ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Haemonchus contortus mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_010383	ATAA	3	1	11	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	169160118
2	NC_010383	TTGG	3	830	841	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	169160118
3	NC_010383	TTTA	4	1057	1072	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	169160118
4	NC_010383	ATT	4	2027	2037	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	169160119
5	NC_010383	CGT	4	2378	2389	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	169160119
6	NC_010383	ATA	5	2625	2638	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
7	NC_010383	ATAAAA	4	2679	2703	25	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
8	NC_010383	ATA	4	2809	2819	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_010383	ATA	4	2966	2977	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_010383	TTAAA	3	3392	3405	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_010383	ATT	5	4138	4151	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	195972421
12	NC_010383	AAT	4	4403	4414	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	195972421
13	NC_010383	AAATT	4	5363	5382	20	60 %	40 %	0 %	0 %	10 %	195972421
14	NC_010383	TTTA	3	5474	5486	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	195972421
15	NC_010383	ATAA	4	5586	5601	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
16	NC_010383	ATT	4	5659	5669	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_010383	AT	6	5670	5682	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_010383	ATA	4	5764	5774	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_010383	TAT	4	5827	5837	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_010383	TA	7	5847	5862	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
21	NC_010383	ATA	4	6014	6025	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_010383	ATT	5	6037	6051	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
23	NC_010383	GAAT	3	6600	6611	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	169160122
24	NC_010383	GTT	4	6658	6669	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	169160122
25	NC_010383	TTTTAT	3	6781	6798	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	195972422
26	NC_010383	ATA	4	7134	7144	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_010383	TTTA	3	7154	7166	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_010383	TAAA	3	7354	7364	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_010383	AAGTA	4	7398	7418	21	60 %	20 %	20 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_010383	AT	6	7571	7582	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_010383	TTTTG	3	8289	8302	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	195972423
32	NC_010383	TAT	4	8490	8502	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	195972423
33	NC_010383	ATA	6	8769	8785	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	195972423
34	NC_010383	TATT	3	8974	8985	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	169160125
35	NC_010383	TTG	4	9028	9038	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	169160125
36	NC_010383	TTTA	3	9425	9437	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	169160125
37	NC_010383	TAA	4	9866	9877	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	169160126
38	NC_010383	ATTA	3	9996	10007	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	169160126
39	NC_010383	ATTA	3	10195	10205	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	169160126
40	NC_010383	TAA	4	10413	10424	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	169160126
41	NC_010383	ATTT	4	10437	10452	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	169160126
42	NC_010383	ATA	4	10741	10752	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_010383	AT	7	10944	10956	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	169160127
44	NC_010383	TTTA	3	11014	11025	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	169160127
45	NC_010383	TAA	4	11315	11326	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	169160127
46	NC_010383	TTAT	3	11636	11646	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	169160127
47	NC_010383	TTTTA	3	11708	11721	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	169160127
48	NC_010383	ATT	4	11812	11823	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	169160127
49	NC_010383	ATA	5	11821	11835	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	169160127
50	NC_010383	A	15	11904	11918	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
51	NC_010383	ATT	4	12313	12323	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	195972424
52	NC_010383	ATA	8	12809	12832	24	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	195972425
53	NC_010383	ATA	4	13011	13021	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	195972425
54	NC_010383	TAT	4	13515	13526	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	195972425
55	NC_010383	TAA	4	13566	13577	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	195972425
56	NC_010383	TAT	4	13765	13776	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	195972425
57	NC_010383	TTTTG	3	13800	13814	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	195972425
58	NC_010383	ATT	4	13837	13847	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	195972425
59	NC_010383	ATA	5	13896	13910	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	195972425

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Haemonchus contortus mitochondrion