ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Di-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza sativa Japonica Group mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_011033	CT	7	6319	6331	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
2	NC_011033	AG	6	7324	7334	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_011033	GA	6	20362	20372	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	19403321
4	NC_011033	AT	6	26028	26038	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	19403321
5	NC_011033	AT	6	34687	34698	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	19403321
6	NC_011033	TA	6	39952	39962	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	19403321
7	NC_011033	TC	6	51256	51266	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	19403321
8	NC_011033	CT	6	55165	55175	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	19403321
9	NC_011033	TC	6	63896	63906	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	19403321
10	NC_011033	CT	7	66030	66043	14	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	19403321
11	NC_011033	TA	8	68193	68207	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	19403321
12	NC_011033	CT	7	68900	68912	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	19403321
13	NC_011033	CT	6	72847	72857	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	19403321
14	NC_011033	AT	6	77890	77900	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	19403321
15	NC_011033	TC	6	81295	81306	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	19403321
16	NC_011033	AT	6	92401	92412	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	19403321
17	NC_011033	CT	7	100846	100858	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	19403321
18	NC_011033	AG	6	101851	101861	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	19403321
19	NC_011033	GA	6	114889	114899	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	19403321
20	NC_011033	AT	6	120555	120565	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	19403321
21	NC_011033	AT	6	129214	129225	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	19403321
22	NC_011033	TA	6	134479	134489	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	19403321
23	NC_011033	GA	6	142431	142441	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	19403321
24	NC_011033	GA	6	142467	142477	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	19403321
25	NC_011033	AC	6	144722	144733	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	19403321
26	NC_011033	CT	6	149957	149968	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	19403321
27	NC_011033	AC	6	178917	178927	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	19403321
28	NC_011033	TA	6	178956	178966	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	19403321
29	NC_011033	AT	8	196532	196547	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	19403321
30	NC_011033	GA	6	196575	196585	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	19403321
31	NC_011033	TG	6	196711	196721	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	19403321
32	NC_011033	TA	6	200508	200518	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	19403321
33	NC_011033	TC	6	208169	208179	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	19403321
34	NC_011033	GA	6	220699	220710	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	19403321
35	NC_011033	AT	6	221290	221300	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	19403321
36	NC_011033	GA	6	221726	221736	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	19403321
37	NC_011033	AG	7	222653	222666	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	19403321
38	NC_011033	TC	8	222678	222692	15	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	19403321
39	NC_011033	AG	6	224523	224533	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	19403321
40	NC_011033	AG	6	257078	257088	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	19403321
41	NC_011033	AC	6	266490	266500	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	19403321
42	NC_011033	TA	6	271859	271869	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	19403321
43	NC_011033	GA	6	279825	279836	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	19403321
44	NC_011033	AT	6	280416	280426	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	19403321
45	NC_011033	GA	6	280852	280862	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	19403321
46	NC_011033	AG	7	281779	281792	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	19403321
47	NC_011033	TC	8	281804	281818	15	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	19403321
48	NC_011033	CT	7	286316	286328	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	19403321
49	NC_011033	GA	6	295150	295160	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	19403321
50	NC_011033	CT	6	298324	298335	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	19403321
51	NC_011033	GA	6	305513	305523	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	19403321
52	NC_011033	TC	6	307179	307189	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	19403321
53	NC_011033	TC	6	309830	309840	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	19403321
54	NC_011033	CT	6	330997	331007	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	19403325
55	NC_011033	AT	8	340199	340213	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
56	NC_011033	TA	6	356961	356971	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_011033	CT	6	365226	365237	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	19403325
58	NC_011033	AG	6	365255	365266	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	19403325
59	NC_011033	AG	6	379751	379761	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	19403325
60	NC_011033	AG	6	382261	382271	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	19403325
61	NC_011033	AT	6	406178	406188	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_011033	GA	6	410744	410755	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_011033	AT	6	411335	411345	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_011033	GA	6	411771	411781	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_011033	AG	7	412698	412711	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_011033	TC	8	412723	412737	15	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
67	NC_011033	TA	6	438045	438055	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
68	NC_011033	CT	6	446310	446321	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
69	NC_011033	AG	6	446339	446350	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_011033	AG	6	460835	460845	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_011033	AG	6	463345	463355	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_011033	AC	6	467820	467831	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
73	NC_011033	CT	6	473055	473066	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Di-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza sativa Japonica Group mitochondrion