ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Perfect Repeats of Oryza sativa Japonica Group mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011033	GACT	3	15555	15566	12	25 %	25 %	25 %	25 %	19403321
2	NC_011033	TAATT	3	19453	19467	15	40 %	60 %	0 %	0 %	19403321
3	NC_011033	GAAA	3	23559	23570	12	75 %	0 %	25 %	0 %	19403321
4	NC_011033	ACA	4	24980	24991	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	19403321
5	NC_011033	TAGG	3	26256	26267	12	25 %	25 %	50 %	0 %	19403321
6	NC_011033	AATA	3	30475	30486	12	75 %	25 %	0 %	0 %	19403321
7	NC_011033	GCTT	3	33579	33590	12	0 %	50 %	25 %	25 %	19403321
8	NC_011033	GTAG	3	37274	37285	12	25 %	25 %	50 %	0 %	19403321
9	NC_011033	ATA	4	39991	40002	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	19403321
10	NC_011033	AAT	4	53508	53519	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	19403321
11	NC_011033	CATC	3	65272	65283	12	25 %	25 %	0 %	50 %	19403321
12	NC_011033	TACT	3	71137	71148	12	25 %	50 %	0 %	25 %	19403321
13	NC_011033	ACGA	3	75940	75951	12	50 %	0 %	25 %	25 %	19403321
14	NC_011033	AGA	4	88945	88956	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	19403321
15	NC_011033	GCCG	3	89929	89940	12	0 %	0 %	50 %	50 %	19403321
16	NC_011033	CAGT	3	91046	91057	12	25 %	25 %	25 %	25 %	19403321
17	NC_011033	GAA	4	92964	92975	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	19403321
18	NC_011033	GACT	3	110082	110093	12	25 %	25 %	25 %	25 %	19403321
19	NC_011033	TAATT	3	113980	113994	15	40 %	60 %	0 %	0 %	19403321
20	NC_011033	GAAA	3	118086	118097	12	75 %	0 %	25 %	0 %	19403321
21	NC_011033	ACA	4	119507	119518	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	19403321
22	NC_011033	TAGG	3	120783	120794	12	25 %	25 %	50 %	0 %	19403321
23	NC_011033	AATA	3	125002	125013	12	75 %	25 %	0 %	0 %	19403321
24	NC_011033	GCTT	3	128106	128117	12	0 %	50 %	25 %	25 %	19403321
25	NC_011033	GTAG	3	131801	131812	12	25 %	25 %	50 %	0 %	19403321
26	NC_011033	ATA	4	134518	134529	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	19403321
27	NC_011033	CT	6	149957	149968	12	0 %	50 %	0 %	50 %	19403321
28	NC_011033	GAGC	3	155486	155497	12	25 %	0 %	50 %	25 %	19403321
29	NC_011033	ATAG	3	158151	158162	12	50 %	25 %	25 %	0 %	19403321
30	NC_011033	CATT	3	172887	172898	12	25 %	50 %	0 %	25 %	19403321
31	NC_011033	AAAG	3	176932	176943	12	75 %	0 %	25 %	0 %	19403321
32	NC_011033	CAATT	3	178825	178839	15	40 %	40 %	0 %	20 %	19403321
33	NC_011033	AAATAA	3	181831	181848	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	19403321
34	NC_011033	T	12	185090	185101	12	0 %	100 %	0 %	0 %	19403321
35	NC_011033	AGT	4	187475	187486	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	19403321
36	NC_011033	CTTG	3	188655	188666	12	0 %	50 %	25 %	25 %	19403321
37	NC_011033	GAAA	3	194405	194416	12	75 %	0 %	25 %	0 %	19403321
38	NC_011033	CTTC	3	194953	194964	12	0 %	50 %	0 %	50 %	19403321
39	NC_011033	AT	6	196532	196543	12	50 %	50 %	0 %	0 %	19403321
40	NC_011033	G	12	199421	199432	12	0 %	0 %	100 %	0 %	19403321
41	NC_011033	TCGC	3	214535	214546	12	0 %	25 %	25 %	50 %	19403321
42	NC_011033	AG	6	222653	222664	12	50 %	0 %	50 %	0 %	19403321
43	NC_011033	TC	6	222678	222689	12	0 %	50 %	0 %	50 %	19403321
44	NC_011033	AAGA	3	227227	227238	12	75 %	0 %	25 %	0 %	19403321
45	NC_011033	AGAA	3	227702	227713	12	75 %	0 %	25 %	0 %	19403321
46	NC_011033	CAA	4	227762	227773	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	19403321
47	NC_011033	TTTG	3	233972	233983	12	0 %	75 %	25 %	0 %	19403321
48	NC_011033	AAAGG	3	247650	247664	15	60 %	0 %	40 %	0 %	19403321
49	NC_011033	TAG	4	248413	248424	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	19403321
50	NC_011033	CTC	4	254953	254964	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	19403321
51	NC_011033	GACT	3	271301	271312	12	25 %	25 %	25 %	25 %	19403321
52	NC_011033	TTA	4	272487	272498	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	19403321
53	NC_011033	TCGC	3	273661	273672	12	0 %	25 %	25 %	50 %	19403321
54	NC_011033	AG	6	281779	281790	12	50 %	0 %	50 %	0 %	19403321
55	NC_011033	TC	6	281804	281815	12	0 %	50 %	0 %	50 %	19403321
56	NC_011033	ACTT	3	286734	286745	12	25 %	50 %	0 %	25 %	19403321
57	NC_011033	ATT	4	289439	289450	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	19403321
58	NC_011033	ATCCA	3	312023	312037	15	40 %	20 %	0 %	40 %	19403321
59	NC_011033	GGAA	3	312809	312820	12	50 %	0 %	50 %	0 %	19403321
60	NC_011033	AAAG	3	312825	312836	12	75 %	0 %	25 %	0 %	19403321
61	NC_011033	TCAT	3	315468	315479	12	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_011033	T	13	321457	321469	13	0 %	100 %	0 %	0 %	19403325
63	NC_011033	TTG	4	347288	347299	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011033	AGT	4	347341	347352	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011033	TAT	4	348248	348259	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011033	GGAA	3	355601	355612	12	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011033	TCTTA	3	359804	359818	15	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_011033	CGGGC	3	365571	365585	15	0 %	0 %	60 %	40 %	19403325
69	NC_011033	AAGA	3	371962	371973	12	75 %	0 %	25 %	0 %	19403325
70	NC_011033	AAG	4	389795	389806	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	19403325
71	NC_011033	GCCC	3	404830	404841	12	0 %	0 %	25 %	75 %	19403325
72	NC_011033	AG	6	412698	412709	12	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011033	TC	6	412723	412734	12	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_011033	TAGAA	3	417642	417656	15	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_011033	TTG	4	428372	428383	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011033	AGT	4	428425	428436	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011033	TAT	4	429332	429343	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_011033	GGAA	3	436685	436696	12	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011033	TCTTA	3	440888	440902	15	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_011033	CGGGC	3	446655	446669	15	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
81	NC_011033	AAGA	3	453046	453057	12	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_011033	CT	6	473055	473066	12	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_011033	GAGC	3	478584	478595	12	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_011033	ATAG	3	481249	481260	12	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding

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All Perfect Repeats of Oryza sativa Japonica Group mitochondrion