ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Brachypodium distachyon chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_011032	AAGT	3	794	804	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	194033130
2	NC_011032	ATAG	3	1220	1230	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_011032	TCTTT	3	2552	2566	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	270040539
4	NC_011032	AAAG	3	2572	2583	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	270040539
5	NC_011032	AGAA	3	3201	3212	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_011032	A	14	3667	3680	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
7	NC_011032	A	12	4015	4026	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_011032	TTTA	3	4385	4396	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_011032	TCTCT	3	4570	4583	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	194033132
10	NC_011032	TTCT	3	5024	5035	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	194033132
11	NC_011032	ATAA	3	5273	5283	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	194033132
12	NC_011032	TTAAT	3	5853	5866	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_011032	CTT	4	6002	6013	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
14	NC_011032	TGAG	3	6038	6049	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_011032	TAT	4	6196	6207	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_011032	TTCT	3	6825	6835	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	194033133
17	NC_011032	TTCT	3	7724	7734	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
18	NC_011032	GAAA	3	7880	7890	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_011032	ATTTT	3	8055	8068	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_011032	GAAA	3	10052	10063	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	194033136
21	NC_011032	TTG	4	10457	10467	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	194033136
22	NC_011032	A	15	11141	11155	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_011032	AG	6	11186	11196	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_011032	TTAA	4	11493	11507	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
25	NC_011032	CGTAG	3	12084	12097	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
26	NC_011032	TA	6	14225	14236	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_011032	TCT	5	15436	15450	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
28	NC_011032	ATAC	4	15981	15996	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
29	NC_011032	AAAT	3	16071	16081	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_011032	TTTC	3	16677	16687	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
31	NC_011032	AAAAT	3	16716	16729	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
32	NC_011032	TA	6	16791	16801	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_011032	ATGT	3	16950	16962	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
34	NC_011032	AAAGAA	3	17148	17166	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
35	NC_011032	TAG	4	17246	17257	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_011032	ATCA	3	17395	17405	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
37	NC_011032	TACCT	3	17705	17718	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
38	NC_011032	GAAA	3	18950	18960	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
39	NC_011032	TTTC	3	20152	20164	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	194033140
40	NC_011032	AGA	4	20178	20189	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	194033140
41	NC_011032	AAC	4	22829	22840	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	194033141
42	NC_011032	AAT	4	24517	24528	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	194033141
43	NC_011032	TCAC	3	24993	25004	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
44	NC_011032	TTCA	3	27375	27385	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
45	NC_011032	GAA	4	27900	27911	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_011032	A	13	29376	29388	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_011032	TTAA	3	29640	29651	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_011032	ATT	4	29710	29722	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_011032	GAAA	3	29784	29795	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_011032	AGA	4	30188	30198	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	194033142
51	NC_011032	AT	6	30647	30657	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_011032	GTT	5	31381	31395	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	194033143
53	NC_011032	TGC	4	31925	31936	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	194033144
54	NC_011032	CTTT	3	32191	32202	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
55	NC_011032	ATTT	3	32284	32294	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_011032	AG	6	33375	33385	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	194033145
57	NC_011032	AAAG	3	33434	33444	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	194033145
58	NC_011032	AAGA	3	39029	39040	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	194033149
59	NC_011032	TG	6	39870	39880	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	194033149
60	NC_011032	CTAG	3	39972	39984	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	194033149
61	NC_011032	AT	12	41293	41316	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_011032	ATTT	3	41423	41433	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_011032	AAG	4	41976	41987	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	194033150
64	NC_011032	AAAG	3	42175	42185	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	194033150
65	NC_011032	AGT	4	42383	42393	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	194033150
66	NC_011032	CTTT	3	42402	42413	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	194033150
67	NC_011032	TTCA	3	43699	43710	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
68	NC_011032	AAAG	3	44494	44504	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_011032	TA	6	45400	45410	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_011032	A	12	45487	45498	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_011032	AT	8	45942	45958	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
72	NC_011032	ATA	4	45975	45987	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
73	NC_011032	TTGA	3	46468	46480	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
74	NC_011032	AAAT	3	46836	46847	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_011032	CTT	4	47621	47632	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
76	NC_011032	CAGA	3	48237	48247	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	194033152
77	NC_011032	TCT	4	49344	49355	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	194033153
78	NC_011032	T	13	49355	49367	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	194033153
79	NC_011032	AATT	3	49777	49788	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_011032	GACT	3	51060	51072	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
81	NC_011032	TAGG	4	51482	51497	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
82	NC_011032	AATT	3	53619	53630	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_011032	TGCA	3	55177	55189	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	194033157
84	NC_011032	GAA	4	57202	57214	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_011032	GAA	4	57218	57228	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
86	NC_011032	TCTT	3	58326	58337	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011032	ATTC	3	58397	58407	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
88	NC_011032	TTC	4	59382	59393	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	194033161
89	NC_011032	TTC	4	59756	59766	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
90	NC_011032	TCTCT	3	60551	60565	15	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	194033163
91	NC_011032	GAAA	3	61660	61671	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011032	TTA	4	62127	62138	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_011032	TAAA	3	62333	62344	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_011032	TCT	4	63216	63228	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
95	NC_011032	TATT	3	63912	63922	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_011032	TTC	5	63965	63979	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
97	NC_011032	GAAA	3	64247	64258	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	194033168
98	NC_011032	AATA	3	64322	64333	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_011032	TAAA	3	64503	64514	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_011032	TAAA	3	64526	64537	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_011032	TA	7	65109	65121	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_011032	T	18	66249	66266	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
103	NC_011032	ATGT	3	66405	66415	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	194033129
104	NC_011032	AGAA	3	67266	67277	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	194033129
105	NC_011032	AAAG	3	67405	67415	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	194033129
106	NC_011032	CTTT	3	69316	69327	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	194033129
107	NC_011032	ACTT	3	69566	69576	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	194033129
108	NC_011032	GAAA	3	70736	70747	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	194033129
109	NC_011032	AT	6	71652	71662	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	194033129
110	NC_011032	AAAG	3	71789	71800	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	194033129
111	NC_011032	TAT	4	72452	72463	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	194033129
112	NC_011032	AGA	4	73226	73237	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	194033129
113	NC_011032	TAT	4	74287	74297	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	194033129
114	NC_011032	TAAAA	3	74806	74819	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	194033129
115	NC_011032	ATT	5	74879	74892	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	194033129
116	NC_011032	AGAA	3	75165	75175	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	194033129
117	NC_011032	T	12	75487	75498	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	194033129
118	NC_011032	T	12	75503	75514	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	194033129
119	NC_011032	TTTTC	4	76041	76059	19	0 %	80 %	0 %	20 %	5 %	194033129
120	NC_011032	ATTT	3	76523	76533	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	194033129
121	NC_011032	CTT	4	77776	77787	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	194033129
122	NC_011032	TTAT	3	78799	78810	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	194033129
123	NC_011032	CTT	5	79370	79383	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	194033129
124	NC_011032	AGAAT	3	79853	79866	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	194033129
125	NC_011032	AATG	3	79867	79877	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	194033129
126	NC_011032	TTC	4	80482	80492	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	194033129
127	NC_011032	TA	6	83768	83779	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	194033129
128	NC_011032	TCAAAA	4	84817	84840	24	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	8 %	194033129
129	NC_011032	ATTCTT	3	87582	87600	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	10 %	194033129
130	NC_011032	TTTTC	3	87641	87656	16	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	194033129
131	NC_011032	TTTGTT	3	88066	88084	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	194033129
132	NC_011032	TTCT	3	88205	88215	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	194033129
133	NC_011032	TAC	4	88958	88969	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	194033129
134	NC_011032	AAAC	3	92996	93008	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	194033209
135	NC_011032	ACGG	3	96242	96253	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	194033209
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163	NC_011032	CATT	3	134768	134778	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
164	NC_011032	ATTCT	3	134779	134792	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Brachypodium distachyon chloroplast