ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza sativa Japonica Group mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_011033	ACTT	3	151	161	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
2	NC_011033	CGAT	3	5771	5782	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
3	NC_011033	AAAG	3	6159	6170	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_011033	CCTT	4	6968	6982	15	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
5	NC_011033	AAAG	3	8835	8845	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_011033	AAGC	3	13516	13526	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	19403321
7	NC_011033	CCTT	3	13587	13597	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	19403321
8	NC_011033	GTTC	3	13637	13648	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	19403321
9	NC_011033	CTTT	3	14522	14532	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	19403321
10	NC_011033	TGGG	3	14953	14963	11	0 %	25 %	75 %	0 %	9 %	19403321
11	NC_011033	GACT	3	15555	15566	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	19403321
12	NC_011033	GAAA	4	23555	23570	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	19403321
13	NC_011033	TCTT	3	23968	23978	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	19403321
14	NC_011033	TAGG	4	26256	26271	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	19403321
15	NC_011033	AATT	3	28160	28171	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	19403321
16	NC_011033	AATA	4	30470	30486	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	19403321
17	NC_011033	CATT	3	32310	32320	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	19403321
18	NC_011033	GCTT	3	33579	33590	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	19403321
19	NC_011033	TAAA	3	34388	34399	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	19403321
20	NC_011033	GAAT	3	34401	34411	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	19403321
21	NC_011033	GTAG	3	37274	37285	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	19403321
22	NC_011033	TACG	3	38722	38733	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	19403321
23	NC_011033	TTCC	3	42180	42191	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	19403321
24	NC_011033	AAGT	3	43053	43065	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	19403321
25	NC_011033	ACTT	3	43459	43469	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	19403321
26	NC_011033	ATGA	3	46527	46538	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	19403321
27	NC_011033	TCCA	3	50146	50157	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	19403321
28	NC_011033	TTAC	3	51348	51358	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	19403321
29	NC_011033	AAAG	3	60265	60275	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	19403321
30	NC_011033	ATAA	3	61098	61109	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	19403321
31	NC_011033	ATTC	3	63506	63517	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	19403321
32	NC_011033	CGAA	3	64625	64636	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	19403321
33	NC_011033	CATC	3	65272	65283	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	19403321
34	NC_011033	GATC	3	65918	65929	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	19403321
35	NC_011033	CTTC	3	67366	67377	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	19403321
36	NC_011033	CATT	3	67385	67397	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	19403321
37	NC_011033	CTTT	3	67964	67976	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	19403321
38	NC_011033	TTTC	3	68155	68166	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	19403321
39	NC_011033	ATCC	3	68590	68601	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	19403321
40	NC_011033	GTAT	3	68716	68726	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	19403321
41	NC_011033	CTAC	3	70211	70221	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	19403321
42	NC_011033	AAAC	3	71109	71120	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	19403321
43	NC_011033	TACT	3	71137	71148	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	19403321
44	NC_011033	ACGA	3	75940	75951	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	19403321
45	NC_011033	TAGC	3	76962	76974	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	19403321
46	NC_011033	AAAT	3	80692	80704	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	19403321
47	NC_011033	ACTA	3	81735	81746	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	19403321
48	NC_011033	GCCA	3	86487	86497	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	19403321
49	NC_011033	CAGT	3	91046	91057	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	19403321
50	NC_011033	AGTC	3	92372	92383	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	19403321
51	NC_011033	ACCT	3	92833	92843	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	19403321
52	NC_011033	ACTT	3	94678	94688	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	19403321
53	NC_011033	CGAT	3	100298	100309	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	19403321
54	NC_011033	AAAG	3	100686	100697	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	19403321
55	NC_011033	CCTT	4	101495	101509	15	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	19403321
56	NC_011033	AAAG	3	103362	103372	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	19403321
57	NC_011033	AAGC	3	108043	108053	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	19403321
58	NC_011033	CCTT	3	108114	108124	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	19403321
59	NC_011033	GTTC	3	108164	108175	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	19403321
60	NC_011033	CTTT	3	109049	109059	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	19403321
61	NC_011033	TGGG	3	109480	109490	11	0 %	25 %	75 %	0 %	9 %	19403321
62	NC_011033	GACT	3	110082	110093	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	19403321
63	NC_011033	GAAA	4	118082	118097	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	19403321
64	NC_011033	TCTT	3	118495	118505	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	19403321
65	NC_011033	TAGG	4	120783	120798	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	19403321
66	NC_011033	AATT	3	122687	122698	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	19403321
67	NC_011033	AATA	4	124997	125013	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	19403321
68	NC_011033	CATT	3	126837	126847	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	19403321
69	NC_011033	GCTT	3	128106	128117	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	19403321
70	NC_011033	TAAA	3	128915	128926	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	19403321
71	NC_011033	GAAT	3	128928	128938	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	19403321
72	NC_011033	GTAG	3	131801	131812	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	19403321
73	NC_011033	TACG	3	133249	133260	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	19403321
74	NC_011033	TTCC	3	136707	136718	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	19403321
75	NC_011033	AAGT	3	137580	137592	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	19403321
76	NC_011033	ACTT	3	137986	137996	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	19403321
77	NC_011033	ATGA	3	141053	141064	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	19403321
78	NC_011033	GCCC	3	141328	141339	12	0 %	0 %	25 %	75 %	8 %	19403321
79	NC_011033	TTTA	3	143853	143863	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	19403321
80	NC_011033	TCAA	3	143918	143928	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	19403321
81	NC_011033	TTTC	3	147804	147815	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	19403321
82	NC_011033	AGGT	3	150405	150417	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	19403321
83	NC_011033	ACTT	3	151311	151321	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	19403321
84	NC_011033	TTGG	3	152211	152222	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	19403321
85	NC_011033	GGAT	3	152912	152924	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	19403321
86	NC_011033	GAGC	3	155486	155497	12	25 %	0 %	50 %	25 %	0 %	19403321
87	NC_011033	CCAT	3	156359	156370	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	19403321
88	NC_011033	ATAG	4	158151	158166	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	19403321
89	NC_011033	CTTT	3	161091	161102	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	19403321
90	NC_011033	CATT	3	172887	172898	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	19403321
91	NC_011033	TCGA	3	173073	173085	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	19403321
92	NC_011033	AGCA	3	176396	176406	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	19403321
93	NC_011033	AAAG	4	176927	176943	17	75 %	0 %	25 %	0 %	5 %	19403321
94	NC_011033	AGAC	3	179459	179470	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	19403321
95	NC_011033	TTGG	4	179617	179631	15	0 %	50 %	50 %	0 %	6 %	19403321
96	NC_011033	GAGT	3	180737	180747	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	19403321
97	NC_011033	GGTT	3	185043	185053	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	19403321
98	NC_011033	GGCT	3	186790	186801	12	0 %	25 %	50 %	25 %	8 %	19403321
99	NC_011033	CTAG	3	187274	187285	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	19403321
100	NC_011033	CTTG	3	188655	188666	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	19403321
101	NC_011033	TTCA	3	189824	189835	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	19403321
102	NC_011033	TTTG	3	192203	192214	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	19403321
103	NC_011033	AGTA	3	194056	194067	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	19403321
104	NC_011033	GAAA	3	194405	194416	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	19403321
105	NC_011033	CCTA	3	194745	194757	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	19403321
106	NC_011033	CTTC	3	194953	194964	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	19403321
107	NC_011033	GGGC	3	201761	201772	12	0 %	0 %	75 %	25 %	8 %	19403321
108	NC_011033	GAAA	3	203066	203078	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	19403321
109	NC_011033	GGAC	3	205015	205025	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	19403321
110	NC_011033	GGCA	3	205215	205225	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	19403321
111	NC_011033	CATT	3	205916	205928	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	19403321
112	NC_011033	GGAA	3	208927	208938	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	19403321
113	NC_011033	TTGC	3	211713	211723	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	19403321
114	NC_011033	AAGG	3	212149	212160	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	19403321
115	NC_011033	ACTA	3	213965	213976	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	19403321
116	NC_011033	TCGC	3	214535	214546	12	0 %	25 %	25 %	50 %	0 %	19403321
117	NC_011033	CTTA	3	216868	216880	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	19403321
118	NC_011033	ACTC	3	217974	217985	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	19403321
119	NC_011033	AAGA	3	220451	220462	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	19403321
120	NC_011033	AAAT	3	220806	220817	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	19403321
121	NC_011033	TTAT	3	221400	221410	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	19403321
122	NC_011033	AAGA	3	227227	227238	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	19403321
123	NC_011033	AGAA	3	227702	227713	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	19403321
124	NC_011033	TCTG	3	228344	228355	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	19403321
125	NC_011033	ATGG	3	232133	232145	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	19403321
126	NC_011033	CTTT	4	232246	232261	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	19403321
127	NC_011033	TTTG	3	233972	233983	12	0 %	75 %	25 %	0 %	0 %	19403321
128	NC_011033	GCAG	3	236147	236158	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	19403321
129	NC_011033	TTTC	3	237285	237296	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	19403321
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131	NC_011033	CAGT	3	240769	240779	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	19403321
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230	NC_011033	CCAT	3	479457	479468	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
231	NC_011033	ATAG	4	481249	481264	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
232	NC_011033	CTTT	3	484189	484200	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza sativa Japonica Group mitochondrion