ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Cycas taitungensis mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_010303	GGGT	3	6875	6885	11	0 %	25 %	75 %	0 %	9 %	16689563
2	NC_010303	AAAT	3	8128	8139	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	16689563
3	NC_010303	TTGA	4	8516	8531	16	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	16689563
4	NC_010303	GAAT	3	10452	10463	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	16689563
5	NC_010303	TGAA	3	11863	11873	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	16689563
6	NC_010303	CGAT	3	12341	12351	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	16689563
7	NC_010303	CCGG	3	13122	13132	11	0 %	0 %	50 %	50 %	9 %	16689563
8	NC_010303	CCCA	3	13359	13370	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	16689563
9	NC_010303	CCAG	3	13498	13508	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	16689563
10	NC_010303	AGAA	3	14631	14643	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	16689563
11	NC_010303	ATGA	3	15383	15394	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	16689563
12	NC_010303	TGAA	4	17597	17611	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	16689563
13	NC_010303	CTAT	3	18337	18347	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	16689563
14	NC_010303	CTAT	3	18390	18400	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	16689563
15	NC_010303	TCGG	3	20666	20678	13	0 %	25 %	50 %	25 %	7 %	16689563
16	NC_010303	ACCC	3	21452	21463	12	25 %	0 %	0 %	75 %	0 %	16689563
17	NC_010303	ACCT	3	21889	21900	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	16689563
18	NC_010303	AAGA	3	27720	27731	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	16689563
19	NC_010303	AAGA	3	28339	28351	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	16689563
20	NC_010303	CTCG	3	29712	29723	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	16689563
21	NC_010303	CCAA	3	29828	29838	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	16689563
22	NC_010303	CGAG	3	36543	36554	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	16689563
23	NC_010303	TGAG	3	36799	36810	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	16689563
24	NC_010303	TGGC	3	36913	36924	12	0 %	25 %	50 %	25 %	0 %	16689563
25	NC_010303	GAAT	3	40510	40521	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	16689563
26	NC_010303	CCCT	3	40525	40535	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	16689563
27	NC_010303	TATT	3	42604	42615	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	16689563
28	NC_010303	TTTC	3	45057	45067	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	16689563
29	NC_010303	TTCT	3	47905	47915	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	16689563
30	NC_010303	ACTT	3	51048	51059	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	16689563
31	NC_010303	AAGT	3	60114	60125	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	16689563
32	NC_010303	AAGA	3	63398	63410	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	16689563
33	NC_010303	TGAA	3	72010	72020	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	16689563
34	NC_010303	CCCA	3	72155	72166	12	25 %	0 %	0 %	75 %	0 %	16689563
35	NC_010303	CCTA	4	74782	74797	16	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	16689563
36	NC_010303	ATTG	3	75125	75136	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	16689563
37	NC_010303	GGGC	3	75328	75340	13	0 %	0 %	75 %	25 %	7 %	16689563
38	NC_010303	AGGT	3	82897	82908	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	16689563
39	NC_010303	CTCG	3	83598	83609	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	16689563
40	NC_010303	TTCA	3	83854	83865	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	16689563
41	NC_010303	TTGA	3	87496	87507	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	16689563
42	NC_010303	GCGG	3	90438	90448	11	0 %	0 %	75 %	25 %	9 %	16689563
43	NC_010303	CTAT	3	93453	93463	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	16689563
44	NC_010303	CTAT	3	93506	93516	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	16689563
45	NC_010303	CTAT	3	94252	94262	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	16689563
46	NC_010303	GCCA	3	97811	97821	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	16689563
47	NC_010303	GAAT	3	104309	104320	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	16689563
48	NC_010303	TTCA	3	106873	106884	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	16689563
49	NC_010303	GAAA	4	107074	107089	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	16689563
50	NC_010303	GAAA	3	108760	108770	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	16689563
51	NC_010303	TTAT	4	112091	112106	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	16689563
52	NC_010303	TGTT	3	114825	114835	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	16689563
53	NC_010303	ACCA	3	119467	119478	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	16689563
54	NC_010303	GTTC	3	120616	120627	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	16689563
55	NC_010303	AAAG	3	122021	122032	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	16689563
56	NC_010303	CATT	3	124313	124324	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	16689563
57	NC_010303	CCCT	3	127949	127961	13	0 %	25 %	0 %	75 %	7 %	16689563
58	NC_010303	ATCA	3	132787	132798	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	16689563
59	NC_010303	ATTG	3	135005	135016	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	16689563
60	NC_010303	GAAA	3	138653	138664	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	16689563
61	NC_010303	TCCA	3	139525	139537	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	16689563
62	NC_010303	TAGC	3	139874	139884	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	16689563
63	NC_010303	TGGA	3	141268	141278	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	16689563
64	NC_010303	GCTG	3	144464	144474	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	16689563
65	NC_010303	GGGT	3	146596	146607	12	0 %	25 %	75 %	0 %	8 %	16689563
66	NC_010303	TCGA	3	149954	149966	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	16689563
67	NC_010303	GATA	3	152151	152162	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	16689563
68	NC_010303	AATC	3	152780	152790	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	16689563
69	NC_010303	TTAG	3	155582	155592	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	16689563
70	NC_010303	ATTC	3	156523	156533	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	16689563
71	NC_010303	GGCC	3	156684	156695	12	0 %	0 %	50 %	50 %	8 %	16689563
72	NC_010303	TGAA	3	158006	158016	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	16689563
73	NC_010303	AAAT	3	160379	160390	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	16689563
74	NC_010303	TTGG	3	161477	161488	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	16689563
75	NC_010303	TTCA	3	162225	162237	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	16689563
76	NC_010303	ATTT	3	163144	163154	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	16689563
77	NC_010303	AATG	3	165190	165202	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	16689563
78	NC_010303	AAGA	3	167292	167304	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	16689563
79	NC_010303	TCAG	3	167898	167908	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	16689563
80	NC_010303	GTCC	3	168071	168081	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	16689563
81	NC_010303	CTTA	3	168136	168148	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	16689563
82	NC_010303	GGCA	3	171453	171464	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	16689563
83	NC_010303	TAGG	3	173245	173256	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	16689563
84	NC_010303	TCCA	3	173729	173740	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	16689563
85	NC_010303	CGCC	3	174363	174374	12	0 %	0 %	25 %	75 %	0 %	16689563
86	NC_010303	TAGG	5	178020	178040	21	25 %	25 %	50 %	0 %	4 %	16689563
87	NC_010303	CCGG	3	178452	178464	13	0 %	0 %	50 %	50 %	7 %	16689563
88	NC_010303	TTCG	3	179225	179236	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	16689563
89	NC_010303	CGGA	3	179639	179650	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	16689563
90	NC_010303	TCAA	3	181699	181709	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	16689563
91	NC_010303	TGAA	3	182528	182538	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	16689563
92	NC_010303	TGAA	3	182590	182602	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	16689563
93	NC_010303	GACG	3	185878	185889	12	25 %	0 %	50 %	25 %	0 %	16689563
94	NC_010303	TGGG	3	188010	188020	11	0 %	25 %	75 %	0 %	9 %	16689563
95	NC_010303	CCCG	3	191773	191784	12	0 %	0 %	25 %	75 %	8 %	16689564
96	NC_010303	CTTT	4	192213	192227	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	16689564
97	NC_010303	TTTC	3	195406	195417	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	16689564
98	NC_010303	CTAT	3	195891	195902	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	16689564
99	NC_010303	AGGC	3	197221	197232	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	16689564
100	NC_010303	CTTA	3	200320	200330	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	16689564
101	NC_010303	AAGA	3	201729	201740	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	16689564
102	NC_010303	GGGC	3	205743	205754	12	0 %	0 %	75 %	25 %	8 %	16689564
103	NC_010303	ATAG	3	206676	206687	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	16689564
104	NC_010303	CCGA	3	206990	207002	13	25 %	0 %	25 %	50 %	7 %	16689564
105	NC_010303	ACCC	3	207389	207399	11	25 %	0 %	0 %	75 %	9 %	16689564
106	NC_010303	CATT	3	207599	207610	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	16689564
107	NC_010303	GAAA	3	208162	208172	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	16689564
108	NC_010303	GGGA	3	209344	209355	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	16689564
109	NC_010303	CATT	3	209735	209746	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	16689564
110	NC_010303	ATCA	3	214244	214255	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	16689564
111	NC_010303	CCCA	3	216299	216310	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	16689564
112	NC_010303	ATTG	3	219175	219186	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	16689564
113	NC_010303	CATT	3	223838	223849	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	16689564
114	NC_010303	ACGA	3	224410	224420	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	16689564
115	NC_010303	CCAT	3	224452	224462	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	16689564
116	NC_010303	GTCC	3	225220	225230	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	16689564
117	NC_010303	AGCT	3	226151	226161	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	16689564
118	NC_010303	ACCT	3	228099	228110	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	16689564
119	NC_010303	CATT	3	228306	228317	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	16689564
120	NC_010303	TTCT	4	228524	228539	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	16689564
121	NC_010303	TGGG	3	229129	229140	12	0 %	25 %	75 %	0 %	0 %	16689564
122	NC_010303	TTGG	3	229470	229481	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	16689564
123	NC_010303	AAGA	3	232630	232641	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	16689564
124	NC_010303	AGGT	3	235002	235013	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	16689564
125	NC_010303	TTCA	3	237446	237456	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	16689564
126	NC_010303	TTGA	4	244751	244766	16	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	16689564
127	NC_010303	AAGA	3	245813	245825	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	16689564
128	NC_010303	CTTT	3	250041	250053	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	16689564
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246	NC_010303	GTGG	4	409095	409111	17	0 %	25 %	75 %	0 %	5 %	16689563
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248	NC_010303	TAGC	3	410612	410624	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	16689563
249	NC_010303	AAGT	3	412088	412099	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
250	NC_010303	TCCT	3	413118	413128	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Cycas taitungensis mitochondrion