ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Cryptomeria japonica chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_010548	TAA	4	85	96	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	172072869
2	NC_010548	TTTAC	3	316	329	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	172072869
3	NC_010548	A	12	3134	3145	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010548	AT	11	3150	3170	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_010548	CGATC	3	4147	4160	14	20 %	20 %	20 %	40 %	7 %	172072873
6	NC_010548	ATTC	3	4433	4444	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	172072873
7	NC_010548	TA	6	6591	6601	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	172072877
8	NC_010548	TAT	4	7887	7898	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_010548	GAAA	3	8494	8504	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	172072878
10	NC_010548	CTT	4	10583	10594	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	172072880
11	NC_010548	AT	9	10964	10981	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
12	NC_010548	TCA	4	11258	11269	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	0 %	172072882
13	NC_010548	TA	6	11289	11299	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	172072882
14	NC_010548	AAAG	3	11625	11635	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_010548	AT	9	13417	13433	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	172072885
16	NC_010548	ATA	4	14275	14286	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	172072886
17	NC_010548	TCTTT	3	14624	14638	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	172072886
18	NC_010548	AT	6	14681	14692	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	172072886
19	NC_010548	AGT	5	14941	14954	14	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_010548	CTTCA	3	15132	15145	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	172072887
21	NC_010548	AATG	3	15407	15418	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_010548	T	13	15468	15480	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	172072888
23	NC_010548	TCT	4	15670	15680	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	172072888
24	NC_010548	AT	18	16342	16375	34	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	172072889
25	NC_010548	AATT	3	16901	16911	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	172072889
26	NC_010548	CCT	4	17152	17162	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	172072889
27	NC_010548	AAATT	3	17330	17343	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	172072890
28	NC_010548	TACAAA	3	17657	17673	17	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
29	NC_010548	ATCT	3	18261	18271	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	172072891
30	NC_010548	TA	7	18676	18689	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	172072891
31	NC_010548	ACAA	3	18834	18846	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	172072891
32	NC_010548	CTT	4	20160	20170	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	172072891
33	NC_010548	AAG	4	20398	20408	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	172072891
34	NC_010548	AT	6	20628	20638	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	172072891
35	NC_010548	T	19	20695	20713	19	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	172072891
36	NC_010548	T	12	23756	23767	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	172072891
37	NC_010548	TA	6	23846	23856	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	172072891
38	NC_010548	ATTT	3	23971	23983	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	172072891
39	NC_010548	T	13	24099	24111	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	172072891
40	NC_010548	A	15	24191	24205	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	172072891
41	NC_010548	CAAA	3	24300	24310	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	172072891
42	NC_010548	ATC	4	25989	26000	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	172072891
43	NC_010548	ATTT	3	27402	27412	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	172072891
44	NC_010548	T	18	28060	28077	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	172072891
45	NC_010548	AAGA	3	28078	28088	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	172072891
46	NC_010548	TA	9	28181	28197	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	172072891
47	NC_010548	A	17	28247	28263	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	172072891
48	NC_010548	T	17	28386	28402	17	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	172072891
49	NC_010548	TA	6	28441	28452	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	172072891
50	NC_010548	TATG	3	30358	30369	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	172072891
51	NC_010548	A	12	30433	30444	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	172072891
52	NC_010548	T	16	33965	33980	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	172072891
53	NC_010548	A	13	34428	34440	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	172072891
54	NC_010548	ATACT	3	34464	34478	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	172072891
55	NC_010548	GTT	4	35470	35480	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	172072891
56	NC_010548	AGG	4	35920	35930	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	172072891
57	NC_010548	AAAT	4	36092	36106	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	172072891
58	NC_010548	A	15	36652	36666	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	172072891
59	NC_010548	TCTA	3	36729	36740	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	172072891
60	NC_010548	TTGA	3	37891	37902	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	172072891
61	NC_010548	TTA	4	38599	38610	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	172072891
62	NC_010548	ATATT	3	39083	39097	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	172072891
63	NC_010548	TCAA	3	39861	39872	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	172072891
64	NC_010548	ATT	4	39950	39960	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	172072891
65	NC_010548	TA	6	39970	39981	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	172072891
66	NC_010548	ACAT	4	39985	40001	17	50 %	25 %	0 %	25 %	5 %	172072891
67	NC_010548	TAT	4	40273	40283	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	172072891
68	NC_010548	ATTT	3	40392	40403	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	172072891
69	NC_010548	TTA	6	40456	40473	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	172072891
70	NC_010548	GCT	4	41305	41316	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	172072891
71	NC_010548	ATA	4	42035	42046	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	172072891
72	NC_010548	GGAT	3	42257	42269	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	172072891
73	NC_010548	TATT	3	42463	42474	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	172072891
74	NC_010548	TTGA	3	42718	42729	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	172072891
75	NC_010548	ATC	4	42782	42792	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	172072891
76	NC_010548	AAAATT	3	43819	43837	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	172072891
77	NC_010548	ATG	4	43870	43881	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	172072891
78	NC_010548	AAAG	3	44534	44545	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	172072891
79	NC_010548	TTAA	3	45754	45764	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	172072891
80	NC_010548	T	13	45886	45898	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	172072891
81	NC_010548	A	15	45975	45989	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	172072891
82	NC_010548	AT	11	46228	46248	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	172072891
83	NC_010548	TTCTT	3	48305	48319	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	172072891
84	NC_010548	AAT	4	49130	49142	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	172072891
85	NC_010548	TTTC	3	49309	49320	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	172072891
86	NC_010548	AT	6	49981	49992	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	172072891
87	NC_010548	TTTTTC	3	50352	50370	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	172072891
88	NC_010548	A	12	51315	51326	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	172072891
89	NC_010548	ATCTG	3	51692	51706	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	172072891
90	NC_010548	AAAG	3	57338	57349	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	172072891
91	NC_010548	TA	6	58032	58042	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	172072891
92	NC_010548	AT	12	58616	58638	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	172072891
93	NC_010548	CT	6	58771	58781	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	172072891
94	NC_010548	CTG	4	59031	59042	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	172072891
95	NC_010548	AG	6	59547	59558	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	172072891
96	NC_010548	CTTTT	3	61982	61996	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	172072891
97	NC_010548	AAAT	3	62163	62174	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	172072891
98	NC_010548	ATT	4	62422	62433	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	172072891
99	NC_010548	AT	6	62765	62776	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	172072891
100	NC_010548	AAATA	3	63642	63655	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	172072891
101	NC_010548	TAAA	3	63714	63725	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	172072891
102	NC_010548	AAAG	3	63845	63855	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	172072891
103	NC_010548	TGAAAA	3	63957	63974	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	172072891
104	NC_010548	TAT	4	64288	64298	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	172072891
105	NC_010548	T	12	65233	65244	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	172072891
106	NC_010548	TA	8	65460	65475	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	172072891
107	NC_010548	TCA	4	65543	65553	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	172072891
108	NC_010548	A	16	66790	66805	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	172072891
109	NC_010548	TTAT	3	67991	68002	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	172072891
110	NC_010548	AGA	4	68920	68931	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	172072891
111	NC_010548	GA	6	72491	72502	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	172072891
112	NC_010548	ATCA	3	74057	74067	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	172072891
113	NC_010548	TCAG	3	75401	75411	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	172072891
114	NC_010548	AGAA	3	76021	76031	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	172072891
115	NC_010548	TAAAAA	3	76483	76501	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	172072891
116	NC_010548	GCT	4	76866	76877	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	172072891
117	NC_010548	A	13	76992	77004	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	172072891
118	NC_010548	ATT	4	77460	77470	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	172072891
119	NC_010548	ATAGA	3	78446	78459	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	172072891
120	NC_010548	TA	6	78616	78628	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	172072891
121	NC_010548	AT	7	78629	78643	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	172072891
122	NC_010548	CAAT	3	78837	78849	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	172072891
123	NC_010548	TAGA	3	79286	79297	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	172072891
124	NC_010548	AAAT	3	79534	79546	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	172072891
125	NC_010548	GAAAA	4	80026	80046	21	80 %	0 %	20 %	0 %	9 %	172072891
126	NC_010548	TTGA	3	80131	80142	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	172072891
127	NC_010548	TA	6	80704	80716	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	172072891
128	NC_010548	ATTG	3	81252	81262	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	172072891
129	NC_010548	AAAATT	3	81897	81914	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	172072891
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218	NC_010548	AT	7	131568	131580	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
219	NC_010548	CAAT	3	131679	131690	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Cryptomeria japonica chloroplast