ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza sativa Japonica Group mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_011033	ACT	4	116	126	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
2	NC_011033	TAA	4	126	137	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_011033	CTT	5	253	267	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
4	NC_011033	GTA	4	1009	1020	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_011033	AGA	4	1212	1222	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_011033	CGT	4	12560	12570	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	19403321
7	NC_011033	GAT	4	12694	12704	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	19403321
8	NC_011033	TAT	4	17001	17011	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	19403321
9	NC_011033	CTA	5	18317	18330	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	19403321
10	NC_011033	TTA	4	19115	19125	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	19403321
11	NC_011033	ACA	4	24980	24991	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	0 %	19403321
12	NC_011033	ATA	4	39991	40002	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	19403321
13	NC_011033	GAA	4	41009	41020	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	19403321
14	NC_011033	CTT	4	41797	41808	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	19403321
15	NC_011033	TAT	4	42996	43006	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	19403321
16	NC_011033	CAG	4	49760	49770	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	19403321
17	NC_011033	ATA	4	53509	53520	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	19403321
18	NC_011033	AAT	4	57192	57203	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	19403321
19	NC_011033	ATT	4	63417	63427	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	19403321
20	NC_011033	TAG	4	68182	68192	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	19403321
21	NC_011033	AAG	4	69904	69914	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	19403321
22	NC_011033	CTT	4	69951	69961	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	19403321
23	NC_011033	GCA	4	70849	70859	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	19403321
24	NC_011033	GCT	4	71196	71206	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	19403321
25	NC_011033	GAA	4	73312	73323	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	19403321
26	NC_011033	TTG	4	78656	78667	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	19403321
27	NC_011033	CTA	4	79989	80000	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	19403321
28	NC_011033	AAT	4	86076	86087	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	19403321
29	NC_011033	AGA	5	88945	88958	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	19403321
30	NC_011033	CAG	4	91115	91126	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	19403321
31	NC_011033	TCC	4	91379	91390	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	19403321
32	NC_011033	GAA	4	92964	92975	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	19403321
33	NC_011033	TCA	4	93098	93109	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	19403321
34	NC_011033	ACT	4	94643	94653	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	19403321
35	NC_011033	TAA	4	94653	94664	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	19403321
36	NC_011033	CTT	5	94780	94794	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	19403321
37	NC_011033	GTA	4	95536	95547	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	19403321
38	NC_011033	AGA	4	95739	95749	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	19403321
39	NC_011033	CGT	4	107087	107097	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	19403321
40	NC_011033	GAT	4	107221	107231	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	19403321
41	NC_011033	TAT	4	111528	111538	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	19403321
42	NC_011033	CTA	5	112844	112857	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	19403321
43	NC_011033	TTA	4	113642	113652	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	19403321
44	NC_011033	ACA	4	119507	119518	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	0 %	19403321
45	NC_011033	ATA	4	134518	134529	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	19403321
46	NC_011033	GAA	4	135536	135547	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	19403321
47	NC_011033	CTT	4	136324	136335	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	19403321
48	NC_011033	TAT	4	137523	137533	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	19403321
49	NC_011033	AGG	4	141713	141724	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	19403321
50	NC_011033	TAC	4	141728	141739	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	19403321
51	NC_011033	TGG	4	143686	143697	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	19403321
52	NC_011033	TTC	4	144165	144175	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	19403321
53	NC_011033	TCT	4	151228	151239	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	19403321
54	NC_011033	CTT	4	153245	153257	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	19403321
55	NC_011033	AGA	4	154064	154075	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	19403321
56	NC_011033	CTG	4	154639	154649	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	19403321
57	NC_011033	AGT	4	157721	157732	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	19403321
58	NC_011033	CTA	4	164754	164766	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	19403321
59	NC_011033	CTT	4	166800	166811	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	19403321
60	NC_011033	GAA	4	169283	169294	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	19403321
61	NC_011033	AAG	4	169574	169585	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	19403321
62	NC_011033	TAT	4	172754	172766	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	19403321
63	NC_011033	AAC	4	173581	173592	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	19403321
64	NC_011033	CTA	4	177498	177510	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	19403321
65	NC_011033	AGT	4	187475	187486	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	0 %	19403321
66	NC_011033	AGT	4	187510	187521	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	19403321
67	NC_011033	AGG	4	188151	188162	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	19403321
68	NC_011033	ACA	4	188409	188419	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	19403321
69	NC_011033	CAT	4	190355	190365	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	19403321
70	NC_011033	AGA	4	192905	192916	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	19403321
71	NC_011033	GAG	4	195232	195242	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	19403321
72	NC_011033	CAT	4	196431	196441	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	19403321
73	NC_011033	CTC	4	197453	197464	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	19403321
74	NC_011033	GCC	4	199331	199341	11	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	9 %	19403321
75	NC_011033	ACC	4	200052	200064	13	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	7 %	19403321
76	NC_011033	CAG	4	200838	200849	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	19403321
77	NC_011033	TTG	4	201273	201284	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	19403321
78	NC_011033	TTG	4	202989	202999	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	19403321
79	NC_011033	GCC	4	207729	207739	11	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	9 %	19403321
80	NC_011033	GTA	4	208258	208269	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	19403321
81	NC_011033	TAT	4	209402	209412	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	19403321
82	NC_011033	GAA	4	210778	210789	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	19403321
83	NC_011033	TCC	5	215185	215198	14	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	19403321
84	NC_011033	CTC	4	216411	216422	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	19403321
85	NC_011033	TAA	4	217225	217237	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	19403321
86	NC_011033	CGG	5	217940	217953	14	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	7 %	19403321
87	NC_011033	TCT	4	218521	218531	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	19403321
88	NC_011033	AAC	4	220490	220501	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	19403321
89	NC_011033	TTC	4	224126	224136	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	19403321
90	NC_011033	CAA	5	227762	227776	15	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	6 %	19403321
91	NC_011033	AGC	4	229249	229260	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	19403321
92	NC_011033	TCG	4	233539	233549	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	19403321
93	NC_011033	ATC	4	233835	233847	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	19403321
94	NC_011033	ATA	4	236586	236597	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	19403321
95	NC_011033	CTT	4	237045	237055	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	19403321
96	NC_011033	CCT	4	238636	238646	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	19403321
97	NC_011033	TCA	4	240851	240862	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	19403321
98	NC_011033	TCT	4	244217	244228	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	19403321
99	NC_011033	TCA	4	244304	244315	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	19403321
100	NC_011033	CTT	4	244389	244401	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	19403321
101	NC_011033	GAA	4	247251	247261	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	19403321
102	NC_011033	TAG	4	248413	248424	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	0 %	19403321
103	NC_011033	AAG	4	248893	248904	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	19403321
104	NC_011033	CTC	4	254953	254964	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	19403321
105	NC_011033	ACT	4	256117	256128	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	19403321
106	NC_011033	AGG	4	260201	260212	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	19403321
107	NC_011033	CTT	4	260645	260657	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	19403321
108	NC_011033	AGT	4	260987	260998	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	19403321
109	NC_011033	ACT	4	263856	263867	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	19403321
110	NC_011033	TCT	4	266757	266767	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	19403321
111	NC_011033	ATT	4	267716	267726	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	19403321
112	NC_011033	CAA	4	269341	269352	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	19403321
113	NC_011033	AGT	4	272056	272066	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	19403321
114	NC_011033	TAT	4	272488	272499	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	19403321
115	NC_011033	TCC	5	274311	274324	14	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	19403321
116	NC_011033	CTC	4	275537	275548	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	19403321
117	NC_011033	TAA	4	276351	276363	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	19403321
118	NC_011033	CGG	5	277066	277079	14	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	7 %	19403321
119	NC_011033	TCT	4	277647	277657	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	19403321
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217	NC_011033	CTT	4	489898	489909	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza sativa Japonica Group mitochondrion