688460
116	NC_011152	N	20	79420	79439	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688460
117	NC_011152	GGGAG	3	79667	79680	14	20 %	0 %	80 %	0 %	7 %	237688460
118	NC_011152	GGTAT	3	80111	80124	14	20 %	40 %	40 %	0 %	7 %	237688460
119	NC_011152	CT	6	80263	80273	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	237688460
120	NC_011152	A	15	80314	80328	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	237688460
121	NC_011152	CTG	4	80532	80543	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	237688460
122	NC_011152	TTTC	3	81428	81439	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	237688460
123	NC_011152	N	95	82830	82924	95	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688460
124	NC_011152	ACCGA	3	83054	83068	15	40 %	0 %	20 %	40 %	0 %	237688460
125	NC_011152	TC	6	83301	83311	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	237688460
126	NC_011152	TTC	4	83424	83435	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	237688460
127	NC_011152	N	61	86548	86608	61	0 %	0 %	0 %	0 %	1 %	237688460
128	NC_011152	ATCC	3	86900	86911	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	237688460
129	NC_011152	N	21	90078	90098	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688460
130	NC_011152	GAGG	3	90162	90173	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	237688460
131	NC_011152	AGGT	3	90375	90386	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	237688460
132	NC_011152	AACC	3	92004	92016	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	237688460
133	NC_011152	CTAAT	3	92725	92740	16	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	237688460
134	NC_011152	TCA	4	92898	92908	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	237688460
135	NC_011152	N	34	93141	93174	34	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688460
136	NC_011152	TAT	5	93359	93373	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	237688460
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176	NC_011152	ATTT	3	112523	112533	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
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178	NC_011152	N	16	112776	112791	16	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
179	NC_011152	TC	7	112851	112863	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
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181	NC_011152	N	36	113203	113238	36	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_011152	N	295	113273	113567	295	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_011152	N	167	113610	113776	167	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_011152	N	21	114213	114233	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_011152	N	16	114292	114307	16	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_011152	N	64	114822	114885	64	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_011152	N	15	116039	116053	15	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_011152	N	73	116628	116700	73	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_011152	N	106	117377	117482	106	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
190	NC_011152	N	80	117500	117579	80	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
191	NC_011152	TAC	4	119158	119168	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Picea sitchensis chloroplast