ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Manihot esculenta chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_010433	CTA	4	79	89	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
2	NC_010433	TTTTTA	3	238	254	17	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
3	NC_010433	CAG	4	1055	1066	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	169794053
4	NC_010433	AAGT	3	1161	1171	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	169794053
5	NC_010433	C	12	4360	4371	12	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010433	TTTA	3	4670	4680	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_010433	TA	6	4688	4699	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_010433	AT	9	4792	4809	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
9	NC_010433	A	12	5010	5021	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_010433	TA	6	5150	5161	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_010433	TCTCT	3	5359	5372	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	169794055
12	NC_010433	TA	6	5508	5519	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	169794055
13	NC_010433	CTT	4	5581	5591	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	169794055
14	NC_010433	AAAT	3	5608	5619	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	169794055
15	NC_010433	ATTC	3	5748	5758	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	169794055
16	NC_010433	TTTA	3	5954	5964	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	169794055
17	NC_010433	TA	6	7473	7483	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_010433	GATAA	3	8203	8217	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
19	NC_010433	ATAA	3	8664	8675	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	169794057
20	NC_010433	TAT	5	9059	9074	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
21	NC_010433	TAT	4	9084	9094	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_010433	TATAAA	3	9157	9173	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
23	NC_010433	TA	6	9290	9300	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_010433	T	17	9335	9351	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
25	NC_010433	TATATT	4	10403	10425	23	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_010433	ATT	4	10428	10440	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_010433	TAT	4	10458	10470	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_010433	TA	8	10629	10643	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
29	NC_010433	AAT	4	10704	10714	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_010433	TAA	9	10777	10804	28	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
31	NC_010433	ATA	4	10810	10822	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
32	NC_010433	AATT	3	10852	10862	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_010433	T	15	10901	10915	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
34	NC_010433	TATAGA	3	11054	11070	17	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
35	NC_010433	AT	6	11083	11094	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_010433	TTTA	3	11127	11137	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_010433	TTA	4	11161	11172	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_010433	TTC	4	11307	11318	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	169794058
39	NC_010433	T	18	12784	12801	18	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010433	A	18	12803	12820	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
41	NC_010433	GTT	4	12986	12998	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	169794059
42	NC_010433	TATT	3	13436	13446	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_010433	T	17	13544	13560	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
44	NC_010433	TAA	4	13647	13658	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_010433	CAAAA	4	13715	13734	20	80 %	0 %	0 %	20 %	10 %	Non-Coding
46	NC_010433	AATA	3	13933	13944	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_010433	TA	8	14759	14773	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
48	NC_010433	ATA	4	14775	14786	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_010433	TTC	4	14868	14878	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
50	NC_010433	ATTT	3	14977	14987	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_010433	TAAA	3	15080	15091	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010433	T	13	15239	15251	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010433	AT	6	16119	16129	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	169794061
54	NC_010433	GAAA	3	16187	16198	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010433	CT	6	17163	17174	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
56	NC_010433	AAAG	3	17190	17200	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_010433	TAAAA	3	17392	17406	15	80 %	20 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010433	TAAAA	3	18610	18623	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	169794063
59	NC_010433	T	16	19451	19466	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	169794063
60	NC_010433	AT	6	20827	20837	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	169794063
61	NC_010433	TTCA	3	23562	23573	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	169794064
62	NC_010433	GTT	4	24562	24573	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	169794064
63	NC_010433	CCTA	3	25483	25493	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	169794065
64	NC_010433	TTTA	3	26893	26903	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	169794065
65	NC_010433	T	12	27183	27194	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	169794065
66	NC_010433	A	13	28585	28597	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_010433	TCAA	3	29060	29071	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
68	NC_010433	AATT	3	29563	29574	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_010433	TAAAAA	3	30230	30247	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
70	NC_010433	CTTTA	3	31167	31181	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010433	A	15	31961	31975	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
72	NC_010433	AGAAA	3	32514	32528	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
73	NC_010433	TCTT	3	32953	32964	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
74	NC_010433	T	13	32981	32993	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_010433	ATTAT	3	33026	33040	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
76	NC_010433	AAATC	3	33313	33327	15	60 %	20 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010433	ACTATA	4	33893	33917	25	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	8 %	Non-Coding
78	NC_010433	ATGA	3	34013	34023	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_010433	CAAT	3	34069	34081	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
80	NC_010433	AT	6	34450	34461	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_010433	TA	6	34486	34496	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_010433	CTTT	3	34733	34744	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
83	NC_010433	TTA	4	35584	35595	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	169794068
84	NC_010433	GGA	4	36980	36991	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	171259285
85	NC_010433	TTGC	3	37179	37189	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	171259285
86	NC_010433	AG	6	37984	37994	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_010433	TCTA	3	38123	38134	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
88	NC_010433	AAAT	3	38210	38220	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_010433	TC	6	38542	38552	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	169794070
90	NC_010433	TGTAAT	3	38716	38734	19	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
91	NC_010433	A	13	38750	38762	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010433	ATA	4	38943	38953	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_010433	ATA	5	38958	38971	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_010433	ATA	4	38985	38995	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_010433	TAA	7	38999	39019	21	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_010433	ATA	4	39041	39051	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_010433	TAA	4	39107	39117	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_010433	TAAT	6	39335	39359	25	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_010433	A	12	40029	40040	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010433	ATTG	3	41293	41303	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	169794072
101	NC_010433	AATG	3	42939	42950	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	169794073
102	NC_010433	GCA	4	43344	43355	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	169794073
103	NC_010433	TG	6	43381	43391	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	169794073
104	NC_010433	TTTCT	3	44648	44661	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
105	NC_010433	TA	9	45704	45721	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	169794074
106	NC_010433	T	18	46077	46094	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	169794074
107	NC_010433	CATAGG	3	46859	46876	18	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	5 %	169794074
108	NC_010433	GTAA	3	47081	47091	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	169794074
109	NC_010433	A	12	47303	47314	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_010433	ATCT	3	48713	48723	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
111	NC_010433	TAAA	3	49003	49013	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_010433	AAAT	3	49401	49412	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_010433	A	16	49711	49726	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
114	NC_010433	TTTTA	4	50424	50442	19	20 %	80 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
115	NC_010433	TAT	8	51316	51340	25	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
116	NC_010433	ATA	4	51362	51372	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
117	NC_010433	T	12	52771	52782	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010433	AT	6	53150	53160	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	169794078
119	NC_010433	CAA	4	53269	53279	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
120	NC_010433	GTTT	4	53302	53317	16	0 %	75 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
121	NC_010433	TA	6	53425	53436	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_010433	C	13	53498	53510	13	0 %	0 %	0 %	100 %	7 %	Non-Coding
123	NC_010433	TA	16	53685	53715	31	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
124	NC_010433	TAT	5	53760	53773	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
125	NC_010433	TA	12	53776	53800	25	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_010433	TA	6	53814	53826	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
127	NC_010433	ATATTA	4	53815	53838	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
128	NC_010433	TAT	4	53912	53924	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
129	NC_010433	TTATAT	3	54049	54067	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
130	NC_010433	TA	7	54093	54106	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
131	NC_010433	ATT	7	54133	54152	20	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
132	NC_010433	TA	7	54155	54168	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
133	NC_010433	AGAA	3	54391	54403	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
134	NC_010433	AATC	3	54678	54688	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
135	NC_010433	TTATT	3	55214	55229	16	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
136	NC_010433	ATA	7	57310	57331	22	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	169794080
137	NC_010433	AAAT	3	57333	57343	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
138	NC_010433	ATTTT	3	57351	57365	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
139	NC_010433	TTTC	3	57706	57717	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
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267	NC_010433	TATTT	3	131571	131584	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	169794131
268	NC_010433	T	13	131825	131837	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	169794131
269	NC_010433	CATT	3	132017	132028	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	169794131
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296	NC_010433	TATAA	4	150799	150818	20	60 %	40 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
297	NC_010433	CATAC	3	151897	151910	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
298	NC_010433	TCAA	3	152697	152709	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
299	NC_010433	CTT	4	152794	152805	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
300	NC_010433	ATCA	3	154547	154559	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
301	NC_010433	TGAT	3	154642	154654	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
302	NC_010433	ACC	4	154742	154752	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
303	NC_010433	ATC	4	156218	156229	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
304	NC_010433	AAAG	3	156380	156390	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
305	NC_010433	TATT	3	157457	157468	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
306	NC_010433	ATC	4	159266	159276	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
307	NC_010433	ATC	4	160655	160665	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	169794135
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309	NC_010433	A	16	161219	161234	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
310	NC_010433	ATATA	4	161428	161448	21	60 %	40 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Manihot esculenta chloroplast