ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Oryza sativa Japonica Group mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_011033	ACT	4	116	126	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
2	NC_011033	TAA	4	126	137	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_011033	ACTT	3	151	161	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
4	NC_011033	CTT	5	253	267	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
5	NC_011033	GTA	4	1009	1020	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_011033	AGA	4	1212	1222	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_011033	CGAT	3	5771	5782	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
8	NC_011033	AAAG	3	6159	6170	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_011033	CT	7	6319	6331	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
10	NC_011033	CCTT	4	6968	6982	15	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
11	NC_011033	AG	6	7324	7334	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_011033	AAAG	3	8835	8845	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_011033	GCCTA	3	11829	11843	15	20 %	20 %	20 %	40 %	6 %	19403321
14	NC_011033	CGT	4	12560	12570	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	19403321
15	NC_011033	GAT	4	12694	12704	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	19403321
16	NC_011033	AAGC	3	13516	13526	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	19403321
17	NC_011033	CCTT	3	13587	13597	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	19403321
18	NC_011033	GTTC	3	13637	13648	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	19403321
19	NC_011033	CTTT	3	14522	14532	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	19403321
20	NC_011033	TGGG	3	14953	14963	11	0 %	25 %	75 %	0 %	9 %	19403321
21	NC_011033	TTTCTT	3	15431	15449	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	19403321
22	NC_011033	GACT	3	15555	15566	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	19403321
23	NC_011033	TAT	4	17001	17011	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	19403321
24	NC_011033	CTA	5	18317	18330	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	19403321
25	NC_011033	TTA	4	19115	19125	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	19403321
26	NC_011033	TAATT	3	19453	19467	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	19403321
27	NC_011033	GA	6	20362	20372	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	19403321
28	NC_011033	GAAA	4	23555	23570	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	19403321
29	NC_011033	TCTT	3	23968	23978	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	19403321
30	NC_011033	ATGGC	3	24790	24805	16	20 %	20 %	40 %	20 %	6 %	19403321
31	NC_011033	ACA	4	24980	24991	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	0 %	19403321
32	NC_011033	AT	6	26028	26038	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	19403321
33	NC_011033	TAGG	4	26256	26271	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	19403321
34	NC_011033	AATT	3	28160	28171	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	19403321
35	NC_011033	AATA	4	30470	30486	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	19403321
36	NC_011033	CATT	3	32310	32320	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	19403321
37	NC_011033	ATTCT	3	32321	32334	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	19403321
38	NC_011033	GCTT	3	33579	33590	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	19403321
39	NC_011033	TAAA	3	34388	34399	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	19403321
40	NC_011033	GAAT	3	34401	34411	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	19403321
41	NC_011033	AT	6	34687	34698	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	19403321
42	NC_011033	GTAG	3	37274	37285	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	19403321
43	NC_011033	TACG	3	38722	38733	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	19403321
44	NC_011033	TA	6	39952	39962	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	19403321
45	NC_011033	ATA	4	39991	40002	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	19403321
46	NC_011033	GAA	4	41009	41020	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	19403321
47	NC_011033	CTT	4	41797	41808	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	19403321
48	NC_011033	TTCC	3	42180	42191	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	19403321
49	NC_011033	TAT	4	42996	43006	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	19403321
50	NC_011033	AAGT	3	43053	43065	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	19403321
51	NC_011033	ACTT	3	43459	43469	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	19403321
52	NC_011033	TTACA	3	44092	44106	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	19403321
53	NC_011033	GGGAGA	3	45222	45240	19	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10 %	19403321
54	NC_011033	ATGA	3	46527	46538	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	19403321
55	NC_011033	CAG	4	49760	49770	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	19403321
56	NC_011033	TCCA	3	50146	50157	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	19403321
57	NC_011033	TC	6	51256	51266	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	19403321
58	NC_011033	TTAC	3	51348	51358	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	19403321
59	NC_011033	ATA	4	53509	53520	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	19403321
60	NC_011033	CAAGA	3	54835	54848	14	60 %	0 %	20 %	20 %	7 %	19403321
61	NC_011033	CT	6	55165	55175	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	19403321
62	NC_011033	AAT	4	57192	57203	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	19403321
63	NC_011033	AAAG	3	60265	60275	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	19403321
64	NC_011033	ATAA	3	61098	61109	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	19403321
65	NC_011033	ATT	4	63417	63427	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	19403321
66	NC_011033	ATTC	3	63506	63517	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	19403321
67	NC_011033	TC	6	63896	63906	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	19403321
68	NC_011033	CGAA	3	64625	64636	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	19403321
69	NC_011033	AAAAG	3	64772	64786	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	19403321
70	NC_011033	CATC	3	65272	65283	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	19403321
71	NC_011033	GATC	3	65918	65929	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	19403321
72	NC_011033	CT	7	66030	66043	14	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	19403321
73	NC_011033	CTTC	3	67366	67377	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	19403321
74	NC_011033	CATT	3	67385	67397	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	19403321
75	NC_011033	CTTT	3	67964	67976	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	19403321
76	NC_011033	TTTC	3	68155	68166	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	19403321
77	NC_011033	TAG	4	68182	68192	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	19403321
78	NC_011033	TA	8	68193	68207	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	19403321
79	NC_011033	ATCC	3	68590	68601	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	19403321
80	NC_011033	GTAT	3	68716	68726	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	19403321
81	NC_011033	CT	7	68900	68912	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	19403321
82	NC_011033	AAG	4	69904	69914	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	19403321
83	NC_011033	CTT	4	69951	69961	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	19403321
84	NC_011033	CTAC	3	70211	70221	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	19403321
85	NC_011033	GCA	4	70849	70859	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	19403321
86	NC_011033	AAAC	3	71109	71120	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	19403321
87	NC_011033	TACT	3	71137	71148	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	19403321
88	NC_011033	GCT	4	71196	71206	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	19403321
89	NC_011033	GTGGT	3	72542	72555	14	0 %	40 %	60 %	0 %	7 %	19403321
90	NC_011033	CT	6	72847	72857	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	19403321
91	NC_011033	GAA	4	73312	73323	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	19403321
92	NC_011033	ACGA	3	75940	75951	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	19403321
93	NC_011033	TAGC	3	76962	76974	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	19403321
94	NC_011033	AT	6	77890	77900	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	19403321
95	NC_011033	TTG	4	78656	78667	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	19403321
96	NC_011033	A	15	79869	79883	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	19403321
97	NC_011033	CTA	4	79989	80000	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	19403321
98	NC_011033	AAAT	3	80692	80704	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	19403321
99	NC_011033	TC	6	81295	81306	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	19403321
100	NC_011033	ACTA	3	81735	81746	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	19403321
101	NC_011033	CCTAT	3	82782	82795	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	19403321
102	NC_011033	A	14	84070	84083	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	19403321
103	NC_011033	AAT	4	86076	86087	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	19403321
104	NC_011033	GCCA	3	86487	86497	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	19403321
105	NC_011033	AGA	5	88945	88958	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	19403321
106	NC_011033	CAGT	3	91046	91057	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	19403321
107	NC_011033	CAG	4	91115	91126	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	19403321
108	NC_011033	TCC	4	91379	91390	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	19403321
109	NC_011033	AGTC	3	92372	92383	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	19403321
110	NC_011033	AT	6	92401	92412	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	19403321
111	NC_011033	ACCT	3	92833	92843	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	19403321
112	NC_011033	GAA	4	92964	92975	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	19403321
113	NC_011033	TCA	4	93098	93109	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	19403321
114	NC_011033	ACT	4	94643	94653	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	19403321
115	NC_011033	TAA	4	94653	94664	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	19403321
116	NC_011033	ACTT	3	94678	94688	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	19403321
117	NC_011033	CTT	5	94780	94794	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	19403321
118	NC_011033	GTA	4	95536	95547	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	19403321
119	NC_011033	AGA	4	95739	95749	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	19403321
120	NC_011033	CGAT	3	100298	100309	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	19403321
121	NC_011033	AAAG	3	100686	100697	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	19403321
122	NC_011033	CT	7	100846	100858	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	19403321
123	NC_011033	CCTT	4	101495	101509	15	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	19403321
124	NC_011033	AG	6	101851	101861	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	19403321
125	NC_011033	AAAG	3	103362	103372	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	19403321
126	NC_011033	GCCTA	3	106356	106370	15	20 %	20 %	20 %	40 %	6 %	19403321
127	NC_011033	CGT	4	107087	107097	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	19403321
128	NC_011033	GAT	4	107221	107231	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	19403321
129	NC_011033	AAGC	3	108043	108053	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	19403321
130	NC_011033	CCTT	3	108114	108124	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	19403321
131	NC_011033	GTTC	3	108164	108175	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	19403321
132	NC_011033	CTTT	3	109049	109059	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	19403321
133	NC_011033	TGGG	3	109480	109490	11	0 %	25 %	75 %	0 %	9 %	19403321
134	NC_011033	TTTCTT	3	109958	109976	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	19403321
135	NC_011033	GACT	3	110082	110093	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	19403321
136	NC_011033	TAT	4	111528	111538	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	19403321
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139	NC_011033	TAATT	3	113980	113994	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	19403321
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143	NC_011033	ATGGC	3	119317	119332	16	20 %	20 %	40 %	20 %	6 %	19403321
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146	NC_011033	TAGG	4	120783	120798	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	19403321
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148	NC_011033	AATA	4	124997	125013	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	19403321
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150	NC_011033	ATTCT	3	126848	126861	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	19403321
151	NC_011033	GCTT	3	128106	128117	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	19403321
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154	NC_011033	AT	6	129214	129225	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	19403321
155	NC_011033	GTAG	3	131801	131812	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	19403321
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162	NC_011033	TAT	4	137523	137533	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	19403321
163	NC_011033	AAGT	3	137580	137592	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	19403321
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237	NC_011033	AT	8	196532	196547	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	19403321
238	NC_011033	GA	6	196575	196585	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	19403321
239	NC_011033	TG	6	196711	196721	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	19403321
240	NC_011033	CTC	4	197453	197464	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	19403321
241	NC_011033	GCC	4	199331	199341	11	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	9 %	19403321
242	NC_011033	G	15	199421	199435	15	0 %	0 %	100 %	0 %	6 %	19403321
243	NC_011033	ACC	4	200052	200064	13	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	7 %	19403321
244	NC_011033	TA	6	200508	200518	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	19403321
245	NC_011033	CAG	4	200838	200849	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	19403321
246	NC_011033	CTGAT	3	201028	201042	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	19403321
247	NC_011033	TTG	4	201273	201284	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	19403321
248	NC_011033	GGGC	3	201761	201772	12	0 %	0 %	75 %	25 %	8 %	19403321
249	NC_011033	CTAGCC	3	202271	202287	17	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	5 %	19403321
250	NC_011033	TTG	4	202989	202999	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	19403321
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252	NC_011033	GGAC	3	205015	205025	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	19403321
253	NC_011033	GGCA	3	205215	205225	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	19403321
254	NC_011033	CATT	3	205916	205928	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	19403321
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371	NC_011033	CCTT	3	295391	295402	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	19403321
372	NC_011033	CT	6	298324	298335	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	19403321
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374	NC_011033	TTCT	3	299180	299192	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	19403321
375	NC_011033	CTC	4	299831	299841	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	19403321
376	NC_011033	AAC	4	300140	300150	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	19403321
377	NC_011033	AAATTG	5	302142	302171	30	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	6 %	19403321
378	NC_011033	AACA	3	302264	302274	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	19403321
379	NC_011033	CTC	4	302495	302506	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	19403321
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387	NC_011033	AAAG	3	308063	308073	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	19403321
388	NC_011033	TCT	4	308436	308448	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	19403321
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391	NC_011033	ATCCA	3	312023	312037	15	40 %	20 %	0 %	40 %	0 %	19403321
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393	NC_011033	AAAG	3	312825	312836	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	19403321
394	NC_011033	TAA	4	312977	312987	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	19403321
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397	NC_011033	TCAT	4	315468	315483	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
398	NC_011033	TAAA	3	319139	319149	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
399	NC_011033	AGA	4	320282	320294	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
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404	NC_011033	CTTC	4	329352	329366	15	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
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413	NC_011033	CTT	4	335095	335105	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
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432	NC_011033	GGAA	3	355601	355612	12	50 %	0 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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441	NC_011033	TTCA	3	361408	361420	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
442	NC_011033	AAG	4	362430	362441	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
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495	NC_011033	TGC	4	405233	405244	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	19403325
496	NC_011033	TATT	3	405725	405736	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
497	NC_011033	AT	6	406178	406188	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
498	NC_011033	GAA	4	406223	406234	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
499	NC_011033	TTTC	3	407312	407322	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
500	NC_011033	CTT	4	408170	408181	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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503	NC_011033	AAGA	3	410496	410507	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
504	NC_011033	AAC	4	410535	410546	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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507	NC_011033	CTTTT	3	411321	411334	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
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510	NC_011033	GA	6	411771	411781	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
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520	NC_011033	CTTT	3	425436	425447	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
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542	NC_011033	TTCA	3	442492	442504	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Oryza sativa Japonica Group mitochondrion