ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Trachelium caeruleum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_010442	AAGT	3	1208	1218	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	170784722
2	NC_010442	T	14	2050	2063	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_010442	AT	8	2062	2078	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
4	NC_010442	AT	6	2071	2087	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
5	NC_010442	GAA	4	3017	3028	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	170784723
6	NC_010442	TAAA	3	4006	4016	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_010442	CATT	3	4172	4183	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
8	NC_010442	GATG	3	4350	4362	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_010442	A	18	5023	5040	18	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010442	CTCTT	3	5241	5254	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	170784724
11	NC_010442	AGAC	3	5410	5421	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
12	NC_010442	A	12	5553	5564	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010442	AACAT	3	5613	5626	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
14	NC_010442	T	21	5761	5781	21	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010442	TCTA	3	6175	6185	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
16	NC_010442	GGATA	4	6757	6775	19	40 %	20 %	40 %	0 %	10 %	Non-Coding
17	NC_010442	AATA	3	7267	7278	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_010442	TTCT	3	7673	7683	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	170784725
19	NC_010442	GAAAA	3	8383	8396	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_010442	TTCT	3	8574	8585	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010442	T	28	10146	10173	28	0 %	100 %	0 %	0 %	3 %	Non-Coding
22	NC_010442	TTC	4	12147	12158	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	170784728
23	NC_010442	TGAA	3	12513	12525	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	170784728
24	NC_010442	TAAA	3	12552	12563	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	170784728
25	NC_010442	ATTCA	3	14010	14023	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
26	NC_010442	T	23	14688	14710	23	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_010442	ATC	4	16055	16065	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	170784730
28	NC_010442	AAAG	3	16659	16670	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	170784731
29	NC_010442	ATTG	3	18122	18132	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	170784733
30	NC_010442	AACT	3	18420	18430	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	170784734
31	NC_010442	GAAA	4	18612	18627	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	170784734
32	NC_010442	AAAT	3	19958	19968	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_010442	ACG	4	20181	20191	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	170784735
34	NC_010442	TAT	4	22106	22117	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	170784739
35	NC_010442	AGA	4	22811	22822	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	170784739
36	NC_010442	TA	6	22979	22989	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	170784739
37	NC_010442	TCT	4	24195	24205	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	170784740
38	NC_010442	GAAA	3	26108	26119	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	170784741
39	NC_010442	AGA	4	26940	26952	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
40	NC_010442	GAA	4	27202	27213	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	170784745
41	NC_010442	AACC	3	27572	27583	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	170784745
42	NC_010442	CAA	4	27837	27847	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	170784745
43	NC_010442	AAAG	3	28611	28622	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_010442	GAA	4	29159	29170	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_010442	GAA	4	29174	29185	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_010442	GAA	4	29189	29200	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_010442	GAA	5	29222	29236	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
48	NC_010442	AGA	4	29269	29280	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_010442	T	13	29625	29637	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
50	NC_010442	TCGA	3	30089	30100	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
51	NC_010442	AGAA	3	31138	31148	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_010442	TATAGT	3	31528	31545	18	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	0 %	170784747
53	NC_010442	A	14	31745	31758	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
54	NC_010442	TCT	4	32676	32687	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
55	NC_010442	GAA	5	32698	32713	16	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
56	NC_010442	CTTT	3	32961	32972	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
57	NC_010442	ATA	4	33253	33265	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
58	NC_010442	AAT	4	34604	34615	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_010442	TTTA	3	34968	34980	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
60	NC_010442	AAAG	3	35357	35368	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_010442	AAGAA	3	36098	36112	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	170784755
62	NC_010442	AGA	4	37100	37111	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_010442	AGA	4	37128	37139	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_010442	T	27	37550	37576	27	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
65	NC_010442	TA	6	38311	38321	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_010442	TTTGA	3	40147	40161	15	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
67	NC_010442	A	13	41640	41652	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
68	NC_010442	ATCAAT	3	42576	42594	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
69	NC_010442	TTTAT	3	43509	43523	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
70	NC_010442	CTT	4	48931	48941	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
71	NC_010442	AT	8	49324	49338	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
72	NC_010442	AG	6	49575	49585	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	170784762
73	NC_010442	ATAG	3	49981	49992	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_010442	CT	6	50174	50184	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
75	NC_010442	GAA	4	50494	50505	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	170784763
76	NC_010442	CTC	4	51225	51235	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	170784763
77	NC_010442	TCT	4	53049	53061	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
78	NC_010442	ACCT	3	53135	53146	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
79	NC_010442	TTTTG	3	53276	53290	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
80	NC_010442	A	12	53737	53748	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010442	TAC	4	54022	54032	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
82	NC_010442	TCGA	3	56154	56165	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
83	NC_010442	AAAT	3	57595	57606	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_010442	TCTA	3	57691	57701	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
85	NC_010442	AT	6	58440	58450	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
86	NC_010442	ATTT	3	58476	58486	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_010442	TTTGA	3	59054	59068	15	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
88	NC_010442	TAAA	3	59369	59380	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_010442	TCA	4	59867	59877	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
90	NC_010442	ATA	4	62517	62529	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_010442	TTA	4	62819	62830	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_010442	ATA	4	65139	65150	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_010442	AT	7	65373	65385	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_010442	GATC	3	65921	65933	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	170784772
95	NC_010442	CTTT	4	66425	66440	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
96	NC_010442	AAAG	3	66989	66999	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_010442	TTA	4	67506	67517	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	170784773
98	NC_010442	TTC	4	69352	69363	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
99	NC_010442	TATT	3	73703	73714	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010442	T	12	73734	73745	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010442	TAGA	3	74276	74286	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
102	NC_010442	GAA	4	74617	74628	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_010442	CTAAT	3	74866	74879	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
104	NC_010442	TC	6	76593	76603	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	170784777
105	NC_010442	TAGG	3	77270	77280	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	170784777
106	NC_010442	AAC	4	78190	78201	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	170784778
107	NC_010442	ATTC	3	79075	79085	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	170784778
108	NC_010442	AGA	5	79650	79663	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	170784778
109	NC_010442	AAAT	3	80630	80641	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	170784778
110	NC_010442	AGTA	3	80861	80871	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	170784778
111	NC_010442	TA	8	80887	80901	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	170784778
112	NC_010442	AATT	3	80987	80998	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	170784778
113	NC_010442	AT	6	81913	81924	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	170784779
114	NC_010442	TCT	4	83181	83191	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	170784779
115	NC_010442	A	14	83282	83295	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	170784779
116	NC_010442	GAATA	3	85432	85446	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
117	NC_010442	CT	6	85523	85533	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
118	NC_010442	AAAG	3	85944	85954	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	170784780
119	NC_010442	ACTT	3	86616	86626	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	170784781
120	NC_010442	GTT	5	87100	87114	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	170784781
121	NC_010442	TC	6	93042	93052	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	170784802
122	NC_010442	ATT	4	94775	94785	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	170784802
123	NC_010442	TCG	4	96018	96029	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	170784802
124	NC_010442	AAG	4	96898	96908	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	170784802
125	NC_010442	TC	6	97946	97956	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	170784802
126	NC_010442	GATTAT	3	99226	99243	18	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	170784802
127	NC_010442	AGATGT	3	99426	99443	18	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	5 %	170784802
128	NC_010442	TGGG	3	100096	100107	12	0 %	25 %	75 %	0 %	0 %	170784802
129	NC_010442	ATCC	3	103061	103072	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	170784802
130	NC_010442	TCTA	3	103455	103466	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	170784802
131	NC_010442	AAGG	3	103576	103586	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	170784802
132	NC_010442	GAGG	3	106306	106317	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	170784802
133	NC_010442	AGGT	3	106627	106638	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	170784802
134	NC_010442	TAAG	3	107746	107756	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	170784802
135	NC_010442	AAAG	3	109291	109302	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	170784802
136	NC_010442	GAA	4	109839	109850	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	170784802
137	NC_010442	GAA	4	109854	109865	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	170784802
138	NC_010442	GAA	4	109869	109880	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	170784802
139	NC_010442	GAA	5	109902	109916	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	170784802
140	NC_010442	AGA	4	109949	109960	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	170784802
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142	NC_010442	TCTT	3	111651	111662	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	170784802
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144	NC_010442	TAGA	3	112272	112282	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	170784802
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207	NC_010442	AATA	3	149248	149259	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
208	NC_010442	AAAG	5	149279	149297	19	75 %	0 %	25 %	0 %	10 %	Non-Coding
209	NC_010442	CTT	4	149793	149804	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
210	NC_010442	T	23	151058	151080	23	0 %	100 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
211	NC_010442	TAT	4	151275	151287	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
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213	NC_010442	TCT	4	152458	152469	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
214	NC_010442	CTT	4	152507	152518	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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216	NC_010442	CTT	4	152555	152566	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
217	NC_010442	CTT	4	152570	152581	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
218	NC_010442	CTTT	3	153116	153127	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
219	NC_010442	GGGA	3	154012	154024	13	25 %	0 %	75 %	0 %	7 %	Non-Coding
220	NC_010442	CTTA	3	154662	154672	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
221	NC_010442	CCTT	3	158832	158842	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
222	NC_010442	GGAT	3	159346	159357	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
223	NC_010442	AGAA	3	159844	159856	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Trachelium caeruleum chloroplast