ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Paulinella chromatophora chromatophore

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_011087	AATTT	3	47	61	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
2	NC_011087	GAAT	3	73	84	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011087	AAAT	3	1367	1378	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	19447649
4	NC_011087	GAAT	3	2347	2357	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	19447649
5	NC_011087	AATG	3	4787	4797	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_011087	GAA	4	5966	5978	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	19447649
7	NC_011087	AT	6	10601	10611	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_011087	ATT	4	11720	11731	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_011087	AT	7	12762	12774	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	19447650
10	NC_011087	AAG	4	12946	12956	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	19447650
11	NC_011087	AGA	4	13136	13146	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_011087	TTAA	3	14155	14166	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_011087	ATA	4	14255	14265	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_011087	AGA	4	17858	17868	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	19447651
15	NC_011087	CAAT	3	19363	19373	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
16	NC_011087	ATTA	3	19420	19431	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_011087	TCAA	3	20553	20564	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
18	NC_011087	AT	6	22274	22284	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_011087	CAGT	3	22941	22952	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	19447651
20	NC_011087	ATTA	3	24499	24510	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_011087	AAGC	3	24643	24654	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
22	NC_011087	CTAG	3	31667	31678	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	19447652
23	NC_011087	TTC	4	34378	34389	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	19447652
24	NC_011087	TGC	4	34422	34433	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	19447652
25	NC_011087	AACG	3	35087	35098	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	19447652
26	NC_011087	TTCA	3	36417	36428	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	19447652
27	NC_011087	TAGA	3	36992	37002	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	19447652
28	NC_011087	TA	6	38570	38580	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	19447652
29	NC_011087	AATC	3	39588	39599	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
30	NC_011087	TTTC	3	40096	40107	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
31	NC_011087	CAC	4	42148	42158	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	19447653
32	NC_011087	ATC	4	42358	42368	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	19447653
33	NC_011087	GA	6	42693	42704	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	19447653
34	NC_011087	TTTA	3	43712	43723	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_011087	TTAC	3	46141	46152	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	19447653
36	NC_011087	AGA	4	49752	49762	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_011087	GCAA	3	49985	49996	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	19447653
38	NC_011087	AGA	4	50274	50285	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	19447653
39	NC_011087	TAT	4	50634	50645	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	19447653
40	NC_011087	GTCA	3	50835	50845	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	19447653
41	NC_011087	AATC	3	53309	53321	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	19447654
42	NC_011087	AAGC	3	53644	53654	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	19447654
43	NC_011087	GGAA	3	53739	53749	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	19447654
44	NC_011087	AAAT	3	53909	53920	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	19447654
45	NC_011087	TATAT	3	53973	53986	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
46	NC_011087	TTTA	3	54074	54084	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	19447654
47	NC_011087	TAC	4	54197	54208	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	19447654
48	NC_011087	CAATT	3	56026	56040	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	19447654
49	NC_011087	TTAA	3	56555	56566	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_011087	CCCG	3	56674	56684	11	0 %	0 %	25 %	75 %	9 %	Non-Coding
51	NC_011087	CTAAA	3	56952	56967	16	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
52	NC_011087	AATT	3	56999	57010	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_011087	TA	6	57680	57690	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_011087	TATT	3	57714	57724	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_011087	ATTA	3	57840	57851	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_011087	AGA	4	58419	58429	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_011087	GAT	4	58800	58811	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	19447654
58	NC_011087	CTT	4	61283	61294	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	19447654
59	NC_011087	ATGT	3	61572	61583	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	19447654
60	NC_011087	ACT	4	62096	62106	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	19447654
61	NC_011087	CGATTA	3	63004	63021	18	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	19447655
62	NC_011087	ATT	4	64536	64547	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	19447655
63	NC_011087	TCT	4	65664	65675	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	19447655
64	NC_011087	ACCC	3	67896	67907	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	19447655
65	NC_011087	TAAT	3	68531	68542	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	19447655
66	NC_011087	ATTG	3	68850	68861	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	19447655
67	NC_011087	TTTC	3	69851	69861	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
68	NC_011087	CGT	4	70342	70353	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	19447655
69	NC_011087	TAA	4	71501	71511	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_011087	TTAA	3	71532	71543	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_011087	AGC	4	71774	71784	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	19447655
72	NC_011087	ATTT	3	72841	72851	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	19447655
73	NC_011087	TGAA	3	74005	74016	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	19447655
74	NC_011087	TGC	4	74317	74328	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	19447655
75	NC_011087	ATT	4	74395	74406	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	19447655
76	NC_011087	TATT	3	74679	74690	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_011087	TAAT	3	74779	74789	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_011087	ACT	4	75011	75021	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
79	NC_011087	TTAA	3	77374	77384	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	19447656
80	NC_011087	AAAT	3	79816	79828	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	19447656
81	NC_011087	AT	6	81221	81232	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	19447656
82	NC_011087	TCA	4	81325	81335	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	19447656
83	NC_011087	AATT	3	82731	82742	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_011087	TTTCG	3	85416	85430	15	0 %	60 %	20 %	20 %	6 %	19447656
85	NC_011087	TTGG	3	85458	85469	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_011087	ATT	4	86522	86533	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_011087	TCA	4	88247	88258	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	19447657
88	NC_011087	AAT	4	89103	89114	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	19447657
89	NC_011087	TCT	4	89394	89405	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
90	NC_011087	TCTTA	3	89708	89721	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
91	NC_011087	GCA	4	91682	91693	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	19447657
92	NC_011087	AAT	4	92251	92261	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	19447657
93	NC_011087	AAT	4	93960	93971	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_011087	TAATT	3	97067	97081	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	19447657
95	NC_011087	ATT	4	99297	99307	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	19447657
96	NC_011087	ACG	4	100244	100255	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	19447657
97	NC_011087	AT	6	100393	100403	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	19447657
98	NC_011087	AAT	4	100418	100429	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	19447657
99	NC_011087	CCAT	3	102856	102866	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	19447657
100	NC_011087	CTA	4	104207	104218	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	19447657
101	NC_011087	AATC	3	105408	105419	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	19447658
102	NC_011087	TAA	4	109983	109994	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_011087	CTA	5	110522	110536	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	19447658
104	NC_011087	CGA	4	111313	111323	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	19447658
105	NC_011087	CAAT	3	112126	112141	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	19447658
106	NC_011087	CAATG	3	112504	112517	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	19447658
107	NC_011087	TCT	4	112637	112647	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
108	NC_011087	CCGGA	3	114973	114986	14	20 %	0 %	40 %	40 %	7 %	Non-Coding
109	NC_011087	AGTAA	3	115789	115804	16	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	19447658
110	NC_011087	GAT	4	115909	115919	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	19447658
111	NC_011087	CAC	4	116555	116566	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	19447658
112	NC_011087	TGA	4	116805	116816	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	19447658
113	NC_011087	CCAA	3	120092	120103	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	19447659
114	NC_011087	TTTA	3	120766	120776	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
115	NC_011087	AATA	3	120849	120859	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
116	NC_011087	TAGA	4	122123	122137	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
117	NC_011087	TA	6	122984	122995	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	19447659
118	NC_011087	TCT	4	125551	125561	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	19447659
119	NC_011087	AG	6	129540	129550	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	19447659
120	NC_011087	TTTA	3	131632	131643	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_011087	AATT	3	132641	132652	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_011087	AATAG	3	134167	134180	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	19447660
123	NC_011087	CCAC	3	137326	137336	11	25 %	0 %	0 %	75 %	9 %	19447660
124	NC_011087	ATAG	3	138245	138255	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	19447660
125	NC_011087	GCAA	3	141708	141719	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	19447660
126	NC_011087	AAAT	3	142075	142085	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	19447660
127	NC_011087	TAAA	3	142400	142411	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
128	NC_011087	ACAA	3	143937	143948	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
129	NC_011087	AG	6	146999	147009	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
130	NC_011087	TAAG	3	147934	147945	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	19447661
131	NC_011087	TAG	4	148961	148971	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	19447661
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152	NC_011087	ATTG	3	164487	164498	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
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262	NC_011087	TTTA	3	317415	317426	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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380	NC_011087	TTTA	3	467852	467863	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
381	NC_011087	TGAG	3	469518	469529	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	19447688
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383	NC_011087	TTTA	3	472508	472519	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
384	NC_011087	TGAG	3	472823	472833	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	19447688
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386	NC_011087	ACC	4	478541	478552	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	19447688
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388	NC_011087	TC	6	480491	480501	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	19447689
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Paulinella chromatophora chromatophore